[發(fā)明專利]用于鑒定免疫細(xì)胞特別是PD1+細(xì)胞的作為表觀遺傳標(biāo)志物的PDCD1

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201880066521.3
• 申請(qǐng)日: 2018-10-24
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN111212920A
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-05-29
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 斯文·歐萊克;烏多·巴倫
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 艾皮恩蒂斯有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6881
• 分類號(hào): C12Q1/6881
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11204
• 代理人: 王達(dá)佐;洪欣

1.鑒定樣品中的PD1+細(xì)胞的方法，包括分析哺乳動(dòng)物的程序性細(xì)胞死亡1(PDCD1)基因區(qū)中至少一個(gè)CpG位置的甲基化狀態(tài)，其中優(yōu)選地，所分析的所述基因區(qū)根據(jù)SEQ ID No.1定位，其中與非PD1+細(xì)胞相比，所述基因區(qū)的去甲基化或缺乏甲基化指示PD1+細(xì)胞。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述至少一個(gè)CpG位置存在于所分析的所述基因區(qū)的轉(zhuǎn)錄起始上游的5’區(qū)、啟動(dòng)子區(qū)、5’或3’非翻譯區(qū)、外顯子、內(nèi)含子、外顯子/內(nèi)含子邊界和/或轉(zhuǎn)錄終止下游的3’區(qū)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其中所述至少一個(gè)CpG位置選自根據(jù)SEQ ID No.2的擴(kuò)增子1876中的CpG位置27、47、82、136、194、197、249、285、290、303、336、354和369，根據(jù)SEQ ID No.3的擴(kuò)增子1877中的CpG位置31、60、75、86、114、138、142、171、184、210、217和241，根據(jù)SEQ ID No.4的擴(kuò)增子1878中的CpG位置35、56、74、104、118、130、150、182、196和212，并且優(yōu)選選自根據(jù)SEQ ID No.3的擴(kuò)增子1877的片段中的CpG位置60、75、86、114、138、142、171、184、210、217和241。

4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法，其中亞硫酸氫鹽可轉(zhuǎn)化性分析包括選自甲基化特異性酶消化、亞硫酸氫鹽測(cè)序的方法，選自啟動(dòng)子甲基化、CpG島甲基化、MSP、重甲基、熒光定量法、Ms-SNuPE以及其他依賴擴(kuò)增DNA檢測(cè)的方法的分析。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，還包括基于將所分析的所述區(qū)域中的甲基化頻率的相對(duì)量與對(duì)照基因(例如GAPDH)中的甲基化頻率的相對(duì)量進(jìn)行比較來(lái)定量PD1+細(xì)胞的相對(duì)量。

6.根據(jù)權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述樣品選自哺乳動(dòng)物體液，包括人血液樣品或組織、器官或細(xì)胞類型血液樣品、血液淋巴細(xì)胞樣品或其一部分。

7.根據(jù)權(quán)利要求1至6中任一項(xiàng)所述的方法，還包括將所述PD1+細(xì)胞與選自PD1-濾泡細(xì)胞、細(xì)胞毒性T細(xì)胞、粒細(xì)胞、單核細(xì)胞、B細(xì)胞、CD56++NK細(xì)胞、T輔助細(xì)胞和NKT細(xì)胞的全部或至少一種細(xì)胞類型以及來(lái)自血液以外的器官的其他細(xì)胞類型區(qū)分開(kāi)來(lái)。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述方法在沒(méi)有純化和/或富集待鑒定的所述細(xì)胞的步驟的情況下進(jìn)行，優(yōu)選使用全血和/或非胰蛋白酶化組織進(jìn)行。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至8中任一項(xiàng)所述的方法，還包括基于所鑒定的所述PD1+細(xì)胞對(duì)所述哺乳動(dòng)物的免疫狀態(tài)進(jìn)行推斷的步驟。

10.用于監(jiān)測(cè)哺乳動(dòng)物中PD1+細(xì)胞水平的方法，包括進(jìn)行權(quán)利要求5至9中任一項(xiàng)所述的方法，并進(jìn)一步將所鑒定的所述細(xì)胞的相對(duì)量與先前采集的樣品或從同一哺乳動(dòng)物平行采集的樣品和/或?qū)φ諛悠愤M(jìn)行比較。

11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一項(xiàng)所述的方法，還包括測(cè)量和/或監(jiān)測(cè)響應(yīng)于向所述哺乳動(dòng)物提供的化學(xué)和/或生物物質(zhì)的所述PD1+細(xì)胞的量。

12.根據(jù)權(quán)利要求1至11中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述哺乳動(dòng)物患有或可能患有自身免疫性疾病、移植排斥、感染性疾病、癌癥和/或過(guò)敏。

13.基于對(duì)PDCD1基因區(qū)中CpG位置的亞硫酸氫鹽可及性的分析而鑒定、定量和/或監(jiān)測(cè)哺乳動(dòng)物中的PD1+細(xì)胞的試劑盒，其包含用于進(jìn)行根據(jù)權(quán)利要求1至12中任一項(xiàng)所述的方法的組分，特別是所述試劑盒包含a)亞硫酸氫鹽試劑和b)用于分析CpG位置的甲基化狀態(tài)的材料，諸如選自根據(jù)SEQ ID NO：6至11的序列的寡聚物，所述CpG位置選自根據(jù)SEQ IDNO：1的區(qū)域中的CpG位置。