[發明專利]一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系

在審

• 申請號: 201910243314.7
• 申請日: 2019-03-28
• 公開（公告）號: CN109988838A
• 公開（公告）日: 2019-07-09
• 發明（設計）人: 葛會娟;田曉巖;李旭超;劉煒芬;劉志源;黃可君;李健鵬;楊爽;吳建明
• 申請（專利權）人: 廈門艾德生物醫藥科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6806;G16B30/00;G16B20/50
• 代理公司: 廈門市首創君合專利事務所有限公司 35204
• 代理人: 張松亭;游學明

本發明公開了一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，其包括；文庫制備試劑；探針及雜交捕獲試劑，能夠對文庫進行測序；數據分析系統；所述數據分析系統能夠分析包括數據質控信息和統計信息、突變位點信息及TMB數值在內的結果。

技術領域：

本發明涉及一種基于高通量測序平臺開發的基因檢測體系，可同時檢測腫瘤相關靶向治療和免疫治療相關基因信息。

背景技術：

大量臨床研究已經表明，以TKI類小分子抑制劑為代表的靶向治療藥物給廣大癌癥患者帶來了更多的獲益，相應的伴隨診斷產品也成為了臨床制定治療方案前必選的項目之一。靶向治療雖然可以使病人更多獲益，但仍有30％以上的病人因為不符合靶向治療的標準，無法選擇該治療方案。近年來，免疫檢查點抑制劑藥物的突破性進展，為癌癥患者帶來了新的希望，尤其以PD1/PDL1類藥物的臨床研究最為火熱，但不建議在含有驅動基因突變的患者中使用。目前，大多臨床專家形成以下共識：一線治療時首選靶向治療，若不符合靶向治療的標準，再考慮免疫治療。因此，靶向治療相關驅動基因突變及免疫檢查點抑制劑相關分子靶標檢測對臨床腫瘤治療均具有重要意義。

臨床大多以腫瘤手術組織或活檢標本為檢測目標，一般病理醫生可以將組織做成石蠟包埋玻片，通過組織細胞形態，對腫瘤細胞含量及腫瘤類型進行病理診斷，不足之處在于腫瘤組織存在較強異質性，局部組織不能代表整體情況，且很多晚期癌癥患者無法獲取腫瘤組織，失去了較多治療選擇。研究發現血液中存在腫瘤游離DNA，易于獲得，且不存在異質性問題，可作為組織樣本的最佳替代樣本。但其缺點在于，外周血中腫瘤來源游離DNA含量較組織樣本少，腫瘤突變豐度較低，對檢測技術的靈敏度和準確性要求較高。

目前臨床用于腫瘤靶向治療的伴隨診斷產品多以ARMS-PCR為主，靈敏度和準確性都較高，缺點是通量相對較低，于是更多的檢測產品逐漸轉向高通量測序(NGS)平臺。免疫治療療效與機體免疫狀態有較大相關性，臨床研究顯示PDL1高表達或腫瘤突變負荷(TMB)較高或錯誤修復系統缺陷的患者療效較好，因此臨床關于免疫檢查點抑制劑藥物的伴隨診斷產品基本圍繞PDL1表達、TMB(Tumor mutation burden，腫瘤突變負荷)檢測及MSI(Microsatallite instability，微衛星不穩定)檢測展開，三種分子靶標的檢測方法一般為：免疫組化、NGS、PCR+Sanger。

綜上所述，目前臨床用于腫瘤治療的分子靶標較多，涉及基因組范圍內多個基因、多種突變類型，傳統檢測方式多樣，但均只能檢測個別靶標，要做到精準、全面的治療，需要多種方法、多個技術平臺的綜合使用，成本高、速度慢、操作復雜。

發明內容：

本發明提供了一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，該體系基于高通量測序技術開發，采用探針捕獲的靶向測序方法，結合生物信息分析技術，可同時適用于組織樣本類型和血液樣本類型。

一種可對腫瘤靶向治療相關靶點和免疫治療相關TMB及MSI同時進行檢測的體系，包括：

文庫制備試劑；所述的文庫根據提取的DNA類型而定，ctDNA樣本直接進行建庫而得；

組織樣本進行片段化，使其長度集中在200～500bp左右，再建庫而得；所建的文庫，兩端接頭含有6～12bp的隨機分子標簽；

探針：探針為DNA探針，長度在30～150bp之間，覆蓋的區域包括含EGFR、ALK在內的靶向治療藥物相關基因靶點和至少200個MSI位點；

測序系統，能夠對文庫進行測序；

數據分析系統；所述數據分析系統能夠分析包括數據質控信息和統計信息、突變位點信息及TMB數值在內的結果。

本發明所述的術語“文庫”的含義為：兩端含有一段特定相同序列的DNA片段分子庫，包括了全部基因組或部分基因組的序列信息，可以被同一段序列進行擴增或信息讀取。