[發明專利]具有用戶定義的功能的哺乳動物啟動子的計算機設計

在審

• 申請號: 201880039487.0
• 申請日: 2018-04-19
• 公開（公告）號: CN110741086A
• 公開（公告）日: 2020-01-31
• 發明（設計）人: A.J.布朗;D.C.詹姆斯;S.J.吉布森;D.哈頓
• 申請（專利權）人: 免疫醫療有限公司
• 主分類號: C12N15/10
• 分類號: C12N15/10;C12Q1/6897
• 代理公司: 72001 中國專利代理(香港)有限公司
• 代理人: 郭慧;彭昶

1.一種合成啟動子，該合成啟動子包含(a)包含4至20個轉錄因子調控元件(TFRE)的核苷酸序列和(b)啟動子核心，其中包含這些TRFE的該核苷酸序列在該啟動子核心的上游，并且其中至少三分之一的這些TFRE單獨地選自由抗氧化RE(ARE)、ETS結合位點1(EBS1)、內質網應激RE(ERSE)和二噁英RE(DRE)TFRE組成的組。

2.如權利要求1所述的合成啟動子，其中該核苷酸序列在這些TFRE之間包含間隔區，其中這些間隔區不超過50個核苷酸。

3.如權利要求2所述的合成啟動子，其中這些間隔區不超過25個核苷酸。

4.如權利要求3所述的合成啟動子，其中這些間隔區不超過12個核苷酸。

5.如權利要求4所述的合成啟動子，其中這些間隔區為約6個核苷酸。

6.如權利要求1-5中任一項所述的合成啟動子，其中該核心啟動子是CMV核心啟動子，任選地，其中該CMV核心啟動子包含SEQ ID NO：33的核苷酸序列。

7.如權利要求1所述的合成啟動子，其中該合成啟動子包含SEQ ID NO：37-50中任一個的核苷酸序列。

8.一種設計合成啟動子的方法，該方法包括：(i)分析轉錄因子(TF)表達以選擇TF，(ii)鑒定與在同型啟動子中具有轉錄活性的選定TF相互作用的轉錄因子調控元件(TFRE)，以及(iii)測定異型啟動子內TF-TFRE相互作用的相對轉錄活性。

9.如權利要求8所述的方法，該方法進一步包括(iv)選擇具有所需轉錄活性的TFRE。

10.如權利要求9所述的方法，該方法進一步包括(v)產生合成啟動子，該合成啟動子包含(a)包含具有所需轉錄活性的選定TFRE的核苷酸序列和(b)啟動子核心，其中包含這些TRFE的該核苷酸序列在該啟動子核心的上游。

11.如權利要求8-10中任一項所述的方法，其中該分析TF表達包括測定這些TF的豐度。

12.如權利要求11所述的方法，其中該測定這些TF的豐度包括測量這些TF的RNA或蛋白質水平。

13.如權利要求8-12中任一項所述的方法，其中該分析TF表達包括在至少兩種細胞類型中分析TF表達。

14.如權利要求13所述的方法，其中該至少兩種細胞類型是哺乳動物細胞類型。

15.如權利要求14所述的方法，其中該至少兩種哺乳動物細胞類型是CHO細胞。

16.如權利要求14或15所述的方法，其中該至少兩種細胞系包括表達重組蛋白的細胞系及其親本細胞系。

17.如權利要求13或14所述的方法，其中該至少兩種細胞類型是來自相同生物的兩種細胞類型，任選地其中該生物是人。

18.如權利要求8-17中任一項所述的方法，其中選擇高度表達的TF。

19.如權利要求8-17中任一項所述的方法，其中選擇表達水平在前50％、45％、40％、35％、30％、25％、20％、15％或10％以內的TF。

20.如權利要求8-19中任一項所述的方法，其中該分析TF表達包括測定TF在至少兩種細胞類型、至少兩個細胞培養階段和/或至少兩種培養條件中的穩定性。