[發明專利]用于檢測癌癥的非編碼RNA

在審

• 申請號: 201880073234.5
• 申請日: 2018-11-09
• 公開（公告）號: CN111344409A
• 公開（公告）日: 2020-06-26
• 發明（設計）人: H·古達茲
• 申請（專利權）人: 加利福尼亞大學董事會
• 主分類號: C12N15/113
• 分類號: C12N15/113;C12Q1/6886
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陶家蓉;楊昀

本公開總體上涉及基于樣品中非編碼核酸序列的檢測或定量來檢測樣品中非編碼RNA分子或對受試者進行診斷，特別涉及鑒定和使用針對癌癥(包括乳腺癌)的分子生物標志物。

相關申請

本申請要求于2017年11月12日提交的第62/584,899號美國臨時專利申請的優先權，其全部內容通過引用并入本文。

技術領域

本公開總體上涉及基于樣品中非編碼核酸序列的檢測或定量來檢測樣品中非編碼RNA分子或對受試者進行診斷，特別涉及鑒定和使用針對癌癥(包括乳腺癌)的分子生物標志物。

背景技術

基因表達格局(gene expression landscape)的廣泛重編程是癌癥發展的標志。因此，系統鑒定驅動病理性基因表達模式的調控途徑是邁向了解和治療癌癥的關鍵步驟。多年來，已發現多種調節機制與癌細胞分化、存活、侵襲和擴散中涉及的基因的致癌表達有關。雖然許多研究集中于構成腫瘤形成基礎的轉錄途徑，但轉錄后調節途徑也已經成為該過程的主要調控因子。例如，微小RNA(小非編碼RNA)——在基因沉默中發揮作用的小RNA的亞類——是乳腺癌進展的首個已表征的轉錄后調控因子(1)。RNA結合蛋白(RBP)也是基因表達的關鍵轉錄后調控因子，并且已經顯示幾種特異性RBP影響腫瘤形成和癌癥進展(例如，2-5)。最近，已證明tRNA(6)和tRNA片段(7)——其他種類的非編碼小RNA——在乳腺癌的發展中起著重要作用。

盡管癌癥中涉及調節機制的多樣性，但它們之間共有的特征是它們共同選擇和失調細胞內存在的途徑。換句話說，癌細胞采用多種策略，諸如體細胞突變(例如KRAS，8)、基因融合(例如，BCR-ABL，9)、表觀遺傳修飾(例如，啟動子超甲基化，10)以及調節機制破壞(NFkB轉錄因子，10)以過度激活癌基因和下調腫瘤抑制途徑(11，12)。雖然這些策略依賴于已經存在的調節程序的病理性調節，但通常忽略的可能性是癌細胞可能能夠進化或改造驅動腫瘤發生的專門調節途徑。

發明內容

本發明提供了新的小非編碼RNA，其用作指示癌癥(諸如乳腺癌)的生物標志物，并且可用于準確診斷受試者中的乳腺癌。在一些實施方案中，該方法包括在合適的樣品中檢測胞外循環小RNA。在一些實施方案中，該樣品是人血清樣品。在一些實施方案中，該樣品是包含外泌體的分級的人血清樣品，該外泌體包含小非編碼mRNA。

本發明還涉及檢測血液或血清樣品中非編碼RNA的存在。在一些實施方案中，本公開涉及一種用于檢測受試者中的過度增殖細胞的方法，其包含檢測血清或血漿樣品中非編碼核酸的存在、不存在或量。在一些實施方案中，該方法包含從樣品中分離總RNA，并檢測非編碼mRNA序列的存在，以及將非編碼mRNA的量與受試者是否包含一個或多個過度增殖細胞的可能性相關聯。在一些實施方案中，該方法包含從樣品分離總RNA，并檢測非編碼mRNA序列的存在，以及將非編碼mRNA的量與受試者是否包含一個或多個癌細胞的可能性相關聯。在一些實施方案中，該方法包含從樣品分離總RNA，并檢測非編碼mRNA序列的存在，以及將非編碼mRNA的量與受試者是否包含一個或多個實體瘤細胞的可能性相關聯。在一些實施方案中，該方法包含從樣品中分離總RNA，并檢測非編碼mRNA序列的存在，以及將非編碼mRNA的量與受試者是否包含一個或多個乳腺癌細胞的可能性相關聯。

在一些實施方案中，本文描述了用于確定診斷的方法，該方法包含根據先前描述的方法確定來源于受試者血漿或血清樣品的樣品中的非編碼核酸的一種或組合的存在，并基于該非編碼核酸的一種或組合的存在提供診斷。在一些實施方案中，所確定的診斷是癌癥，諸如乳腺癌。