[發(fā)明專(zhuān)利]用于單細(xì)胞的大量平行組合分析的系統(tǒng)和方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201880018231.1
• 申請(qǐng)日: 2018-03-13
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN110431233B
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-08-12
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: D·S·約翰遜;A·S·阿德勒;M·J·斯平德勒;R·A·米茲拉希
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 吉加根公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12N15/10
• 分類(lèi)號(hào): C12N15/10
• 代理公司: 北京市金杜律師事務(wù)所 11256
• 代理人: 陳文平;劉盈盈

1.一種用于生物細(xì)胞的功能性分析的方法，其包括：

將來(lái)自第一細(xì)胞類(lèi)型的多個(gè)靶細(xì)胞克隆的單個(gè)靶細(xì)胞和來(lái)自第二細(xì)胞類(lèi)型的多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞克隆的一個(gè)或多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞分離成單分散乳液微滴；

在所述單分散乳液微滴中孵育分離細(xì)胞，其中所述分離細(xì)胞包含所述單個(gè)靶細(xì)胞和所述一個(gè)或多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞；

將含有裂解試劑的水溶液引入到所述單分散乳液微滴中，從而誘導(dǎo)所述分離細(xì)胞的裂解；

將固體表面引入所述單分散乳液微滴并捕獲所述固體表面上的所述分離細(xì)胞釋放的RNA；和

產(chǎn)生包含來(lái)自所述一個(gè)或多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄物與來(lái)自所述單個(gè)靶細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄物相連接的雜交多核酸的文庫(kù)，其中所述雜交多核酸指示在孵育所述分離細(xì)胞的步驟后所述單個(gè)靶細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄變化。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述雜交多核酸進(jìn)一步指示在孵育所述分離細(xì)胞的步驟后所述一個(gè)或多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄變化。

3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞的所述轉(zhuǎn)錄變化包括基因的轉(zhuǎn)錄物的增加小于10倍。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述多個(gè)靶細(xì)胞克隆包含超過(guò)10,000個(gè)獨(dú)特的細(xì)胞克隆，其中所述多個(gè)靶細(xì)胞克隆的各個(gè)靶細(xì)胞克隆在遺傳上彼此不同。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞克隆包含超過(guò)10,000個(gè)獨(dú)特的細(xì)胞克隆，其中所述多個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞克隆的各個(gè)誘導(dǎo)細(xì)胞克隆在遺傳上彼此不同。

6.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法，其中通過(guò)將核酸序列的文庫(kù)引入到至少100,000個(gè)細(xì)胞的群中來(lái)創(chuàng)造所述靶細(xì)胞克隆的遺傳多樣性。

7.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中通過(guò)將核酸序列的文庫(kù)引入到至少100,000個(gè)細(xì)胞的群中來(lái)創(chuàng)造所述誘導(dǎo)細(xì)胞克隆的遺傳多樣性。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中使用粘附至珠子的寡核苷酸進(jìn)行RNA捕獲，其中各個(gè)珠子的直徑為小于10μm。

9.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中通過(guò)重疊延伸聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)產(chǎn)生所述雜交多核酸。

10.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中通過(guò)第一鏈合成方法產(chǎn)生所述雜交多核酸。

11.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述第一細(xì)胞類(lèi)型是表達(dá)T細(xì)胞受體的細(xì)胞的文庫(kù)。

12.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述第一細(xì)胞類(lèi)型是表達(dá)抗體的細(xì)胞的文庫(kù)。

13.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述第一細(xì)胞類(lèi)型是表達(dá)肽:MHC的細(xì)胞的文庫(kù)。

14.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述第一細(xì)胞類(lèi)型是表達(dá)多核酸條形碼的細(xì)胞的文庫(kù)。

15.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中使用微流體將細(xì)胞分離成乳液。

16.一種組合物，其包含用于重疊延伸聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(OE-PCR)的第一探針和第二探針，其中：

所述第一探針包含與第二細(xì)胞類(lèi)型的誘導(dǎo)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄物互補(bǔ)的第一子序列和與所述第二探針的至少一部分互補(bǔ)的第二子序列，其中所述轉(zhuǎn)錄物對(duì)于所述第二細(xì)胞類(lèi)型是獨(dú)特的；和

所述第二探針包含與第一細(xì)胞類(lèi)型的靶細(xì)胞的不同轉(zhuǎn)錄物互補(bǔ)的第三子序列和與所述第一探針的至少一部分互補(bǔ)的第四子序列，其中當(dāng)所述靶細(xì)胞與所述誘導(dǎo)細(xì)胞一起孵育時(shí)所述不同轉(zhuǎn)錄物的量變化，

其中所述第一探針和所述第二探針可以在用于OE-PCR的條件下跨第二子序列和第四子序列雜交。

17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的組合物，其中對(duì)所述第二細(xì)胞類(lèi)型獨(dú)特的所述轉(zhuǎn)錄物編碼T細(xì)胞受體。