[發明專利]致免疫性的癌癥特異抗原決定位的排名系統

在審

• 申請號: 201880019637.1
• 申請日: 2018-03-31
• 公開（公告）號: CN110799196A
• 公開（公告）日: 2020-02-14
• 發明（設計）人: 楊沛佳;鄭人豪;陳映嘉;陳淑貞;陳華鍵
• 申請（專利權）人: 行動基因(智財)有限公司
• 主分類號: A61K31/7052
• 分類號: A61K31/7052;A61K31/7105;A61K39/00;A61K39/02;A61K48/00;C07H21/02
• 代理公司: 31204 上海德昭知識產權代理有限公司
• 代理人: 郁旦蓉

1.一種篩選至少一個致免疫性且具突變信息的勝肽鏈的方法，其步驟包括：

(a)取得復數個具突變信息的序列；

(b)從疾病相關的突變中判斷出至少一個抗原決定位；

(c)將與所述至少一個抗原決定位的免疫性相關的復數個特征整合；

(d)決定所述復數個特征的重要性；

(e)以所述復數個特征的重要性決定所述至少一個抗原決定位的致免疫性數值；

(f)將所述至少一個抗原決定位排名；以及

(g)依所述(f)中的排名結果來選擇所述致免疫性且具突變信息的勝肽鏈，其中，所述致免疫性且具突變信息的勝肽鏈包含至少一個抗原決定位且其可能可引起T細胞免疫反應。

2.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述步驟(c)～(e)為利用機器學習模型達成。

3.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位的數量為≦100。

4.如請求項3所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位的數量為≦50。

5.如請求項4所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位的數量為≦30。

6.如請求項5所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位的數量為≦10。

7.如請求項5所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位的數量為10～30。

8.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征與所述抗原決定位在主要組織兼容性復合體(major histocompatibility complex，MHC)類型一及類型二上的呈現有關。

9.如請求項8所述的方法，其特征在于：其中，被選擇所述抗原決定位與所述主要組織兼容性復合體類型一的結合親和力(binding affinity)的半數抑制濃度值(IC50)為＜1500(nM)。

10.如請求項8或9所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征包含所述抗原決定位和所述主要組織兼容性復合體類型一的結合穩定性(binding stability)。

11.如請求項8所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征包含蛋白質量、基因表現量或上述兩者的組合。

12.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征與所述抗原決定位引起胞殺性T細胞(cytotoxic T cell)免疫反應的能力有關。

13.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征與所述抗原決定位引起輔助性T細胞(helper T cell)免疫反應的能力有關。

14.如請求項12或13所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征包含所述抗原決定位與其自體勝肽鏈的相似性。

15.如請求項12或13所述的方法，其特征在于：其中，所述復數個特征包含所述抗原決定位與已知抗原的同源性。

16.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述突變的變異頻率(variantfrequency)為至少10％。

17.如請求項16所述的方法，其特征在于：其中，所述突變的變異頻率(variantfrequency)為至少30％。

18.如請求項1所述的方法，其特征在于：其中，所述突變的拷貝數(copy number)為至少2。