[發明專利]構建DNA文庫的方法及其應用

在審

• 申請號: 201910740285.5
• 申請日: 2019-08-12
• 公開（公告）號: CN110607352A
• 公開（公告）日: 2019-12-24
• 發明（設計）人: 陳曉丹;徐護朝;潘偉業;李志民;李大為;玄兆伶;王海良;王娟
• 申請（專利權）人: 安諾優達生命科學研究院;浙江安諾優達生物科技有限公司;安諾優達(義烏)醫學檢驗有限公司;北京安諾優達醫學檢驗實驗室有限公司;安諾優達基因科技(北京)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12N15/10;C40B50/06
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明公開了構建DNA文庫的方法及其應用。其中，該構建DNA文庫的方法包括：提供嵌合標記物的DNA，其中，所述嵌合標記物的DNA具有三維結構信息；將所述嵌合標記物的DNA進行轉座處理，以便得到轉座產物；對所述轉座產物進行捕獲處理，以便得到捕獲后的DNA；以及將所述捕獲后的DNA進行擴增處理，以便獲得所述DNA文庫。該建庫方法步驟簡單，耗時短，尤其適用于痕量DNA樣本的文庫構建，并且測序的有效數據比例高，噪音單末端懸掛值低。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，具體地，涉及構建DNA文庫的方法及其應用，更具體地，涉及構建DNA文庫的方法，一種獲得個體細胞內染色質相互作用信息的方法，一種獲得個體生物信息的方法、一種三維基因組研究方法，一種產前診斷或癌癥篩查的方法，一種試劑盒，以及該試劑盒在三維基因組建庫或產前診斷或癌癥篩查中的用途。

背景技術

現有二代測序文庫構建技術步驟繁多，尤其是最后的末端修復到PCR之前的多步操作都很可能造成有效片段的丟失。在三維基因組Hi-C建庫中更為顯著，標記生物素的嵌合體DNA作為建庫模板是相對微量的，所以釣取后有效片段丟失會直接影響最終文庫質量。并且，片段篩選步驟，這一步是為了使文庫可以適應illumina的邊合成邊測序原理而設定，但片段過長會導致測序數據質量較差。同時，也會使相當一部分可用文庫片段因為片段長度問題被篩選掉，尤其是納克級別模板的條件下，篩選會導致有效文庫數量減少，直接影響有效數據比例。

由此，現有的文庫構建方法有待改進。

發明內容

本發明旨在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明的一個目的在于提出一種構建DNA文庫的方法，該方法在建庫過程中引入了轉座酶，簡化了DNA片段化和加接頭的步驟，無需末端修復、3’端加堿基A，建庫時間短，文庫產物的片段長度適宜，無需進行片段篩選即可直接上機測序，并且測序的有效數據比例高。

需要說明的是，本發明是基于發明人的下列工作而完成的：

發明人在Hi-C建庫中引入轉座酶。由于轉座酶上帶有兩段短的核酸，其即為適應于illunima測序的接頭，當轉座酶隨機片段化DNA時，會同時給DNA小片段兩端連接上接頭，再使用特定的引物擴增即可得到可以測序的文庫，顯著簡化了建庫流程，縮短了建庫時間，并且使Hi-C文庫的有效數據比例顯著提升。

因而，根據本發明的第一方面，本發明提供了一種構建DNA文庫的方法。根據本發明的實施例，該方法包括：提供嵌

合標記物的DNA，其中，所述嵌合標記物的DNA具有三維結構信息；將所述嵌合標記物的DNA進行轉座處理，以便得到轉座產物；對所述轉座產物進行捕獲處理，以便得到捕獲后的DNA；以及將所述捕獲后的DNA進行擴增處理，以便獲得所述DNA文庫。

根據本發明實施例的構建DNA文庫的方法，在建庫過程中，尤其是Hi-C建庫過程中，通過轉座處理簡化了DNA片段化和加接頭的步驟，無需末端修復和3’端加堿基A步驟，建庫時間顯著縮短，文庫產物的片段長度適宜，無需進行片段篩選即可直接上機測序，尤其適用于痕量DNA樣本Hi-C文庫的構建，并且測序的有效數據比例高，噪音單末端懸掛值低。

進一步地，基于上述構建DNA文庫的方法，根據本發明的第二方面，本發明提供了一種獲得個體細胞內染色質相互作用信息的方法。根據本發明的實施例，該方法包括：利用前述的方法，以便得到所述個體的DNA文庫；對所述DNA文庫進行測序和分析，以便獲得所述個體細胞內染色質相互作用信息。由此，獲得個體細胞內染色質相互作用信息的方法的步驟簡化，操作時間縮短，尤其適用于痕量DNA樣本的Hi-C文庫構建，并且測序的有效數據比例高，噪音單末端懸掛值低，獲得的細胞內染色質相互作用信息有利于三維基因組領域的研究。其中，需要說明的是，該構建DNA文庫的方法具有前述構建DNA文庫的方法的全部技術特征和效果，在此不再一一贅述。