[發(fā)明專利]用于檢測(cè)核酸標(biāo)識(shí)符污染的測(cè)定方法和組合物

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201880045248.6
• 申請(qǐng)日: 2018-05-10
• 公開（公告）號(hào): CN110892079A
• 公開（公告）日: 2020-03-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: K·L·佐貝克;P·安德森;J·奇;H·約翰遜
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 安捷倫科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6869
• 分類號(hào): C12Q1/6869;C12Q1/6876
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 羅天樂

1.一種將測(cè)定標(biāo)識(shí)符附接至一組寡核苷酸樣品的方法，所述寡核苷酸樣品包含寡核苷酸，其中每個(gè)寡核苷酸包含5'恒定區(qū)、樣品標(biāo)識(shí)符和3'恒定區(qū)，所述方法包括：

在單獨(dú)的容器中提供所述組的每個(gè)寡核苷酸樣品，其中每個(gè)容器僅包含一個(gè)樣品標(biāo)識(shí)符，除非一個(gè)或多個(gè)樣品被污染；

在每個(gè)容器中用測(cè)定引物和第二引物擴(kuò)增寡核苷酸，所述測(cè)定引物包含一個(gè)或多個(gè)恒定區(qū)、測(cè)定標(biāo)識(shí)符、以及與寡核苷酸的恒定區(qū)之一相同或互補(bǔ)的引發(fā)部分，其中每個(gè)容器僅包含一個(gè)測(cè)定標(biāo)識(shí)符，除非一個(gè)或多個(gè)測(cè)定引物被污染；

由此提供包含測(cè)定標(biāo)識(shí)符和樣品標(biāo)識(shí)符的寡核苷酸擴(kuò)增子。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述寡核苷酸樣品組包含至少8個(gè)樣品。

3.權(quán)利要求1或權(quán)利要求2的方法，其中所述寡核苷酸擴(kuò)增子包含

5'恒定區(qū)，其包含用于測(cè)序平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)5'擴(kuò)增區(qū)和測(cè)序引發(fā)區(qū)，

測(cè)定標(biāo)識(shí)符，

中間恒定區(qū)，其包含測(cè)序引發(fā)區(qū)，

樣品標(biāo)識(shí)符，和

3'恒定區(qū)，其包含用于測(cè)序平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)3'擴(kuò)增區(qū)。

4.權(quán)利要求3的方法，其中所述標(biāo)準(zhǔn)5'擴(kuò)增區(qū)包含P5序列且所述標(biāo)準(zhǔn)3'擴(kuò)增區(qū)包含P7'序列，或者，所述標(biāo)準(zhǔn)5'擴(kuò)增區(qū)包含P7序列且所述標(biāo)準(zhǔn)3'擴(kuò)增區(qū)包含P5'序列。

5.前述任一項(xiàng)權(quán)利要求的方法，其中所述寡核苷酸擴(kuò)增子包含：

5'恒定區(qū)，其包含標(biāo)準(zhǔn)5'擴(kuò)增區(qū)，

序列標(biāo)識(shí)符，

中間恒定區(qū)，

測(cè)定標(biāo)識(shí)符，和

3'恒定區(qū)，其包含標(biāo)準(zhǔn)3'擴(kuò)增區(qū)。

6.前述任一項(xiàng)權(quán)利要求的方法，其中所述第二引物包含與所述寡核苷酸的恒定區(qū)之一相同或互補(bǔ)的3'區(qū)域，并且所述第二引物進(jìn)一步包括含有用于測(cè)序平臺(tái)的標(biāo)準(zhǔn)擴(kuò)增區(qū)的5'區(qū)域，其中所述第二引物的5'區(qū)域允許在所述寡核苷酸的恒定區(qū)序列先前不支持的測(cè)序平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。

7.前述任一項(xiàng)權(quán)利要求的方法，其中所述寡核苷酸是文庫分子。

8.一種對(duì)核酸樣品檢測(cè)一組寡核苷酸中的污染的方法，所述方法包括：

提供一組包含寡核苷酸的寡核苷酸樣品，其中每個(gè)寡核苷酸具有5'恒定區(qū)、樣品標(biāo)識(shí)符和3'恒定區(qū)，

其中樣品中的每個(gè)寡核苷酸具有相同的樣品標(biāo)識(shí)符，并且所述組中的每個(gè)樣品具有不同的樣品標(biāo)識(shí)符，

除非一個(gè)或多個(gè)樣品被污染；

用測(cè)定引物和第二引物擴(kuò)增寡核苷酸或寡核苷酸的互補(bǔ)序列，其中測(cè)定引物對(duì)于每個(gè)樣品是不同的，其中每個(gè)測(cè)定引物包含引發(fā)部分和測(cè)定標(biāo)識(shí)符，由此生成一組寡核苷酸擴(kuò)增子，其中每個(gè)寡核苷酸擴(kuò)增子包含測(cè)定標(biāo)識(shí)符之一、5'恒定區(qū)、樣品標(biāo)識(shí)符之一和3'恒定區(qū)；

將寡核苷酸擴(kuò)增子混池在一個(gè)或多個(gè)池中；

對(duì)所述一個(gè)或多個(gè)池進(jìn)行測(cè)序，以確定寡核苷酸擴(kuò)增子的至少所述樣品標(biāo)識(shí)符和測(cè)定標(biāo)識(shí)符的序列；和

確定一個(gè)或多個(gè)池中的樣品標(biāo)識(shí)符是否包括污染性樣品標(biāo)識(shí)符。

9.權(quán)利要求8的方法，進(jìn)一步包括確定第一池中的測(cè)定標(biāo)識(shí)符是否包括污染性測(cè)定標(biāo)識(shí)符。

10.權(quán)利要求8或9的方法，其中通過以下一者或兩者來確定污染性樣品標(biāo)識(shí)符：(i)識(shí)別與多于一個(gè)測(cè)定標(biāo)識(shí)符相關(guān)的至少一個(gè)樣品標(biāo)識(shí)符，以及(ii)識(shí)別與多于一個(gè)樣品標(biāo)識(shí)符相關(guān)的至少一個(gè)測(cè)定標(biāo)識(shí)符。

11.權(quán)利要求8-10中任一項(xiàng)的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)池包括第一池和第二池；

對(duì)所述第一池和第二池分別測(cè)序，以確定寡核苷酸擴(kuò)增子的至少所述樣品標(biāo)識(shí)符和測(cè)定標(biāo)識(shí)符的序列；

確定第二池中的樣品標(biāo)識(shí)符是否包括污染性樣品標(biāo)識(shí)符。

12.權(quán)利要求11的方法，進(jìn)一步包括確定第二池中的測(cè)定標(biāo)識(shí)符是否包括污染性測(cè)定標(biāo)識(shí)符。