[發(fā)明專利]胃癌分型的蛋白標(biāo)志物的篩選方法、篩選裝置及其篩選的蛋白標(biāo)志物的應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910367519.6
• 申請日: 2019-04-30
• 公開（公告）號: CN110146636B
• 公開（公告）日: 2022-05-13
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 秦鈞;汪宜;劉明偉;夏夏;宋雷;李愷;倪曉天
• 申請（專利權(quán)）人: 北京谷海天目生物醫(yī)學(xué)科技有限公司
• 主分類號: G01N30/88
• 分類號: G01N30/88;G01N33/574;G01N33/68
• 代理公司: 北京康信知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 路秀麗

1.一種胃癌分型蛋白標(biāo)志物的篩選方法，其特征在于，所述篩選方法包括：

從多個胃癌樣本形成的蛋白表達質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫中篩選出滿足保留條件的蛋白，作為有效蛋白集；

對所述有效蛋白集依次進行兩次降維處理，得到降維蛋白集；

對所述降維蛋白集進行聚類分析，得到不同類別的蛋白標(biāo)志物，所述兩次降維處理包括：

采用主成分分析法對有效蛋白集進行第一次降維處理，得到第一降維數(shù)據(jù)集；

采用t-SNE對所述第一降維數(shù)據(jù)集進行第二次降維處理，得到所述降維蛋白集，所述保留條件包括質(zhì)量條件和/或頻次條件，

所述質(zhì)量條件包括如下至少之一：具有至少兩條滿足質(zhì)量要求的肽段且其中至少一條為滿足質(zhì)量要求的唯一性肽段、至少具有三條滿足質(zhì)量要求的肽段；

所述頻次條件為至少在80％的樣本中都出現(xiàn)的蛋白；

所述不同類別的蛋白標(biāo)志物包括基于方差檢驗P值小于10的-35次方的蛋白標(biāo)志物；

所述基于方差檢驗P值小于10的-35次方的蛋白標(biāo)志物包括：

C0，H2AFZ、H2AFJ、H2AFV；

C1，ACTG2、ACTA2、ACTC1；

C2，F(xiàn)LNA、COL6A2、COL6A1；

C3，TUBB2B、TUBB2A、TUBB；

C4，H3F3C、H3F3A、H3F3B；

C5，X；

C6，PABPC1、HNRNPK、DDX39B。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的篩選方法，其特征在于，采用t-SNE對所述第一降維數(shù)據(jù)集進行第二次降維處理的步驟中，學(xué)習(xí)速率設(shè)為10～500，迭代次數(shù)設(shè)為7500以上，迭代停止設(shè)為100～400。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的篩選方法，其特征在于，所述聚類分析的步驟中，類內(nèi)平均距離≤4.58，類間平均距離≥9.68。

4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項所述的篩選方法，其特征在于，在對所述有效蛋白集依次進行兩次降維處理之前，所述方法還包括：對所述有效蛋白集進行標(biāo)準(zhǔn)化處理，得到標(biāo)準(zhǔn)化的所述有效蛋白集。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的篩選方法，其特征在于，所述標(biāo)準(zhǔn)化處理是指使所述有效蛋白集中的蛋白的均值為0，方差為1。