[發明專利]一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法

在審

• 申請號: 201910696150.3
• 申請日: 2019-07-30
• 公開（公告）號: CN110317884A
• 公開（公告）日: 2019-10-11
• 發明（設計）人: 呂世杰;陳付英;張子敬;滑留帥;王二耀;徐照學;魏成斌;施巧婷;柏中林;王泰峰
• 申請（專利權）人: 河南省農業科學院畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;G06K9/62;G16B20/00
• 代理公司: 鄭州睿信知識產權代理有限公司 41119
• 代理人: 牛愛周;吳曉亭

1.一種快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：包括如下步驟：

1）對待選育牛個體進行全基因組單核苷酸多態性標記開發；

2）針對12-36月齡生長性狀，根據個體表型和基因型數據進行全基因組關聯分析，獲得與目標性狀顯著相關的SNP標記；針對每一個顯著的SNP，在公畜中計算該SNP優異等位基因的加性效應值，并根據加性效應值計算每個公畜的個體參考值；采用與公畜相同的方法計算母畜的個體參考值；

3）根據個體參考值對所有公畜進行排序，選擇排名最高且12-36月齡生長性狀最優的公畜個體作為公畜系祖；根據個體參考值對所有母畜進行排序，選擇個體參考值排名靠前且12-36月齡生長性狀優秀的母畜個體作為備選母畜，與公畜系祖進行同質選配。

2.根據權利要求1所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：根據公畜和母畜個體全基因組的基因型數據，計算個體間的遺傳距離；根據遺傳距離將所有個體進行聚類分析，根據分析結果將待選育牛個體分成5-10個組；

在選出公畜系祖后，記錄該個體所在分組，并判定與該組聚為一類的群組；母畜避免在公畜系祖所在組和與其聚為一類的群組中選擇，進而選擇出其他組中個體參考值排名靠前且12-36月齡生長性狀優秀的母畜個體作為備選母畜。

3.根據權利要求2所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：計算個體間的Nei’s遺傳距離，利用最長距離法根據個體間的Nei’s遺傳距離對所有個體進行聚類分析。

4.根據權利要求2所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：在判定與公畜系祖所在組聚為一類的群組時，基于以下標準：在聚類分析的樹狀圖中，組的上一級分類即為群組。

5.根據權利要求1所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步驟2）中利用一般線性模型進行全基因組關聯分析。

6.根據權利要求1所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步驟2）中所述加性效應值由優異等位基因純合型和非優異等位基因純合型的平均表型值間差異的均值計算。

7.根據權利要求6所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步驟2）中所述公畜個體參考值的計算具體為：對于某個SNP，如果個體為非優異等位基因純合型則該個體該SNP參考值記為0，雜合型記為A，優異等位基因純合型記為2A，其中A為該SNP的加性效應值；對于每個個體，通過累加所有顯著SNP的參考值，即為該公畜的個體參考值。

8.根據權利要求3所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步驟2）中利用R語言“StAMPP”數據包中的“stamppNeisD”功能計算個體間的Nei’s遺傳距離。

9.根據權利要求1所述的快速選擇繁殖用肉牛系祖的方法，其特征在于：步驟2）中所述生長性狀為牛體重、體高、體斜長、十字部高、胸圍、腹圍、管圍中的一種。