[發明專利]一種基于NGS分型用于法醫學個體識別的SNP-DIP微單倍型域的復合擴增體系

在審

• 申請號: 201910632812.0
• 申請日: 2019-07-14
• 公開（公告）號: CN110305968A
• 公開（公告）日: 2019-10-08
• 發明（設計）人: 朱波峰;靳小業;崔偉;陳沖
• 申請（專利權）人: 西安交通大學口腔醫院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種用于法醫學個體識別的SNP-DIP組成的微單倍型域的復合擴增檢測體系，其特征在于18個SNP/DIP微單倍型區域的位點信息；18個區域兩步PCR的體系配比和反應條件。

2.根據權利要求書1所述，所述體系中包含的18個區域的位點信息如下所示。

3.根據權利要求書1所述，研發的試劑中所包含的組分有ddH₂O、10×PCR buffer、50nMPrimer Mix、2.5mM dNTP、5U/μL Hot Start DNA聚合酶、100mM Mg²⁺和2μM barcode試劑。

4.根據權利要求1所述，研發的體系的操作步驟如下所示：（1）取待測樣品，采用磁珠DNA提取試劑盒，提取樣本DNA；（2）首先進行第一輪PCR：PCR體系為10μL，具體包括：3.1μLddH₂O、1μL 10×PCR buffer、2μL 50nM Primer Mix、0.8μL 2.5mM dNTP、0.1μL 5U/μL HotStart DNA 聚合酶、1μL 100mM Mg²⁺和2μL 樣本DNA；PCR反應條件為：95℃變性15min；94℃變性30s，60℃退火10min，72℃延伸30s，共4個循環；然后94℃變性30s，60℃退火1min，72℃延伸30s，共15個循環；（3）然后再進行第二輪PCR：在進行PCR之前，需要對第一輪的PCR產物加入100μL ddH₂O進行稀釋；取10μL稀釋后的PCR產物加入到包含有3.5μL ddH₂O、1μL 10×PCR buffer、3.6μL 2μM barcode、0.8μL 2.5mM dNTP、0.1μL 5U/μL Hot Start DNA 聚合酶和1μL 100mM Mg²⁺的混合溶液中；PCR反應條件如下：95℃變性15min；94℃變性30s，60℃退火4min，72℃延伸30s，共5個循環；然后94℃變性30s，65℃退火1min，72℃延伸30s，共10個循環；（3）文庫的純化和定量：取第二輪PCR產物，進行瓊脂糖凝膠電泳檢測，然后對目的片段進行切膠回收，采用天根DP214試劑盒對目的片段進行純化處理；然后采用Agilent2100生物分析儀對文庫進行定量；（4）上機測序及數據分析：將構建好的文庫放置于illumina X-10測序平臺上進行測序分析；對于獲得的測序數據，首先采用Cutadapt軟件去除接頭序列，然后采用BWA軟件將去除接頭后的序列和人類參考基因組（GRCh38.p12）進行比對，通過GATK軟件確定研究位點的基因分型。