[發明專利]一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法

在審

• 申請號: 201910696150.3
• 申請日: 2019-07-30
• 公開（公告）號: CN110317884A
• 公開（公告）日: 2019-10-11
• 發明（設計）人: 呂世杰;陳付英;張子敬;滑留帥;王二耀;徐照學;魏成斌;施巧婷;柏中林;王泰峰
• 申請（專利權）人: 河南省農業科學院畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;G06K9/62;G16B20/00
• 代理公司: 鄭州睿信知識產權代理有限公司 41119
• 代理人: 牛愛周;吳曉亭

本發明涉及一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，屬于肉牛選育技術領域。本發明中的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，綜合利用基因組信息、親緣關系、聚類分析和表征數據等對群體進行分群和個體選擇，可用于系祖建系法選育肉牛新品系并避免近親交配。本發明方法的有益效果是：第一，本發明基于全基因組數據計算待選群的遺傳距離，計算結果準確可靠；第二，本發明依據遺傳距離進行聚類分析，可對群體進行準確、快速的分群，為選育過程中避免近親交配提供理論依據；第三，本發明結合基因型和表型數據確定系祖，選擇更加高效準確；第四，本發明能快速確定系祖所在亞群，解決近交衰退的問題。

技術領域

本發明涉及一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，屬于肉牛選育技術領域。

背景技術

肉牛產業對于改善居民膳食結構發揮著重要作用，我國肉牛育種歷史悠久，目前多采用傳統育種方法，即根據表型性狀進行選育。這種方法在選育過程中一方面根據性狀特征，一方面也要依據系譜信息，以避免近交衰退和維持遺傳多樣性。但是，生產實踐中常常存在系譜記錄不全甚至無系譜的情況，導致選育的不準確。而且僅依據表型選育，不考慮基因型數據，造成選育的不準確和效率低。

此外，在本品種選育過程中，品系繁育技術在世界肉牛育種中扮演重要角色，尤其是以培育專門化品系為前提的配套系繁育。對群體進行分群并選出具有優勢特征的系祖是進行系祖建系法選育專門化品系的前提，隨后為突出優異特性需要系祖與沒有親緣關系的母畜進行同質選配。系譜信息不清晰的情況下，這些工作的開展就會遇到阻礙。

發明內容

本發明的目的是提供一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，在缺乏系譜信息時，也能夠快速的對于肉牛進行選育。

為了實現上述目的，本發明所采用的技術方案是：

一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，包括如下步驟：

1)對待選育牛個體進行全基因組單核苷酸多態性標記(SNP)開發；

2)針對12-36月齡生長性狀，根據個體表型和基因型數據進行全基因組關聯分析，獲得與目標性狀顯著相關的SNP標記；針對每一個顯著的SNP，在公畜中計算該SNP優異等位基因的加性效應值，并根據加性效應值計算每個公畜的個體參考值；采用與公畜相同的方法計算母畜的個體參考值；

3)根據個體參考值對所有公畜進行排序，選擇排名最高且12-36月齡生長性狀最優的公畜個體作為公畜系祖；根據個體參考值對所有母畜進行排序，選擇個體參考值排名靠前且12-36月齡生長性狀優秀的母畜個體作為備選母畜，與公畜系祖進行同質選配。

其中，牛的12-36月齡生長性狀越優說明牛的生長狀況越好。本發明中的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，綜合利用基因組信息、表征數據等對群體進行分群和個體選擇，可用于系祖建系法選育肉牛新品系，提高選育的效率和準確性。

優選的，根據公畜和母畜個體全基因組的基因型數據，計算個體間的遺傳距離；根據遺傳距離將所有個體進行聚類分析，根據分析結果將待選育牛個體分成5-10個組；在選出公畜系祖后，記錄該個體所在分組，并判定與該組聚為一類的群組；母畜避免在公畜系祖所在組和與其聚為一類的群組中選擇，進而選擇出其他組中個體參考值排名靠前且12-36月齡生長性狀優秀的母畜個體作為備選母畜。

本發明中基于遺傳距離將牛進行聚類，在選擇母牛時，選擇離公牛遺傳距離較遠的組中進行選擇，可以避免近親交配，解決近交衰退的問題。具體的，計算個體間的Nei’s遺傳距離，利用最長距離法根據個體間的Nei’s遺傳距離對所有個體進行聚類分析。

在判定與公畜系祖所在組聚為一類的群組時，基于以下標準：在聚類分析的樹狀圖中，組的上一級分類即為群組。上述標準中，引入群組的概念，在樹狀圖中將公畜系祖所在組的上一級分類表示為群組，備選母畜不在與公畜系祖屬于同一群組的組中選擇。本發明的方法能快速確定公畜系祖所在亞群，并選出遺傳距離較遠的母畜，解決近交衰退的問題。