[發明專利]水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用以及一種鑒別粳稻和秈稻的方法

在審

• 申請號: 201910073594.1
• 申請日: 2019-01-25
• 公開（公告）號: CN111485030A
• 公開（公告）日: 2020-08-04
• 發明（設計）人: 王曼;陳杰湖;張群宇;劉偉;林銳松
• 申請（專利權）人: 華南農業大學;廣州瑞科基因科技有限公司;廣州美斛健生物技術有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895
• 代理公司: 北京高沃律師事務所 11569
• 代理人: 劉奇

本發明提供一種水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用以及一種鑒別粳稻和秈稻的方法，涉及水稻品種鑒別技術領域。本發明所述水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用利用該轉錄因子BTF3在粳稻和秈稻中存在多態性差異，能方便準確的地將水稻栽培品種進行秈稻和粳稻的種質資源區分。本發明還提供利用上述水稻轉錄因子BTF3鑒別粳稻和秈稻的方法，只需要進行PCR以及酶切，即可實現粳稻和秈稻的快速鑒別。本發明所述鑒別方法的成本低、通量高、加上特異性高(即準確度高)，適用于生產實踐中。

技術領域

本發明涉及水稻品種鑒別技術領域，尤其涉及水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用以及一種鑒別粳稻和秈稻的方法。

背景技術

水稻種植品種主要為亞洲栽培稻，又根據一系列表型差異分為秈稻(Oryzasaliva subsp Indica)和粳稻(Oryza saliva subspJapanica)，我國根據不同地域種植條件和生產需求，發展培育了上千種秈稻和粳稻品種。要保證高產穩產，水稻品種的種子純度是最關鍵的因素之一。傳統上鑒定水稻品種純度，在幼苗期、抽穗期、臘熟期等不同生育期進行。鑒定的性狀主要有三個方面，即植株性狀、穗部性狀與谷粒性狀，但在實際生產應用上受鑒定者的經驗影響極大。而且隨著現代育種發展，部分品種的表型性狀與經典的秈稻粳稻差異較大，例如部分粳稻的谷粒不是闊而短，較厚，呈橢圓形或卵圓形而是偏向于谷粒狹長等。因此，在生產實踐中，有必要尋找快速精確鑒定秈稻、粳稻差異的方法。針對水稻遺傳信息DNA序列在秈稻和粳稻間的遺傳差異進行分子標記鑒定是高效準確的方法。

SNP(single nucleotide polymorphism)標記以及根據SNP標記發展出的CAPS標記(cleaved amplifiedpolymorphic sequence)技術能夠獲得其它分子標記技術不能顯示的更加豐富的多態性(Rafalski A.Applications of single nucleotide polymorphismsin cropgenetics.Curr Opin Plant Biol，1542，5(2)94～100)。

發明內容

本發明為了克服現有區分粳稻、秈稻的方法不夠快速和精確的缺陷，提供了一種水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用，以轉錄因子BTF3作為分子標記，利用轉錄因子BTF3在秈稻和粳稻中存在多態性差異，通過檢測轉錄因子BTF3可快速鑒別水稻的粳性和秈性。

本發明還提供了一種鑒別粳稻和秈稻的方法，在利用上述水稻轉錄因子BTF3的基礎上，進一步利用限制性內切酶進行酶切，無需對PCR擴增的目的產物進行測序即可判斷結果。

為了實現上述發明目的，本發明提供以下技術方案：

本發明提供了水稻轉錄因子BTF3在鑒別粳稻和秈稻中的應用。

優選的，所述轉錄因子BTF3包括位于水稻基因組3號染色體、BTF3序列完整cds序列第409位堿基的多態性為C/T的核苷酸序列。

優選的，粳稻的轉錄因子BTF3中包括位于水稻基因組3號染色體、BTF3序列完整cds序列第409位堿基的多態性為C的核苷酸序列。

優選的，所述粳稻的轉錄因子BTF3的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。

優選的，秈稻的轉錄因子BTF3中包括水稻基因組3號染色體、BTF3序列完整cds序列第409位堿基的多態性為T的核苷酸序列。

優選的，所述秈稻的轉錄因子BTF3的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。

7、一種鑒別粳稻和秈稻的方法，包括以下步驟：

1)提取待測水稻的基因組DNA；

2)設計上述技術方案所述應用中的轉錄因子BTF3的PCR引物對；