[發(fā)明專利]一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910287232.2
• 申請(qǐng)日: 2019-04-11
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109868323A
• 公開(kāi)（公告）日: 2019-06-11
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 譚斌;楊勝林;楊汝才;楊世皓;周璇;羅林麗;祝永才
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 貴州大學(xué)
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6806
• 代理公司: 貴陽(yáng)東圣專利商標(biāo)事務(wù)有限公司 52002
• 代理人: 蘭艷文

1.一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法，其特征在于：包括如下步驟：

（1）DNA提取：采用酚氯法提取產(chǎn)蛋期母番鴨基因組DNA，然后測(cè)定基因組DNA純度的OD值和濃度；

（2）引物設(shè)計(jì)：運(yùn)用NCBI在線軟件以及Primer 5.0進(jìn)行SMAD3基因擴(kuò)增引物設(shè)計(jì)，引物序列送相關(guān)生物公司合成；

（3）PCR擴(kuò)增：采用15 μL擴(kuò)增體系，設(shè)置溫度梯度PCR摸索擴(kuò)增條件，確定最佳擴(kuò)增條件后進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)；

（4）目的片段回收純化、送相關(guān)生物公司測(cè)序；

（5）通過(guò)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行SNP突變位點(diǎn)篩查，篩選出來(lái)的SNPs直接測(cè)序分型，并與產(chǎn)蛋性能進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，最終確定與番鴨的產(chǎn)蛋性狀相關(guān)聯(lián)的SNP；

在分子標(biāo)記輔助育種過(guò)程中，用上述方法檢測(cè)到的與產(chǎn)蛋性狀關(guān)聯(lián)基因SMAD3的突變基因型即可作為分子標(biāo)記。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法，其特征在于：步驟（1）測(cè)定OD值和濃度時(shí)要求OD₂₆₀/OD₂₈₀比值介于1.8~2.0之間，OD值高于或低于該范圍的DNA均存在污染，需重新提取。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法，其特征在于：步驟（3）中PCR反應(yīng)擴(kuò)增體系15μL包括：2×Taq PCR Master Mix試劑6.5 μL，ddH₂O 5.5 μL，上游引物1μL，下游引物1μL，模板DNA 1μL。

4.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法，其特征在于：步驟（3）中PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性5分鐘；94℃變性30秒；55.7~64.3℃退火30 秒；72℃延伸35-60秒；33~35個(gè)循環(huán)數(shù)；72℃終延伸5 分鐘，4℃反應(yīng)終止；1%濃度的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的一種番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3分子標(biāo)記篩選方法的應(yīng)用，其特征在于：在分子標(biāo)記應(yīng)用于番鴨選種、育種過(guò)程中，用上述方法檢測(cè)到的與番鴨產(chǎn)蛋性能關(guān)聯(lián)基因SMAD3的突變基因型即作為分子標(biāo)記，其判斷標(biāo)準(zhǔn)為：基因型與番鴨產(chǎn)蛋性能之間存在極顯著的相關(guān)性P<0.01。