[發(fā)明專(zhuān)利]對(duì)病毒中免疫逃逸功能區(qū)域的全基因組鑒定在審
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201880030897.9 | 申請(qǐng)日： | 2018-03-14 |
| 公開(kāi)（公告）號(hào)： | CN111511907A | 公開(kāi)（公告）日： | 2020-08-07 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 杜雨棽;尼古拉斯·C·吳;孫仁 | 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人： | 加利福尼亞大學(xué)董事會(huì) |
| 主分類(lèi)號(hào)： | C12N7/00 | 分類(lèi)號(hào)： | C12N7/00;A61K39/12;A61K39/145;C40B40/06;C40B30/00 |
| 代理公司： | 北京安信方達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262 | 代理人： | 李敏春;鄭霞 |
| 地址： | 美國(guó)加利*** | 國(guó)省代碼： | 暫無(wú)信息 |
| 權(quán)利要求書(shū)： | 查看更多 | 說(shuō)明書(shū)： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 病毒 免疫 逃逸 功能 區(qū)域 基因組 鑒定 | ||
1.一種物質(zhì)的組合物，所述物質(zhì)的組合物包含：
遺傳工程化的病原體基因組，其中，與野生型病原體相比，所述遺傳工程化的病原體基因組包含核苷酸突變的組合，所述核苷酸突變的組合被選擇以：
增加所述病原體對(duì)I型干擾素的敏感性，和
當(dāng)用作體內(nèi)免疫原時(shí)，誘導(dǎo)針對(duì)所述病原體的抗體和/或T細(xì)胞應(yīng)答，所述抗體和/或T細(xì)胞應(yīng)答為當(dāng)缺乏多于一個(gè)突變的野生型病原體基因組被用作體內(nèi)免疫原時(shí)誘導(dǎo)的抗體和/或T細(xì)胞應(yīng)答的至少10％；和/或
與所述病原體在I型干擾素不存在下在宿主細(xì)胞中的復(fù)制相比，將所述病原體在所述干擾素存在下在所述宿主細(xì)胞中的復(fù)制抑制至少50％。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中與在沒(méi)有干擾素的所述宿主細(xì)胞中的復(fù)制相比，所述組合將所述病原體在包含所述干擾素的所述宿主細(xì)胞中的復(fù)制抑制至少100倍。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述組合包含核苷酸突變，每個(gè)核苷酸突變?cè)诎蓴_素的所述宿主細(xì)胞中具有少于0.2的相對(duì)適合度評(píng)分(RF)并且在沒(méi)有干擾素的所述宿主細(xì)胞中具有大于0.5的RF評(píng)分，所述RF評(píng)分定義為所述宿主細(xì)胞中所述核苷酸突變的頻率與突變體DNA文庫(kù)中所述核苷酸突變的頻率的比率。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述突變不包括僅發(fā)生在少于1％的所述突變體DNA文庫(kù)中的突變。
5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中每個(gè)所述核苷酸突變位于所述基因組的不同區(qū)段中。
6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述組合選自在基因組中50％的核苷酸位置處的突變的集合。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述核苷酸突變改變了由所述基因組編碼的多肽的氨基酸序列。
8.根據(jù)前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的物質(zhì)的組合物，其中所述組合包含至少4個(gè)核苷酸突變。
9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的組合物，其中所述病原體是流感病毒。
10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述病原體是甲型流感病毒，并且
所述甲型流感病毒的基因組編碼突變，所述突變包括：
在PB2(SEQ ID NO:3)中的氨基酸位置N9、Q75或T76處的至少一個(gè)氨基酸置換；
在PA(SEQ ID NO:5)中的氨基酸位置N36、R72或S225處的至少一個(gè)氨基酸置換，和/或
在NS1(SEQ ID NO:7)中的氨基酸位置R38或K41處的至少一個(gè)氨基酸置換。
11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的物質(zhì)的組合物，其中所述病原體是甲型流感病毒，并且
所述甲型流感病毒的基因組編碼突變，所述突變包括：
在PB2(SEQ ID NO:3)中的選自N9D、Q75H和T76A的至少一個(gè)氨基酸置換；
在PA(SEQ ID NO:5)中的選自N36Y、R72Q和S225T的至少一個(gè)氨基酸置換，和/或
在NS1(SEQ ID NO:7)中的選自R38A和K41A的至少一個(gè)氨基酸置換。
12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物，其中所述病原體包含含有殘基的蛋白，并且所述基因組編碼所述蛋白以在所述蛋白的表面上形成簇集的殘基。
13.一種疫苗或治療劑，所述疫苗或治療劑包含根據(jù)權(quán)利要求1所述的物質(zhì)的組合物。
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