[發明專利]用于確保基于測序的測定的有效性的質量控制模板

在審

• 申請號: 201880090911.4
• 申請日: 2018-08-06
• 公開（公告）號: CN112020565A
• 公開（公告）日: 2020-12-01
• 發明（設計）人: 大衛·曹;素格力·賽拉斯;烏古斯汗·阿塔伊
• 申請（專利權）人: 十億至一公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6869;G16B20/20
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

1.一種用于促進從母體樣品對與妊娠女性相關的遺傳紊亂進行產前診斷的方法，所述方法包括：

·向所述母體樣品添加與所述遺傳紊亂相關的質量控制模板(QCT)分子的集合，所述QCT分子的集合包含：

·與內源性靶分子的靶序列區域具有序列相似性的靶相關區域，和

·與所述內源性靶分子的序列區域具有序列相異性的變異區域；

·基于對所述QCT分子的集合和包含所述靶序列區域的核酸分子進行共擴增來生成共擴增混合物；

·對所述共擴增混合物進行測序；

·基于所述變異區域的數目，計算確定所述QCT分子的集合的獨特數目，所述變異區域是不同的且從來自所述測序的QCT分子序列讀段被檢測到，其中所述QCT分子序列讀段對應于所述QCT分子的集合；

·基于將所述QCT分子序列讀段的數目除以所述QCT分子的獨特數目來計算平均QCT測序深度；

·基于將所述內源性靶分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性靶分子的絕對計數；

·基于將內源性參考分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性參考分子的絕對計數；以及

·基于所述內源性靶序列的絕對計數與所述內源性參考序列的絕對計數之間的比較，促進對所述遺傳紊亂的產前診斷。

2.如權利要求1所述的方法，

·其中所述遺傳紊亂包括單基因紊亂，

·其中確定所述內源性靶分子的絕對計數包括基于將包含與所述單基因紊亂相關的突變的內源性靶分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性靶分子的絕對計數，

·其中確定所述內源性參考分子的絕對計數包括基于將缺少所述突變的內源性參考分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性參考分子的絕對計數，并且

·其中促進對所述遺傳紊亂的產前診斷包括基于所述比較來促進對所述單基因紊亂的產前診斷。

3.如權利要求1所述的方法，

·其中所述遺傳紊亂包括染色體異常，

·其中確定所述內源性靶分子的絕對計數包括基于將與第一染色體相關的內源性靶分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性靶分子的絕對計數，

·其中確定所述內源性參考分子的絕對計數包括基于將與第二染色體相關的內源性參考分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性參考分子的絕對計數，并且

·其中促進對所述遺傳紊亂的產前診斷包括基于所述比較來促進對所述染色體異常的產前診斷。

4.如權利要求1所述的方法，其中所述遺傳紊亂包括染色體微缺失，

·其中確定所述內源性靶分子的絕對計數包括基于將與微缺失區域相關的內源性靶分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性靶分子的絕對計數，

·其中確定所述內源性參考分子的絕對計數包括基于將與預期不具有微缺失的第二染色體區域相關的內源性參考分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性參考分子的絕對計數，并且

·其中促進對所述遺傳紊亂的產前診斷包括基于所述比較來促進對所述染色體微缺失的產前診斷。

5.如權利要求1所述的方法，其中所述遺傳紊亂包括拷貝數變異，

·其中確定所述內源性靶分子的絕對計數包括基于將與可能具有拷貝數變異的區域相關的內源性靶分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性靶分子的絕對計數，

·其中確定所述內源性參考分子的絕對計數包括基于將與預期不具有拷貝數變異的區域相關的內源性參考分子的總讀段計數除以所述平均QCT測序深度來確定所述內源性參考分子的絕對計數，以及

·其中促進對所述遺傳紊亂的產前診斷包括基于所述比較來促進對所述拷貝數變異的產前診斷。

6.如權利要求1所述的方法，其中用于確定所述內源性靶分子的絕對計數和所述內源性參考分子的絕對計數的所述平均QCT測序深度從它們對應的QCT單獨確定。