[發明專利]來自液體活檢的MSI

在審

• 申請號: 201880067577.0
• 申請日: 2018-10-18
• 公開（公告）號: CN111225985A
• 公開（公告）日: 2020-06-02
• 發明（設計）人: 黃旭
• 申請（專利權）人: 南托米克斯有限責任公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6886;G16B20/00;G16B30/00
• 代理公司: 北京柏杉松知識產權代理事務所(普通合伙) 11413
• 代理人: 王春偉;劉繼富

1.一種檢測實體瘤中微衛星不穩定性(MSI)的方法，該方法包括：

從患有該實體瘤的患者的血液樣品中分離含細胞級分和細胞耗竭級分；

從該細胞耗竭級分中分離無細胞循環腫瘤DNA(ctDNA)；

從該含細胞級分中分離核DNA；

擴增在該ctDNA中和在該核DNA中的至少一個MSI基因座；以及

檢測在該ctDNA中的該擴增MSI基因座與在該核DNA中的該擴增MSI基因座之間的尺寸差異。

2.如權利要求1所述的方法，其中該含細胞級分是血沉棕黃層級分。

3.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中擴增至少一個MSI基因座的步驟包括擴增至少三個MSI基因座。

4.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中擴增至少一個MSI基因座的步驟包括擴增至少五個MSI基因座。

5.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中該至少一個MSI基因座是準單態或單態重復標記。

6.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中該至少一個MSI基因座包括單核苷酸重復或二核苷酸重復。

7.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中該至少一個MSI基因座選自由以下組成的組：NR-21、BAT-26、BAT-25、NR-24和MONO-27。

8.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中使用毛細管電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、質譜、基于芯片的微流體電泳和變性高效液相色譜進行檢測該尺寸差異的步驟。

9.如前述權利要求中任一項所述的方法，其中檢測該尺寸差異的步驟包括比較該擴增MSI基因座的色譜圖的洗脫曲線中的峰形狀和位置的步驟。

10.如權利要求9所述的方法，其中該峰形狀是曲線下面積和/或峰高。

11.如權利要求9所述的方法，其中比較的步驟包括獨立成分分析的步驟。

12.一種檢測實體瘤中微衛星不穩定性(MSI)的方法，該方法包括：

從患有該實體瘤的患者的血液樣品中獲得腫瘤DNA和匹配的正常DNA；

使用來自該血液樣品的該腫瘤DNA和該匹配的正常DNA作為MSI分析的源材料。

13.如權利要求12所述的方法，其中該腫瘤DNA是ctDNA，并且其中該匹配的正常DNA是來自白細胞的DNA。

14.如權利要求12-13中任一項所述的方法，其中該MSI分析包括PCR擴增至少一個MSI基因座的步驟。

15.如權利要求12-14中任一項所述的方法，其中該MSI分析包括毛細管電泳和熒光檢測的步驟。

16.如權利要求12-14中任一項所述的方法，其中該MSI分析包括沒有熒光檢測的尺寸分離色譜的步驟。

17.一種將患者的血液樣品中無細胞循環腫瘤DNA(ctDNA)和核DNA用于檢測該患者的實體瘤中的微衛星不穩定性(MSI)的用途。

18.如權利要求16所述的用途，其中該腫瘤DNA是ctDNA，并且其中該匹配的正常DNA是來自白細胞的DNA。

19.如權利要求16-17中任一項所述的用途，其中該MSI分析包括PCR擴增至少五個MSI基因座的步驟。