[發(fā)明專利]一種與羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)SSR標(biāo)記

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910322594.0
• 申請(qǐng)日: 2019-04-22
• 公開（公告）號(hào): CN110029174B
• 公開（公告）日: 2023-01-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳雪峰;顧志敏;張宇飛;徐賓朋;高強(qiáng);程海華
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 浙江省淡水水產(chǎn)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京科億知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11350
• 代理人: 湯東鳳

本發(fā)明提供一種羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)SSR標(biāo)記，其中檢測(cè)MR34標(biāo)記的引物對(duì)，其上游引物的序列為SEQ ID NO:1，下游引物的序列為SEQ ID NO:2；檢測(cè)標(biāo)記MR45的引物對(duì)，其上游引物的序列為SEQ ID NO:3，下游引物的序列為SEQ ID NO:4。本發(fā)明篩選獲得的羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)SSR標(biāo)記是從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中篩選得到的多態(tài)性位點(diǎn)，與功能基因相關(guān)，可為后續(xù)與生長性狀關(guān)聯(lián)分析、遺傳圖譜構(gòu)建，QTL定位等提供有力支持。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于羅氏沼蝦育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)SSR標(biāo)記。

背景技術(shù)

羅氏沼蝦(Macrobrachium rosenbergii)由于食性廣、病害少、生長快、營養(yǎng)價(jià)值高，因此具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，它是世界上許多地區(qū)內(nèi)陸水產(chǎn)養(yǎng)殖中重要的經(jīng)濟(jì)甲殼動(dòng)物之一。中國于1976年從日本引進(jìn)該蝦，經(jīng)40多年的發(fā)展，中國羅氏沼蝦產(chǎn)業(yè)處于世界第一，據(jù)不完全統(tǒng)計(jì)，至2018年，中國苗種年生產(chǎn)量達(dá)到300億尾，養(yǎng)殖面積超過3萬公頃，總產(chǎn)量超過15萬噸。產(chǎn)業(yè)的穩(wěn)定快速發(fā)展得益于中國羅氏沼蝦育種項(xiàng)目的開展及選育良種的產(chǎn)業(yè)化推廣，浙江省淡水水產(chǎn)研究所自2006年開始運(yùn)用BLUP育種技術(shù)，經(jīng)過連續(xù)4年的家系選育，2009年，獲得了第一個(gè)經(jīng)中國水產(chǎn)原種和良種審定委員會(huì)審定通過的羅氏沼蝦選育新品種“南太湖2號(hào)”(品種登記號(hào)：GS-01-001-2009)，經(jīng)遺傳改良后，羅氏沼蝦“南太湖2號(hào)”的生長速度和成活率顯著提高，與商業(yè)苗種相比生長速度提高36.87％，成活率提高7.76％。

然而，傳統(tǒng)的選擇育種是基于性狀表型值進(jìn)行選育，育種周期長、效率低，隨著現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，分子標(biāo)記輔助育種成為熱點(diǎn)，該技術(shù)有效地克服了常規(guī)育種過程中所采用的形態(tài)學(xué)標(biāo)記存在數(shù)目少、受環(huán)境影響較大、不易直接選擇等缺點(diǎn)，從而可加速育種進(jìn)程，提高育種效率，縮短育種年限。

微衛(wèi)星(microsatellites)又稱簡單重復(fù)序列(simple sequence repeats，SSR)，為第二代分子標(biāo)記，具有多態(tài)性高、信息含量豐富、共顯性遺傳等有點(diǎn)，被廣泛應(yīng)用于水產(chǎn)動(dòng)物的種質(zhì)鑒定、遺傳結(jié)構(gòu)分析、遺傳連鎖圖譜構(gòu)建、QTL定位等方面。有關(guān)羅氏沼蝦SSR相關(guān)的研究工作已有開展，但大多集中在群體遺傳結(jié)構(gòu)評(píng)估方面，目前尚未見運(yùn)用SSR標(biāo)記對(duì)羅氏沼蝦生產(chǎn)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析的研究。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供一種羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)SSR標(biāo)記，通過對(duì)轉(zhuǎn)錄組中的SSR位點(diǎn)進(jìn)行了多態(tài)性篩選，而后進(jìn)行SSR標(biāo)記與體質(zhì)量關(guān)聯(lián)分析，最終獲得了與體質(zhì)量相關(guān)的SSR標(biāo)記，為今后開展羅氏沼蝦的分子標(biāo)記輔助育種打下基礎(chǔ)。

本發(fā)明首先提供一種與羅氏沼蝦體質(zhì)量相關(guān)的SSR標(biāo)記，分子標(biāo)記命名為MR34或MR45；

其中檢測(cè)MR34標(biāo)記的引物對(duì)，其中：

上游引物序列如下：5′-TCCTGGTTTCTGTGGCCTTA-3′(SEQ ID NO:1)，

下游引物序列為5′-TCGAGGTCATTTCCACTTCC-3′(SEQ ID NO:2)；

檢測(cè)標(biāo)記MR45的引物對(duì)，其中：

上游引物序列為5′-AGGCTACGACATCATCCCAC-3′(SEQ ID NO:3)；

下游引物序列為5′-TGCGCAAACATACAAACCAT-3′(SEQ ID NO:4)。

本發(fā)明所提供的SSR標(biāo)記用于篩選羅氏沼蝦；

本發(fā)明再一個(gè)方面是提供一種篩選高體質(zhì)量羅氏沼蝦的方法，是通過檢測(cè)待篩選個(gè)體中MR34標(biāo)記的基因型是否為210/214；MR45標(biāo)記的基因型是否為174/190來實(shí)現(xiàn)的。

所述的方法，是通過PCR引物進(jìn)行擴(kuò)增后，再對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序后，對(duì)基因型進(jìn)行分析完成的。