[發(fā)明專利]一種MC1R基因單倍型的鑒定與應(yīng)用方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910592821.1
• 申請(qǐng)日: 2019-07-03
• 公開（公告）號(hào): CN110273010A
• 公開（公告）日: 2019-09-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張龔煒;張文秀;鄧永琳;吳雨徽;左福元;劉安芳
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 西南大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 重慶市信立達(dá)專利代理事務(wù)所(普通合伙) 50230
• 代理人: 陳炳萍

本發(fā)明屬于畜牧學(xué)或動(dòng)物遺傳育種技術(shù)領(lǐng)域，公開了一種MC1R基因單倍型的鑒定與應(yīng)用方法，所述MC1R基因單倍型的鑒定方法包括：通過(guò)對(duì)MC1R基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增后，采用單端Sanger測(cè)序獲得變異序列；基于構(gòu)建的單倍型，對(duì)育種群毛色的基因型與表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，鑒定出控制黑羽的單倍型及黑羽純合基因型。本發(fā)明準(zhǔn)確鑒定出控制黑羽的單倍型及黑羽純合基因型。本發(fā)明在一個(gè)測(cè)序反應(yīng)下將關(guān)鍵的SNPs位點(diǎn)同時(shí)鑒定出來(lái)；而已有技術(shù)是用2個(gè)測(cè)序引物才能將SNPs位點(diǎn)同時(shí)鑒定出來(lái)。相比已有技術(shù)的PCR?RFLP鑒別方法，Sanger測(cè)序進(jìn)一步提高了鑒定的準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于畜牧學(xué)或動(dòng)物遺傳育種技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種MC1R基因單倍型的鑒定與應(yīng)用方法。

背景技術(shù)

目前，最接近的現(xiàn)有技術(shù)：在國(guó)內(nèi)對(duì)有色羽活雞的消費(fèi)市場(chǎng)中，黑色羽毛的雞深受消費(fèi)者的喜歡，占有一定的市場(chǎng)份額。羽毛顏色是一個(gè)復(fù)雜性狀，雞毛色呈黑色(Extendedblack)、金翎(buttercup)和茶花色(wild type)由E，e^bc，e⁺三種位點(diǎn)分別控制，三者顯隱性關(guān)系為E>e^bc>e⁺。由于黑羽顯性位點(diǎn)的純合基因型和雜合基因型的表型相同，在育種過(guò)程中，需要通過(guò)將待測(cè)個(gè)體與隱性純合子個(gè)體進(jìn)行測(cè)交試驗(yàn)，根據(jù)雜交后代毛色是否分離才能進(jìn)行區(qū)分。而測(cè)交試驗(yàn)需要花費(fèi)大量的人力和物力，且試驗(yàn)時(shí)間長(zhǎng)。因此，對(duì)黑羽雞育種群體進(jìn)行快速、準(zhǔn)確的基因型鑒定，是提高黑羽雞育種進(jìn)程的重要手段。

MC1R作為控制雞毛色的主效基因。國(guó)內(nèi)地方雞種MC1R基因存在大量遺傳變異。利用PCR產(chǎn)物直接測(cè)序法，在河北柴雞鑒定出10個(gè)新SNPs。雖然對(duì)遺傳變異與毛色進(jìn)行的相關(guān)分析，然而未能區(qū)分黑羽中純合和雜合個(gè)體。

現(xiàn)有技術(shù)一，CN201210336647.2公開一種雞MDH基因5′側(cè)翼區(qū)單核苷酸多態(tài)性的檢測(cè)方法，包括以下步驟：雞MDH基因5′側(cè)翼區(qū)PCR引物的設(shè)計(jì)；以引物P進(jìn)行PCR擴(kuò)增待測(cè)雞的MDH基因片段；PaeI酶切消化PCR擴(kuò)增的MDH基因片段；PaeI消化PCR產(chǎn)物后瓊脂糖凝膠電泳分析；MDH基因不同基因頻率和基因型頻率。針對(duì)上述MDH基因5′側(cè)翼區(qū)的SNP多態(tài)性，本發(fā)明公開其篩查和檢測(cè)方法，通過(guò)設(shè)計(jì)特定的引物PCR擴(kuò)增，特定的限制性內(nèi)切酶酶切鑒定，能夠快速、簡(jiǎn)單、低成本、高精確地檢測(cè)其單核苷酸的多態(tài)性；能夠從分子遺傳學(xué)上快速的對(duì)種質(zhì)資源進(jìn)行分型，以便用于雞腹脂重和產(chǎn)蛋數(shù)的標(biāo)記輔助選擇(MAS)，建立雞種群。

現(xiàn)有技術(shù)二，CN201811413923.4公開一種c-kit基因突變檢測(cè)方法，包括如下步驟：S1、依據(jù)9、11、13和17號(hào)c-Kit外顯子的DNA序列設(shè)計(jì)特異性擴(kuò)增引物；S2、利用步驟S1中設(shè)計(jì)得到的特異性擴(kuò)增引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增9、11、13和17號(hào)c-Kit外顯子的基因，并對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行酶解；S3、根據(jù)測(cè)序引物，對(duì)酶解產(chǎn)物進(jìn)行循環(huán)擴(kuò)增獲取Sanger片段；S4、利用步驟S3中得到的Sanger片段利用自動(dòng)化基因儀上分析據(jù)9、11、13和17號(hào)c-Kit外顯子的DNA序列信息，與野生基因型比對(duì)，找出突變位點(diǎn)。該發(fā)明設(shè)計(jì)了特異性擴(kuò)增引物，縮短了引物的長(zhǎng)度，提高特異性擴(kuò)增靈敏度，通過(guò)所述特異性擴(kuò)增引物可以直觀的看到PCR擴(kuò)增的目的基因是否合格，從而決定是否進(jìn)行下一步，避免浪費(fèi)試劑。

綜上所述，現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題是：

(1)現(xiàn)有技術(shù)中，沒(méi)有通過(guò)對(duì)MC1R基因進(jìn)行PCR擴(kuò)增后，采用單端Sanger測(cè)序獲得變異序列，基于構(gòu)建的單倍型，對(duì)育種群毛色的基因型與表型進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，造成不能準(zhǔn)確鑒定出控制黑羽的單倍型及黑羽純合基因型。

(2)黑羽雞育種測(cè)交試驗(yàn)需要花費(fèi)大量的人力和物力，且試驗(yàn)時(shí)間長(zhǎng)。

(3)國(guó)內(nèi)地方雞種MC1R基因存在大量遺傳變異，未能區(qū)分黑羽中純合和雜合個(gè)體。

發(fā)明內(nèi)容

針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)存在的問(wèn)題，本發(fā)明提供了一種MC1R基因單倍型的鑒定與應(yīng)用方法。