[發(fā)明專利]一種番鴨產(chǎn)蛋性能關聯(lián)基因SMAD3分子標記篩選方法

在審

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• 申請日: 2019-04-11
• 公開（公告）號: CN109868323A
• 公開（公告）日: 2019-06-11
• 發(fā)明（設計）人: 譚斌;楊勝林;楊汝才;楊世皓;周璇;羅林麗;祝永才
• 申請（專利權）人: 貴州大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6806
• 代理公司: 貴陽東圣專利商標事務有限公司 52002
• 代理人: 蘭艷文

一種番鴨的產(chǎn)蛋性狀關聯(lián)基因SMAD3分子標記篩選方法，包括如下步驟：（1）DNA提取：采用酚氯法提取產(chǎn)蛋期母番鴨基因組DNA，然后測定基因組DNA純度的OD值和濃度；（2）引物設計：運用NCBI在線軟件以及Primer 5.0進行SMAD3基因擴增引物設計，引物序列送相關生物公司合成；（3）PCR擴增：采用15μL反應體系，設置PCR擴增條件進行PCR擴增，產(chǎn)物用1%濃度瓊脂糖凝膠電泳檢測；（4）擴增產(chǎn)物片段測序與SNP位點篩查；（5）SNP突變位點直接測序分型，與產(chǎn)蛋性能關聯(lián)分析，確定與產(chǎn)蛋性能緊密關聯(lián)的SNP；在分子標記應用于番鴨選種、育種過程中，用上述方法檢測到的與番鴨產(chǎn)蛋性能關聯(lián)基因SMAD3的突變基因型即作為分子標記。

技術領域

本發(fā)明屬于家禽分子標記選擇育種方法，特別是番鴨的產(chǎn)蛋性狀相關聯(lián)基因SMAD3分子標記篩選方法及應用。

背景技術

番鴨作為國內優(yōu)良的肉用鴨種之一，因其具有體型大，易飼養(yǎng)，瘦肉率高，有特殊野禽風味，產(chǎn)肥肝性能好，以及耐粗飼，抗病力強，飼料轉換效率高和等優(yōu)點，深受廣大養(yǎng)戶和消費者的青睞，具有廣闊的市場飼養(yǎng)前景，但相較于家鴨，母番鴨育成時間長（24~26周），導致飼養(yǎng)成本增加，年產(chǎn)蛋量較少（80~120枚），且母番鴨有很強的就巢性，而就巢性強會使其卵巢退化而導致停產(chǎn)，造成番鴨的繁殖性能較低。因此，番鴨的繁殖性能一直是制約其規(guī)模化、集約化生產(chǎn)與發(fā)展的關鍵因素之一。而產(chǎn)蛋性狀作為復雜的數(shù)量性狀，不僅受微效多基因調控，而且與多種環(huán)境因素的有關。而常規(guī)的育種手段很難對產(chǎn)蛋性能做出精確選育，而分子育種標記可精確快速的輔助選種選育。研究表明，SMAD3基因與禽類的繁殖性能具有一定的相關性。

單核苷酸多態(tài)性（SNP）指同一位點的不同等位基因之間僅存在個別核苷酸的差異，該分子標記能從分子水平上對單個核苷酸的差異進行檢測，目前是最準確、最有效的分子標記技術。因此，運用SNP分子標記技術來找尋與番鴨繁殖性狀相關候選基因相關分子標記，為番鴨繁殖性狀的選種選育提供分子依據(jù)，具有重要的現(xiàn)實意義。因此，找到SMAD3基因的某個SNP突變位點的某種基因型后，若分析其與番鴨產(chǎn)蛋性狀具有相關性，則該位點作為一種分子標記并應用于番鴨繁殖性能選育的分子標記輔助選擇（MAS）是一項潛在且可行的選種、育種途徑。近年來，關于SNP分子標記并應用于家禽選種、育種的研究報道屢見不鮮，但關于番鴨產(chǎn)蛋性狀的分子標記挖掘與應用報道較少，而SMAD3基因的分子標記的挖掘并應用于番鴨產(chǎn)蛋性狀還是一個新的領域。

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的在于提供一種番鴨繁殖性能關聯(lián)基因SMAD3分子標記的篩選方法及其應用，以獲得一種新的番鴨選種、育種途徑。

本發(fā)明通過以下方法實現(xiàn)：

本發(fā)明的一種番鴨產(chǎn)蛋性能關聯(lián)基因SMAD3分子標記篩選方法，包括如下步驟：

（1）DNA提取：采用酚氯法提取產(chǎn)蛋期母番鴨基因組DNA，然后測定基因組DNA純度的OD值和濃度；

（2）引物設計：運用NCBI在線軟件以及Primer 5.0進行SMAD3基因擴增引物設計，引物序列送相關生物公司合成；

（3）PCR擴增：采用15 μL擴增體系，設置溫度梯度PCR摸索擴增條件，確定最佳擴增條件后進行PCR擴增，擴增產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測；

（4）目的片段回收純化、送相關生物公司測序；

（5）通過測序結果進行SNP突變位點篩查，篩選出來的SNPs直接測序分型，并與產(chǎn)蛋性能進行關聯(lián)分析，最終確定與番鴨的產(chǎn)蛋性狀相關聯(lián)的SNP；

在分子標記輔助育種過程中，通過上述方法檢測到的與產(chǎn)蛋性狀關聯(lián)基因SMAD3的突變基因型即可作為分子標記。