[發(fā)明專(zhuān)利]用于檢測(cè)SYT-SSX融合基因的引物、試劑盒和方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910566697.1
• 申請(qǐng)日: 2019-06-27
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110218774A
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-09-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 王淑一;吳鵬飛;裘振亞
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 杭州艾迪康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6858
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 浙江千克知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 33246
• 代理人: 黎雙華

本發(fā)明公開(kāi)了用于檢測(cè)SYT?SSX融合基因的引物、試劑盒和檢測(cè)方法，包括檢測(cè)SYT?SSX1或SYT?SSX2融合基因的引物及探針和檢測(cè)內(nèi)參基因的引物及探針。與直接測(cè)序等技術(shù)相比，本發(fā)明用于SYT?SSX融合基因檢測(cè)特異性強(qiáng)、靈敏度高，操作簡(jiǎn)單快速、高通量、判讀結(jié)果可靠，簡(jiǎn)便等優(yōu)勢(shì)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種用于SYT-SSX融合基因檢測(cè)的ARMS-qPCR引物、試劑盒和方法，能快速、靈敏、準(zhǔn)確的檢測(cè)SYT-SSX融合基因。

背景技術(shù)

滑膜肉瘤是較常見(jiàn)的軟組織惡性腫瘤，占軟組織肉瘤的5％-10％。組織學(xué)類(lèi)型分4種：?jiǎn)蜗嘈汀㈦p相型、單相上皮型和低分化型[1]。滑膜肉瘤形態(tài)變化復(fù)雜，需要依靠多處取材并找到腫瘤雙相分化的特征方可確診。滑膜肉瘤的典型病例如青壯年患者，發(fā)生于四肢大關(guān)節(jié)附近的腫瘤，X射線檢查見(jiàn)不同程度的鈣化，結(jié)合切片發(fā)現(xiàn)腫瘤具有雙相分化的特征，確診并不困難。但一些發(fā)生于老年患者及少見(jiàn)部位的滑膜肉瘤如腎、顱底、胸大肌等處，如果腫瘤的上皮樣分化不明顯，則診斷較為困難。因此，需要一種簡(jiǎn)單又可靠的方法來(lái)診斷滑膜肉瘤。文獻(xiàn)報(bào)道90％以上的滑膜肉瘤存在特殊的染色體異常t(x；18)(p11.2,q11.2)，導(dǎo)致18號(hào)染色體上SYT基因融合到X染色體SSX基因，形成SYT-SSX融合基因[2]。在非滑膜肉瘤組織中，則檢測(cè)不到該融合基因的轉(zhuǎn)錄。因此，SYT-SSX融合基因?qū)と饬鰜?lái)說(shuō)具有特異性，檢測(cè)它們的mRNA可作為滑膜肉瘤的診斷指標(biāo)。由于X染色的斷裂點(diǎn)不同，融合基因的主要型別分為SYT-SSX1型和SYT-SSX2型[3]。研究表明SYT-SSX融合基因可能與腫瘤生長(zhǎng)和進(jìn)展有密切聯(lián)系，SYT-SSX1型比SYT-SSX2的預(yù)后差，它們也可用于檢測(cè)患者病情的發(fā)展及預(yù)后。

在實(shí)際應(yīng)用中，用于融合基因的方法有很多，如RT-PCR、northern blot等。本項(xiàng)目采用時(shí)下最流行的實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)SYT-SSX mRNA表達(dá)水平。實(shí)時(shí)熒光定量PCR具有較高的靈敏度和特異性，而且能對(duì)PCR進(jìn)行實(shí)時(shí)在線檢測(cè)，反應(yīng)融合基因在樣本中的有無(wú)及初始含量，試驗(yàn)節(jié)約了大量的檢測(cè)時(shí)間，還避免了遺留污染的發(fā)生。常見(jiàn)的方法有SYBRGreenI染料法,雙探針雜交法以及Taqman技術(shù)等。其中SYBR GreenI由于是非飽和染料，特異性不如雙探針雜交法以及Taqman法，必須通過(guò)觀察溶解曲線來(lái)判斷其特異性；而雙探針?lè)s交法成本又較為昂貴。因此本研究采用實(shí)時(shí)熒光PCR技術(shù)結(jié)合Taqman探針應(yīng)用于SYT-SSX融合基因檢測(cè)。此外，在計(jì)算方法上采用雙標(biāo)曲，采用此算法不僅對(duì)各樣本濃度沒(méi)有特殊要求(各樣本的mRNA濃度需調(diào)整一致)，而且曲線的斜率也可進(jìn)一步校正擴(kuò)增造成的誤差。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服現(xiàn)有技術(shù)中的上述缺陷，本發(fā)明提供了一種用于檢測(cè)SYT-SSX融合基因的引物，其特征在于，所述引物包括：

(1)檢測(cè)SYT-SSX1或SYT-SSX2融合基因的引物及探針，其堿基序列為：

SYT-SSX-F：5’-CACCACAGCCACCCCAGC-3’

SYT-SSX-TaqMan：5’-FAM ACCAGATCATGCCCAAGAAGCCAGC-TAMRA-3’；

SSX1-R：5’-CACTCCCTTCGAATCATTTTCG-3’；

SSX2-R：5’-CACTTCCTCCGAATCATTTCCT-3’；

(2)檢測(cè)內(nèi)參基因的引物及探針，其堿基序列為：

Actin-F：5’-TGAGCGAGGCTACAGCTT-3’；

Actin-R：5’-TCCTTGATGTCGCGCACGATTT-3’；

Actin-Probe：5’-FAM-ACCACCACGGCCGAGCCC-TAMRA-3’。