[發(fā)明專利]胃癌分型的蛋白標(biāo)志物的篩選方法、篩選裝置及其篩選的蛋白標(biāo)志物的應(yīng)用

有效

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• 申請日: 2019-04-30
• 公開（公告）號: CN110146636B
• 公開（公告）日: 2022-05-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 秦鈞;汪宜;劉明偉;夏夏;宋雷;李愷;倪曉天
• 申請（專利權(quán)）人: 北京谷海天目生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
• 主分類號: G01N30/88
• 分類號: G01N30/88;G01N33/574;G01N33/68
• 代理公司: 北京康信知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 路秀麗

本發(fā)明提供了一種胃癌分型的蛋白標(biāo)志物的篩選方法、篩選裝置及其篩選的蛋白標(biāo)志物的應(yīng)用。該篩選方法包括：從多個樣本形成的蛋白表達(dá)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫中篩選出滿足保留條件的蛋白，作為有效蛋白集；對有效蛋白集依次進(jìn)行兩次降維處理，得到降維蛋白集；對降維蛋白集進(jìn)行聚類分析，得到不同類別的蛋白標(biāo)志物。該方法通過從大量的胃癌樣本的蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫中篩選出在癌癥樣本中顯著高表達(dá)的蛋白標(biāo)志物，并根據(jù)不同蛋白標(biāo)志物與生存率之間的相互關(guān)系，將胃癌分成不同類別的蛋白標(biāo)志物，這些標(biāo)志物在不同類別之間存在顯著性差異，因而對胃癌分型更準(zhǔn)確。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及腫瘤檢測領(lǐng)域，具體而言，涉及一種胃癌分型的蛋白標(biāo)志物的篩選方法、篩選裝置及其篩選的蛋白標(biāo)志物的應(yīng)用。

背景技術(shù)

胃癌在全球腫瘤死亡原因中排名第三，我國是胃癌高發(fā)地區(qū)之一，每年新發(fā)病例接近全世界的一半左右。目前對胃癌的預(yù)后的評估手段主要有三種：第一種是基于組織形態(tài)學(xué)的 Lauren分型，該分型將胃癌分為腸型、彌漫型以及混合型。其中，腸型胃癌預(yù)后最好，5年生存率65％；彌漫型胃癌預(yù)后最差，5年生存率48％。第二種是TNM分期，該分期按照腫瘤的大小、侵襲能力、淋巴結(jié)節(jié)個數(shù)以及是否發(fā)生近端或者遠(yuǎn)端轉(zhuǎn)移，對胃癌病人進(jìn)行分期。其中預(yù)后最好的是IIA型，5年生存率78％；預(yù)后最差的是IIIC型，5年生存率15％。第三種是 ACRG研究機構(gòu)的基于基因組和轉(zhuǎn)錄組的分型，分別為：MSI型、微衛(wèi)星穩(wěn)定/上皮細(xì)胞向間充質(zhì)細(xì)胞轉(zhuǎn)化型(MSS/EMT)、微衛(wèi)星穩(wěn)定/TP53陽性型和微衛(wèi)星穩(wěn)定/TP53陰性型。其中MSI 型預(yù)后最好，5年生存率71％；MSS/EMT型預(yù)后最差，5年生存率33％。

Lauren分型的方法對預(yù)后的評估能力最為有限，其中5年生存率差異最大僅為17％(腸型65％；彌漫型48％)。這三種方法中，TNM分期能夠最好地對胃癌患者的預(yù)后進(jìn)行評估，其中5年生存率差異最大為63％(IIA型78％；IIIC型15％)。然而，不管是Lauren分型還是 TNM分型，都存在一個問題，就是這兩種預(yù)后評估的方法都不是基于分子的胃癌預(yù)后評估方法，因此無法為患者的化療用藥方案提出個性化的選擇。

ACRG的基于基因組的胃癌分型首次從分子層面對胃癌進(jìn)行分析，基于該方法的預(yù)后評估能力雖然比TNM分型要差(5年生存率差異最大為35.85％(MSI型71％；MSS/EMT型33％)，卻從某種程度上解釋了胃癌的成因。然而，基于基因組的方法依然無法對患者的化療和不同藥物的選擇，給出有效的預(yù)后評估。

因此，如何更準(zhǔn)確地對人群中的胃癌進(jìn)行分型已成為了一個亟待解決的問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的主要目的在于提供一種胃癌分型的蛋白標(biāo)志物的篩選方法、篩選裝置及其篩選的蛋白標(biāo)志物的應(yīng)用，以更準(zhǔn)確地對人群中的胃癌進(jìn)行分型。

為了實現(xiàn)上述目的，根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種胃癌分型蛋白標(biāo)志物的篩選方法，該篩選方法包括：從多個樣本形成的蛋白表達(dá)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫中篩選出滿足保留條件的蛋白，作為有效蛋白集；對有效蛋白集依次進(jìn)行兩次降維處理，得到降維蛋白集；對降維蛋白集進(jìn)行聚類分析，得到不同類別的蛋白標(biāo)志物。

進(jìn)一步地，兩次降維處理包括：采用主成分分析法對有效蛋白集進(jìn)行第一次降維處理，得到第一降維數(shù)據(jù)集；采用t-SNE對第一降維數(shù)據(jù)集進(jìn)行第二次降維處理，得到降維蛋白集。

進(jìn)一步地，保留條件包括質(zhì)量條件和/或頻次條件，質(zhì)量條件包括如下至少之一：具有至少兩條滿足質(zhì)量要求的肽段且其中至少一條為滿足質(zhì)量要求的唯一性肽段、至少具有三條滿足質(zhì)量要求的肽段；頻次條件為至少在80％的樣本中都出現(xiàn)的蛋白。

進(jìn)一步地，采用t-SNE對第一降維數(shù)據(jù)集進(jìn)行第二次降維處理的步驟中，學(xué)習(xí)速率設(shè)為 10～500，迭代次數(shù)設(shè)為7500以上，迭代停止設(shè)為100～400。

進(jìn)一步地，聚類分析的步驟中，類內(nèi)平均距離≤4.58，類間平均距離≥9.68。