[發明專利]剪接體突變及其用途

在審

• 申請號: 201880029857.2
• 申請日: 2018-03-14
• 公開（公告）號: CN110914457A
• 公開（公告）日: 2020-03-24
• 發明（設計）人: M.沃姆斯;X.普揚;T.藤;P.朱
• 申請（專利權）人: 衛材研究發展管理有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;A61K31/7105
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 曹立莉

本發明描述了剪接體突變，包括PHF5A和SF3B1亞基中的突變。本申請還描述了檢測剪接體中突變的存在和/或不存在，以及診斷對剪接調節劑治療的具有反應性的方法、治療腫瘤性疾病的方法以及基于突變狀態監測或改變治療的方法。

本申請要求2017年3月15日提交的美國臨時申請62/471,903的優先權的權益，其全部內容通過引用合并于此。

本發明提供了用于診斷、預測、監測和治療患有腫瘤性疾病的受試者的方法。具體而言，本發明公開的方法涉及在患有腫瘤性疾病的受試者中檢測剪接體突變(例如PHF5A突變)的存在和/或不存在，以及由此選擇合適的治療方案的方法。本發明還描述了基于其突變狀態治療患有腫瘤性疾病的受試者的方法，以及基于突變狀態監測治療功效的方法。

RNA剪接由剪接體催化，剪接體是由五個小核RNA(snRNA U1、U2、U4、U5和U6)和相關蛋白組成的動態多蛋白-RNA復合物。剪接體在pre-mRNA上組裝以建立多種RNA和蛋白質相互作用的動態級聯，其催化內含子的切除和外顯子的連接(Matera和Wang，Naturereviews.Molecular cell biology 15，108-21(2014))。越來越多的證據將人類疾病與影響許多基因的RNA剪接失調聯系起來(Scotti和Swanson，Nature reviews.Genetics 17，19-32(2016))。

除了五個snRNA之外，剪接體的多蛋白-RNA復合物還包括一系列蛋白亞基，例如SF1-SF3復合物、U2AF1和SRSF2。一個這樣的單元，即剪接因子SF3b，本身就是一種多蛋白復合物，包括亞基，例如SF3B1、SF3B3和PHF5A。SF3b復合體是U2 snRNA、剪接因子SF3a和SF3b以及其他相關蛋白組裝而成的U2 snRNA-蛋白質復合體(snRNP)的一部分。它們一起形成17S U2 snRNP，其以ATP依賴性方式在內含子的3'側組裝形成A復合物(Bonnal等人，Naturereviews.Drug discovery 11，847-59(2012))。SF3b核心復合體包含幾個剪接體相關蛋白(SAP)，包括SF3B1/SAP155、SF3B2/SAP145、SF3B3/SAP130、SF3B4/SAP49、SF3B5/SAP10、SF3B6/SAP14a和PHF5A/SAP14b。

最近的研究已經將諸如SF3B1、U2AF1和SRSF2之類的剪接因子牽涉到包括慢性淋巴細胞白血病和骨髓增生異常綜合征在內的血液系統惡性腫瘤中(Bonnal等人，Naturereviews.Drug discovery 11，847-59(2012))。因此，最近的努力致力于開發調節剪接的小分子或寡核苷酸作為治療這些疾病的治療方法。其中一些已經或正在接受針對癌癥和嚴重神經肌肉疾病的臨床試驗測試(Eskens等人，Clinical Cancer Research 19，6296-304(2013)；Hong等人，Investigational new drugs 32，436-44(2014)；Naryshkin等人，Science345，688-93(2014)；Palacino等人，Nature chemical biology 11，511-7(2015))。然而，患者對這些剪接調節劑的反應一直是不一致的。Kaida等人，Nature chemicalbiology 3，570-5(2007)；Kotake等人，Nature chemical biology 3，570-5(2007)；Hasegawa等人，ACS chemical biology 6，229-33(2011)。

表型抗性克隆分析已用于鑒定SF3B1中的單個氨基酸取代(R1074H)，其幾乎完全消除了普拉地內酯(pladienolide)B和E7107的剪接調節和抗增殖作用(Yokoi等人，TheFEBS journal 278，4870-80(2011))。但是，尚不清楚確切的抑制機理和SF3b復合物其他成分的作用。了解SF3b復合物及其成分的功能和分子機理可有助于指導下一代剪接體抑制劑的開發，并為更有可能對剪接調節化合物或其他腫瘤干預策略產生反應的患者提供靶向治療。