[發明專利]用于鑒定免疫細胞特別是嗜堿性粒細胞的作為表觀遺傳標志物的MCC

在審

• 申請號: 201880065699.6
• 申請日: 2018-10-24
• 公開（公告）號: CN111295452A
• 公開（公告）日: 2020-06-16
• 發明（設計）人: 斯文·歐萊克;烏多·巴倫
• 申請（專利權）人: 艾皮恩蒂斯有限公司
• 主分類號: C12Q1/6881
• 分類號: C12Q1/6881
• 代理公司: 北京英賽嘉華知識產權代理有限責任公司 11204
• 代理人: 王達佐;洪欣

1.鑒定樣品中的嗜堿性粒細胞的方法，包括分析哺乳動物的結直腸癌突變(MCC)基因的基因區中至少一個CpG位置的修飾例如甲基化狀態，其中優選地，所分析的所述基因區根據SEQ ID No.1定位，其中與非嗜堿性粒細胞相比，所述基因區的去甲基化或缺乏修飾例如甲基化指示嗜堿性粒細胞。

2.根據權利要求1所述的方法，其中所述至少一個CpG位置存在于所分析的所述基因區的轉錄起始上游的5’區、啟動子區、5’或3’非翻譯區、外顯子、內含子、外顯子/內含子邊界和/或轉錄終止下游的3’區。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其中所述至少一個CpG位置選自根據SEQ ID No.1的擴增子中的CpG位置1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17和18，并且優選選自擴增子第2694號或者根據SEQ ID No.2或3的亞硫酸氫鹽轉化序列的CpG位置57、69、76、80、119、136、142、162、186、198、233、281、292、303、307、339、351和362。

4.根據權利要求1至3中任一項所述的方法，其中亞硫酸氫鹽可轉化性分析包括選自甲基化特異性酶消化、亞硫酸氫鹽測序的方法，選自啟動子甲基化、CpG島甲基化、MSP、重甲基、熒光定量法、Ms-SNuPE以及其他依賴擴增DNA檢測的方法的分析。

5.根據權利要求1至4中任一項所述的方法，還包括基于將所分析的所述區域中的甲基化頻率的相對量與對照基因(例如GAPDH)中的甲基化頻率的相對量進行比較來定量嗜堿性粒細胞的相對量。

6.根據權利要求1至5中任一項所述的方法，其中所述樣品選自哺乳動物體液，包括人血液樣品或組織、器官或細胞類型血液樣品、血液淋巴細胞樣品或其一部分。

7.根據權利要求1至6中任一項所述的方法，還包括將所述嗜堿性粒細胞與選自濾泡輔助性T細胞、B細胞、細胞毒性T細胞、中性粒細胞、單核細胞、NK細胞和T輔助細胞的全部或至少一種細胞類型區分開來。

8.根據權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述方法在沒有純化和/或富集待鑒定的所述細胞的步驟的情況下進行，優選使用全血和/或非胰蛋白酶化組織進行。

9.根據權利要求1至8中任一項所述的方法，還包括基于所鑒定的所述嗜堿性粒細胞對所述哺乳動物的免疫狀態進行推斷的步驟。

10.用于監測哺乳動物中嗜堿性粒細胞水平的方法，包括進行權利要求5至9中任一項所述的方法，并進一步將所鑒定的所述細胞的相對量與先前采集的樣品或從同一哺乳動物平行采集的樣品和/或對照樣品進行比較。

11.根據權利要求1至10中任一項所述的方法，還包括測量和/或監測響應于向所述哺乳動物提供的化學和/或生物物質的所述嗜堿性粒細胞的量。

12.根據權利要求1至11中任一項所述的方法，其中所述哺乳動物患有或可能患有自身免疫性疾病、移植排斥、感染性疾病、癌癥和/或過敏。

13.基于對MCC基因區中CpG位置的亞硫酸氫鹽可及性的分析而鑒定、定量和/或監測哺乳動物中的嗜堿性粒細胞的試劑盒，其包含用于進行根據權利要求1至12中任一項所述的方法的組分，特別是所述試劑盒包含a)亞硫酸氫鹽試劑和b)用于分析CpG位置的甲基化狀態的材料，諸如選自根據SEQ ID NO：4至11的序列的寡聚物，所述CpG位置選自根據SEQ IDNO：1的區域中的CpG位置。

14.根據SEQ ID No.4至11中任一項的寡聚物，或根據SEQ ID No.1、2或3的擴增子。

15.權利要求13所述的試劑盒，或權利要求14所述的寡聚物或擴增子用于鑒定、定量和/或監測哺乳動物中的嗜堿性粒細胞的用途。