[發明專利]一種基于NGS分型用于法醫學個體識別的SNP-DIP微單倍型域的復合擴增體系

在審

• 申請號: 201910632812.0
• 申請日: 2019-07-14
• 公開（公告）號: CN110305968A
• 公開（公告）日: 2019-10-08
• 發明（設計）人: 朱波峰;靳小業;崔偉;陳沖
• 申請（專利權）人: 西安交通大學口腔醫院
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明屬于法醫學新技術創新研究應用領域，具體涉及公開一種用于法醫學個體識別的SNP?DIP分子遺傳標記組成的微單倍型域的復合擴增檢測體系。本發明基于既往報道的SNP或DIP位點，采用微單倍型域的研究策略，通過dbSNP庫查閱這些位點的側翼序列（上下各100bp）是否存在其他SNP或DIP遺傳變異，根據每個區域內遺傳變異的組合類型差異，形成類似于微單倍型域的分子遺傳標記。本發明采用二代測序的方法對這些區域進行深度測序，可實現多個樣本的同步分型檢測，且可獲得每個區域內所有SNP或DIP位點堿基序列變異信息。本發明提供的18個微單倍型域在東亞群體中具有較高的累積個體識別率，可用于法醫學個體識別的應用研究。

技術領域

本發明屬于法醫學新技術研究開發領域，具體涉及公開一種單核苷酸多態性和缺失/插入多態性分子遺傳標記組成的微單倍型域的復合擴增體系及其基于二代測序的分析檢測方法。

背景技術

單核苷酸多態性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）是基因組中單個核苷酸變異所形成的序列多態性分子遺傳標記；缺失/插入多態性（Deletion/InsertionPolymorphism, DIP）是基因組中插入或缺失不同長度的DNA片段所形成的長度多態性分子遺傳標記；這兩種遺傳標記具有基因組中分布廣泛、突變率低、且易獲得較短擴增子的優勢。SNP和DIP遺傳標記主要表現為二等位基因的遺傳變異，相比STR基因座，這兩種遺傳標記的遺傳多態性相對偏低。因此在法醫學應用中，需要更多的SNP和DIP位點才能達到現有的STR基因座所獲得的法醫學效能，實現法醫學個體識別和親權鑒定的目的。

微單倍型域作為一種新型分子遺傳標記，它是由基因組中一段特定的區域內（小于200bp）的多個SNP和/或DIP位點所組成的遺傳標記，這些SNP和/或DIP的組合方式構成微單倍型的多樣性。因此微單倍型域遺傳標記相比SNP或DIP遺傳標記，具有更高的多態性，同時兼備SNP或DIP遺傳標記的其他優勢，在法醫學研究中具有巨大的應用潛力。

二代測序技術（Next Generation Sequencing, NGS），又稱大規模平行測序，相比一代測序技術，其不受熒光物質種類和數量的限制，不僅可以同時檢測多個樣本，而且可實現大量遺傳標記的同步分析檢測；在分析長度多態性的同時可進行序列多態性分析，所以NGS技術對于分析微單倍型域遺傳標記具有一定的優勢。

本發明采用微單倍型域的研究策略，基于既往報道的SNP或DIP遺傳標記，通過dbSNP庫查詢其上下游（各100bp內）是否存在其他遺傳變異（SNP或DIP），篩選出那些側翼序列存在其他變異的SNP或DIP遺傳標記，然后采用二代平臺測序分析這些遺傳標記。

發明內容

本發明的目的是提供一種SNP-DIP組成的微單倍型域的復合擴增體系及其基于NGS分型檢測方法。為了實現本發明，我們采用了以下技術方案：

1、側翼序列存在變異的SNP/DIP遺傳標記的篩選。

首先，我們以既往研究報道過的SNP或DIP位點為基礎，通過dbSNP庫查找這些位點上下游各100bp的區域內是否存在其他變異，位點的篩選原則如下：（1）每個區域內存在的SNP/DIP位點的最小等位基因頻率大于0.01；（2）每個區域內的SNP/DIP位點不處于強連鎖不平衡狀態；（3）不同區域的物理距離大于10Mb或在不同染色體上；（4）每個區域與現有常用的STR遺傳標記的物理距離大于10Mb或在不同染色體上；（5）每個區域內的SNP/DIP位點所構成的單倍型在東亞群體中符合哈迪溫伯格平衡。

基于以上原則，本研究共選擇出18個區域，每個區域所包含位點的rs編號，所在的染色體以及具體的位置如表1所示。每個區域內位點的命名基于既往報道的原則進行命名，以MH01ZBF002為例，MH表示微單倍型（Microhaplotype）的英文縮寫，01表示1號染色體，ZBF表示發現這個位點的實驗室，002用于進一步區分同一條染色體上發現的不同微單倍型域位點。