[發(fā)明專利]一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201910243314.7
• 申請日: 2019-03-28
• 公開（公告）號: CN109988838A
• 公開（公告）日: 2019-07-09
• 發(fā)明（設計）人: 葛會娟;田曉巖;李旭超;劉煒芬;劉志源;黃可君;李健鵬;楊爽;吳建明
• 申請（專利權(quán)）人: 廈門艾德生物醫(yī)藥科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6806;G16B30/00;G16B20/50
• 代理公司: 廈門市首創(chuàng)君合專利事務所有限公司 35204
• 代理人: 張松亭;游學明

1.一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，包括：

文庫制備試劑；所述的文庫根據(jù)提取的DNA類型而定，ctDNA樣本直接進行建庫而得；

組織樣本進行片段化，使其長度集中在200～500bp左右，再建庫而得；所建的文庫，兩端接頭含有6～12bp的隨機分子標簽；

探針：探針為DNA探針，長度在30～150bp之間，覆蓋的區(qū)域包括含EGFR、ALK在內(nèi)的靶向治療藥物相關基因靶點和至少200個MSI位點；

測序系統(tǒng)，能夠?qū)ξ膸爝M行測序；

數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)；所述數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)能夠分析包括數(shù)據(jù)質(zhì)控信息和統(tǒng)計信息、突變位點信息及TMB數(shù)值在內(nèi)的結(jié)果。

2.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：所建的文庫，在用探針捕獲后，文庫需要再次進行擴增，擴增循環(huán)數(shù)為8～20個，擴增后文庫總量應＞10ng。

3.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：所建的文庫，接頭為包括Illumina、ThermoFisher、BGISeq在內(nèi)的測序平臺中的任意一種。

4.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：探針為DNA探針，覆蓋的區(qū)域包括至少如表1和表2中所示的448個基因：

表1 用于檢測點突變與插入缺失突變的基因列表

表2 同時檢測點突變、插入缺失及融合突變的基因列表

5.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：在測序系統(tǒng)測序時，為單端測序或雙端測序，單條模板測序總讀長應不低于2×75bp，組織樣本數(shù)據(jù)量不低于5Gbp，測序深度在2000×以上；血漿樣本測序數(shù)據(jù)量不低于5Gbp，測序深度在2000×以上；若有對照樣本，對照樣本測序深度不低于0.2Gbp。

6.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)對突變位點判定標準如下：對于組織樣本，單點覆蓋深度應≥100×，與參考序列不一致堿基比例≥5％，若為靶向藥物相關突變，與參考序列不一致堿基比例應≥1％；對于血漿樣本，單點覆蓋深度應≥500×，與參考序列不一致堿基比例≥0.5％。

7.如權(quán)利要求1所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)不管是否檢測到熱點突變，都需要進一步計算TMB數(shù)值和MSI檢測。

8.如權(quán)利要求7所述的一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其特征在于：TMB數(shù)值的計算：首先將檢測到的所有位點進行過濾，可使用對照樣本信息或群體數(shù)據(jù)庫信息，去除待檢樣本中含有的胚系突變信息，得到突變集A；從突變集A中，將熱點突變位點過濾掉，得到突變集B；再進一步將突變集B中位于編碼區(qū)以外區(qū)域的突變過濾掉，得到突變集C；計算突變集C中點突變、插入缺失突變的個數(shù)，除以檢測區(qū)域大小，即為該樣本的TMB數(shù)值T；T≥10為TMB-H，T＜10為TMB-L。