[發明專利]用于確保基于測序的測定的有效性的質量控制模板

在審

• 申請號: 201880090911.4
• 申請日: 2018-08-06
• 公開（公告）號: CN112020565A
• 公開（公告）日: 2020-12-01
• 發明（設計）人: 大衛·曹;素格力·賽拉斯;烏古斯汗·阿塔伊
• 申請（專利權）人: 十億至一公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6869;G16B20/20
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

方法和/或系統的實施方案可以包括生成質量控制模板(QCT)分子的集合；基于該QCT分子的集合，諸如基于該QCT分子的集合的變異區域，確定QCT序列讀段簇的集合；以及基于該QCT序列讀段簇的集合，確定測序相關參數諸如與測序文庫制備和測序中的至少一種相關的污染參數和/或分子計數參數。

相關申請的交叉引用

本申請要求于2018年1月5日提交的美國臨時申請系列號62/614,236的權益，該美國臨時申請通過引用以其整體并入本文。

技術領域

本公開內容大體上涉及遺傳測序領域。

背景

高通量測序(例如，下一代測序(NGS))越來越多地用于診斷測定，全基因組和外顯子組測序兩者，以及更專門的應用，諸如無創性產前測試(NIPT)、液體活組織檢查和檢測多態性的類似測定。在高通量測序(例如，NGS)中，交叉污染是臨床應用中的一個重要問題，因為在同一測序運行中可能處理多于一個樣品(例如，多達384個樣品等)。特別地，在突變或多態性罕見以至于它們的等位基因頻率僅呈現為總數的百分之幾的測定中，來自其他樣品的交叉污染可能導致假陽性。對于NIPT和液體活組織檢查來說尤其如此，其中，小于百分之幾的定量差異是陽性結果和陰性結果之間的區別。

用于高通量測序的標準文庫制備實踐可能需要擴增初始的輸入DNA樣品。這些擴增步驟可能加劇交叉污染的作用，因為在實驗室中對突變等位基因的任何擴增都可能污染后續的樣品和實驗，這通常稱為PCR遺留(carry-over)污染。為了防止這一問題，一些標準診斷測定，諸如qPCR，使用dUTP/UNG防止遺留系統，其中在PCR中dUTP被替換成dTTP，并且含尿嘧啶的擴增子在測定后經過酶，尿嘧啶DNA糖基化酶處理而被降解。然而，對于基于高通量測序的測定(例如，基于NGS的測定等)沒有類似的解決方案，盡管因為高通量測序(例如，NGS)的靈敏度增加和基于高通量測序的測定測量微小定量變化而對此有甚至更迫切的需求。

雖然由于相關的化學，在高通量測序中完全消除交叉污染是困難的，但能夠追蹤交叉污染同樣也將是有價值的。在實例中，可以將不同且可鑒定的序列添加到每個樣品中，以追蹤樣品對其他孔的污染。然而，當用于追蹤基于多重高通量測序的測定(例如，基于NGS的測定等)的交叉污染時，在每個用戶、每個實驗和每個樣品具有不同的序列文庫的情況下，這樣的實例可能是費力的(cumbersome)，并且可能需要保持大量不同的文庫(例如，384個不同的文庫；不同的文庫的數目對應于在同一測序運行中被處理的樣品的數目；等等)。此外，這樣的實例不能追蹤來自先前實驗的PCR遺留，因為相同的文庫將被用于不同的實驗。此外，由于維護大量不同的文庫(例如，384個不同的文庫等)的困難，標識符序列本身可能被交叉污染。因此，存在對新的且有用的方法和/或系統的實施方案，諸如追蹤交叉污染同時克服這些缺點的新的且有用的方法和/或系統的實施方案的需求。

附圖簡述

圖1A-1D包括方法的實施方案的變化形式的流程圖表示；

圖2包括方法的實施方案的變化形式的流程圖表示；

圖3包括方法的實施方案的變化形式的流程圖表示；

圖4A-4D包括來自方法的實施方案的變化形式的驗證部分的結果的圖形表示，特別地涉及交叉污染和索引錯誤分配；

圖5A-5B包括來自驗證使用QCT分子用于分子計數的實驗的結果的具體實例；

圖6包括與技術人員管理和/或實驗室管理相關的質量方面相關的結果的具體實例；

圖7A-7C包括來自方法的實施方案的變化形式的驗證部分的結果的圖形表示，特別地涉及QCT分子的定量；

圖8A-8B包括來自方法的實施方案的變化形式的驗證部分的結果的圖形表示，特別地涉及生物靶的定量；

圖9包括使用QCT分子來測量可測定的基因組當量的具體實例；