[發(fā)明專(zhuān)利]一種基于NGS分型用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別的SNP-DIP微單倍型域的復(fù)合擴(kuò)增體系

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910632812.0
• 申請(qǐng)日: 2019-07-14
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110305968A
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-10-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 朱波峰;靳小業(yè);崔偉;陳沖
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 西安交通大學(xué)口腔醫(yī)院
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6858
• 代理公司: 暫無(wú)信息
• 代理人: 暫無(wú)信息

1.一種用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別的SNP-DIP組成的微單倍型域的復(fù)合擴(kuò)增檢測(cè)體系，其特征在于18個(gè)SNP/DIP微單倍型區(qū)域的位點(diǎn)信息；18個(gè)區(qū)域兩步PCR的體系配比和反應(yīng)條件。

2.根據(jù)權(quán)利要求書(shū)1所述，所述體系中包含的18個(gè)區(qū)域的位點(diǎn)信息如下所示。

3.根據(jù)權(quán)利要求書(shū)1所述，研發(fā)的試劑中所包含的組分有ddH₂O、10×PCR buffer、50nMPrimer Mix、2.5mM dNTP、5U/μL Hot Start DNA聚合酶、100mM Mg²⁺和2μM barcode試劑。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述，研發(fā)的體系的操作步驟如下所示：（1）取待測(cè)樣品，采用磁珠DNA提取試劑盒，提取樣本DNA；（2）首先進(jìn)行第一輪PCR：PCR體系為10μL，具體包括：3.1μLddH₂O、1μL 10×PCR buffer、2μL 50nM Primer Mix、0.8μL 2.5mM dNTP、0.1μL 5U/μL HotStart DNA 聚合酶、1μL 100mM Mg²⁺和2μL 樣本DNA；PCR反應(yīng)條件為：95℃變性15min；94℃變性30s，60℃退火10min，72℃延伸30s，共4個(gè)循環(huán)；然后94℃變性30s，60℃退火1min，72℃延伸30s，共15個(gè)循環(huán)；（3）然后再進(jìn)行第二輪PCR：在進(jìn)行PCR之前，需要對(duì)第一輪的PCR產(chǎn)物加入100μL ddH₂O進(jìn)行稀釋?zhuān)蝗?0μL稀釋后的PCR產(chǎn)物加入到包含有3.5μL ddH₂O、1μL 10×PCR buffer、3.6μL 2μM barcode、0.8μL 2.5mM dNTP、0.1μL 5U/μL Hot Start DNA 聚合酶和1μL 100mM Mg²⁺的混合溶液中；PCR反應(yīng)條件如下：95℃變性15min；94℃變性30s，60℃退火4min，72℃延伸30s，共5個(gè)循環(huán)；然后94℃變性30s，65℃退火1min，72℃延伸30s，共10個(gè)循環(huán)；（3）文庫(kù)的純化和定量：取第二輪PCR產(chǎn)物，進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，然后對(duì)目的片段進(jìn)行切膠回收，采用天根DP214試劑盒對(duì)目的片段進(jìn)行純化處理；然后采用Agilent2100生物分析儀對(duì)文庫(kù)進(jìn)行定量；（4）上機(jī)測(cè)序及數(shù)據(jù)分析：將構(gòu)建好的文庫(kù)放置于illumina X-10測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序分析；對(duì)于獲得的測(cè)序數(shù)據(jù)，首先采用Cutadapt軟件去除接頭序列，然后采用BWA軟件將去除接頭后的序列和人類(lèi)參考基因組（GRCh38.p12）進(jìn)行比對(duì)，通過(guò)GATK軟件確定研究位點(diǎn)的基因分型。