[發(fā)明專利]檢測(cè)MSI的試劑盒、參考數(shù)據(jù)庫(kù)、其構(gòu)建方法及應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201910108413.4
• 申請(qǐng)日: 2019-01-18
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109830265B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-11-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 韓文博;趙利利;郭現(xiàn)超;閆慧婷;陳維之;杜波;何驥
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 臻悅生物科技江蘇有限公司
• 主分類號(hào): G16B50/00
• 分類號(hào): G16B50/00;G16B30/00;C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京康信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240
• 代理人: 韓建偉;路秀麗

本申請(qǐng)公開(kāi)了一種檢測(cè)MSI的試劑盒、參考數(shù)據(jù)庫(kù)、其構(gòu)建方法及應(yīng)用。其中，該試劑盒包括：針對(duì)表1所示的70個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中的至少8個(gè)位點(diǎn)的檢測(cè)試劑。通過(guò)采用本申請(qǐng)所選擇的70個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的人群多態(tài)性低(為單態(tài)性或低于5％的多態(tài)性)、靈敏性和特異性高，且在同等測(cè)序深度下捕獲效率高，與現(xiàn)有的用于金標(biāo)準(zhǔn)分析的5個(gè)位點(diǎn)相比，將其中的至少8個(gè)用于MSI狀態(tài)分析，不僅能夠相對(duì)更準(zhǔn)確、更有效地把MSI?H與MSS樣本區(qū)分開(kāi)，而且能顯著降低測(cè)序深度的要求，因而在實(shí)際應(yīng)用中能夠減少M(fèi)SI狀態(tài)未知的情況。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請(qǐng)涉及基因測(cè)序數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域，具體而言，涉及一種檢測(cè)MSI的試劑盒、參考數(shù)據(jù)庫(kù)、其構(gòu)建方法及應(yīng)用。

背景技術(shù)

微衛(wèi)星是人類基因組的一段串聯(lián)重復(fù)序列，是一種比小衛(wèi)星DNA具有更短重復(fù)單元的衛(wèi)星DNA(每單元長(zhǎng)度在1～6bp之間)，又被稱作短串連重復(fù)(Short Tandem Repeats,STRs)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(Simple Sequence Repeat,SSRs)。微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MicrosatelliteInstability，MSI)指的是微衛(wèi)星重復(fù)次數(shù)減少或者增加，出現(xiàn)新的等位基因。微衛(wèi)星不穩(wěn)定的內(nèi)在機(jī)制是錯(cuò)配修復(fù)(MMR)系統(tǒng)失調(diào)，從而限制了糾正微衛(wèi)星自發(fā)的長(zhǎng)度改變的體細(xì)胞突變的能力，體細(xì)胞突變積累，最終形成MSI。

錯(cuò)配修復(fù)(MMR)系統(tǒng)失調(diào)主要包含兩種：1)錯(cuò)配修復(fù)基因MLH1,MSH2,MSH6和PMS2一個(gè)或者多個(gè)發(fā)生胚系突變，導(dǎo)致錯(cuò)配修復(fù)缺陷，MSI-H現(xiàn)象發(fā)生在遺傳性非息肉性大腸癌(Lynch syndrome)。2)MLH1啟動(dòng)子區(qū)域的超甲基化，MSI-H現(xiàn)象會(huì)散發(fā)在結(jié)直腸癌、子宮內(nèi)膜癌、卵巢癌、胃癌等多種癌癥中。

MSI檢測(cè)可用于林奇綜合征的診斷，可用于轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌、非結(jié)直腸癌的MSI-H實(shí)體瘤和II期結(jié)直腸癌患者用藥指導(dǎo)和預(yù)后預(yù)測(cè)。在臨床應(yīng)用中主要利用MSI-PCR方法判斷MSI狀態(tài)。該方法采用熒光標(biāo)記引物和毛細(xì)管電泳確定Promega panel中5個(gè)位點(diǎn)NR-21、NR-24、BAT-25、BAT-26和MONO-27的片段長(zhǎng)度多態(tài)性。腫瘤樣本和對(duì)照樣本對(duì)比，5個(gè)微衛(wèi)星檢測(cè)位點(diǎn)均未出現(xiàn)PCR擴(kuò)增片段大小改變,微衛(wèi)星穩(wěn)定型(MSS)；5個(gè)MSI檢測(cè)位點(diǎn)中1個(gè)MSI位點(diǎn)出現(xiàn)PCR擴(kuò)增片段大小的改變,微衛(wèi)星不穩(wěn)定型-L(MSI-L，微衛(wèi)星低頻不穩(wěn)定)；5個(gè)MSI檢測(cè)位點(diǎn)中2個(gè)或者2個(gè)以上的MSI位點(diǎn)均出現(xiàn)PCR擴(kuò)增片段大小的改變，微衛(wèi)星不穩(wěn)定型-H(MSI-H，微衛(wèi)星高頻不穩(wěn)定)。

免疫組化錯(cuò)配修復(fù)是檢測(cè)微衛(wèi)星不穩(wěn)定的另一種方法，然而錯(cuò)配修復(fù)基因缺失或者完整與微衛(wèi)星穩(wěn)定性的一致性達(dá)到0.92，故使用該方法會(huì)導(dǎo)致一定比例的漏檢和誤檢。

MSI-PCR方法是判斷微衛(wèi)星不穩(wěn)定的金標(biāo)準(zhǔn)。該方法在應(yīng)用中有2個(gè)缺陷：1)需要腫瘤組織樣本和正常組織樣本同時(shí)存在，限制了樣本的使用。2)需要另外準(zhǔn)備樣本，進(jìn)行其他的基因檢測(cè)。除了MSI，腫瘤樣本還需要其他的檢測(cè)，比如使用全外顯子或者panel(基因組合)進(jìn)行二代測(cè)序(Next Generation Sequencing,NGS)檢測(cè)SNV(single nucleotidevariants，單核苷酸位點(diǎn)變異)、CNV(copy number variants，拷貝數(shù)變異)、Gene fusion(基因融合)等信息。

因此，仍需要對(duì)MSI的檢測(cè)方法進(jìn)行改進(jìn)，以節(jié)約樣本和提高檢測(cè)的準(zhǔn)確性。

發(fā)明內(nèi)容

本申請(qǐng)?zhí)峁┮环N檢測(cè)MSI的試劑盒、參考數(shù)據(jù)庫(kù)、其構(gòu)建方法及應(yīng)用，以提高檢測(cè)的準(zhǔn)確性。

根據(jù)本申請(qǐng)的第一個(gè)方面，提供了一種檢測(cè)MSI的試劑盒，該試劑盒包括：針對(duì)表1所示的70個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)中的至少8個(gè)位點(diǎn)的檢測(cè)試劑。