[發(fā)明專利]一種短串聯(lián)重復(fù)序列通用探針及其設(shè)計(jì)方法和應(yīng)用

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910559128.4
• 申請(qǐng)日: 2019-06-26
• 公開（公告）號(hào): CN110343757A
• 公開（公告）日: 2019-10-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 朱海濤;李旭新;夏江
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 領(lǐng)航基因科技（杭州）有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 陸惠中;田歡

1.一種用于數(shù)字PCR的探針，其特征在于，所述探針的序列采用短串聯(lián)重復(fù)序列作為骨架序列，所述短串聯(lián)重復(fù)序列按照重復(fù)基序區(qū)分，包括單一型(用結(jié)構(gòu)式(X)n表示)、復(fù)合型(用結(jié)構(gòu)式(X)n(Y)m表示)和間斷型(用結(jié)構(gòu)式(X)n Z(Y)m表示)，其中X為A、C、G、T四種堿基中的一種或2-6個(gè)堿基組合，Y為A、C、G、T四種堿基中不同于X的一種或2-6個(gè)堿基組合，Z為A、C、G、T四種堿基中不同于X和Y的一種或多個(gè)堿基的組合，n和m為重復(fù)的單元數(shù)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的探針，其特征在于，所述探針的長(zhǎng)度為8-40bp；探針的5’端標(biāo)記熒光報(bào)告基團(tuán)，探針的3’端標(biāo)記熒光淬滅基團(tuán)。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的探針，其特征在于，所述熒光報(bào)告基團(tuán)為FAM、VIC、ROX或CY5，所述熒光淬滅基團(tuán)為MGB。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的探針，所述探針為探針1、探針2、探針3或探針4，其核苷酸序列分別為SEQ NO：1、SEQ NO：2、SEQ NO：3和SEQ NO：4所示。

5.一種可同時(shí)檢測(cè)基因組多個(gè)位點(diǎn)的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括權(quán)利要求1-4中任意一項(xiàng)所述的探針。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒還包括引物組和PCR反應(yīng)液。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的試劑盒，其特征在于，所述引物組的序列設(shè)計(jì)于短串聯(lián)重復(fù)序列的上下游，引物組長(zhǎng)度為12-40bp，GC含量為30-80％。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的試劑盒，其特征在于，所述引物組的核苷酸序列分別如SEQNO：5和SEQ NO：6，或SEQ NO：7和SEQ NO：8，或SEQ NO：9和SEQ NO：10，或SEQ NO：11和SEQNO：12，或SEQ NO：13和SEQ NO：14，或SEQ NO：15和SEQ NO：16所示。

9.根據(jù)權(quán)利要求6所述的試劑盒，其特征在于，所述PCR反應(yīng)液包括水、三羥甲基氨基甲烷、氯化鉀、氯化鎂、脫氧核糖核苷三磷酸和DNA聚合酶。

10.權(quán)利要求1-4中任意一項(xiàng)所述探針或權(quán)利要求5-9中任意一項(xiàng)所述試劑盒在無創(chuàng)檢測(cè)染色體拷貝數(shù)是否發(fā)生變異中的應(yīng)用。