[發明專利]用于基因組重排檢測的測序方法

在審

• 申請號: 201880045564.3
• 申請日: 2018-07-10
• 公開（公告）號: CN110869515A
• 公開（公告）日: 2020-03-06
• 發明（設計）人: M·科里尼;D·N·羅伯茨
• 申請（專利權）人: 安捷倫科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6855
• 分類號: C12Q1/6855;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 羅天樂

1.一種通過附接靶特異性條形碼來制備用于測序的多核苷酸的方法，所述方法包括：

用第一擴增引物和第二擴增引物擴增多核苷酸，其中第一擴增引物與該多核苷酸的第一引發位點雜交，并且第一擴增引物包含靶特異性條形碼；

其中所述擴增產生多核苷酸擴增子，其中該多核苷酸擴增子包含與感興趣的多核苷酸和靶特異性條形碼相同或互補的序列。

2.權利要求1的方法，其中所述第二擴增引物(1)與附接到所述多核苷酸上的銜接子的一部分在距所述第一引發位點一定距離處雜交，或(2)與多核苷酸的第二引發位點雜交，其中第二引發位點在距所述第一引發位點的一定距離處。

3.權利要求1或權利要求2的方法，其進一步包括將銜接子附接到所述多核苷酸上距第一引發位點一定距離處，其中所述銜接子包含第二引發位點。

4.前述任一項權利要求的方法，其中所述第一引發位點是融合基因的一部分，并且所述靶特異性條形碼對該融合基因的所述部分是特異的。

5.權利要求4的方法，其中該融合基因的所述部分是該融合基因的連接點。

6.前述任一項權利要求的方法，其中所述感興趣的多核苷酸包括多個感興趣的多核苷酸，并且所述方法包括將多個銜接子附接到所述多個多核苷酸上，由此形成多個帶銜接子的多核苷酸，該多個帶銜接子的多核苷酸各自包含不同的分子條形碼。

7.前述任一項權利要求的方法，其中所述感興趣的多核苷酸包括多個感興趣的多核苷酸，并且所述第一擴增引物包括具有不同的靶特異性引物和不同的靶特異性條形碼的多個第一擴增引物，由此形成多個帶銜接子的多核苷酸擴增子，其中該多個帶銜接子的多核苷酸擴增子各自包含不同的靶特異性條形碼。

8.前述任一項權利要求的方法，其中所述多核苷酸擴增子或帶銜接子的多核苷酸包含結合配偶體，例如生物素模塊。

9.前述任一項權利要求的方法，進一步包括通過進行第一引物延伸和第二引物延伸在第一和第二位置對多核苷酸擴增子測序，其中第一引物延伸和第二引物延伸在相同方向上進行。

10.權利要求9的方法，其中第一引物延伸和第二引物延伸在分別的測序運行中在所述多核苷酸上以相同方向進行。

11.一種用于檢測具有第一結合位點的多核苷酸中的基因組重排的組合物或試劑盒，所述組合物或試劑盒包含：

第一擴增引物，其包含靶特異性引物和靶特異性條形碼；和

第二擴增引物。

12.權利要求11的組合物或試劑盒，進一步包含：

銜接子，其包含第二引發位點和銜接子條形碼，并且

其中所述第二擴增引物包含與所述銜接子內的序列互補或相同的引發序列。

13.一種檢測多核苷酸中的基因組重排的方法，所述方法包括：

用第一擴增引物和第二擴增引物擴增多核苷酸，其中所述第一擴增引物與所述多核苷酸的第一引發位點雜交，并且所述第一擴增引物進一步包含靶特異性條形碼，

其中所述擴增產生多核苷酸擴增子，其包含與感興趣的多核苷酸和靶特異性條形碼相同或互補的序列；并且

通過進行第一引物延伸和第二引物延伸在第一和第二位置對所述多核苷酸擴增子測序，其中第一引物延伸和第二引物延伸在相同方向上進行。

14.權利要求13的方法，其中在所述第一位置的測序提供感興趣的多核苷酸的至少一部分的序列，在所述第二位置的測序提供靶特異性條形碼的序列。

15.權利要求13或權利要求14的方法，其中第一引物延伸和第二引物延伸在分別的測序運行中在所述多核苷酸上以相同方向進行。