[發明專利]基于甲基化修飾的腫瘤標記物STAMP-EP6

有效

• 申請號: 201811634947.2
• 申請日: 2018-12-29
• 公開（公告）號: CN109652541B
• 公開（公告）日: 2022-09-06
• 發明（設計）人: 李振艷;羅懷兵
• 申請（專利權）人: 上海奕譜生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陳靜

本發明提供了一種甲基化腫瘤標志物STAMP?EP6及其應用，屬于疾病診斷標記物領域。本發明提供了甲基化腫瘤標志物STAMP?EP6在制備腫瘤診斷試劑中的應用。本發明所述腫瘤標志物STAMP?EP6，在所有腫瘤類型中均高甲基化，對應的正常組織中均低甲基化，具有非常高的敏感性與特異性，檢測所述STAMP?EP6的引物可用于制備腫瘤診斷試劑盒。

技術領域

本發明屬于疾病診斷標記物領域，更具體地，本發明涉及基于甲基化修飾的腫瘤標記物STAMP(Specific Tumor Aligned Methylation of Pan-cancer)。

背景技術

腫瘤被認為是一種遺傳性疾病的觀念在本領域持續幾十年。人類幾次系統的大規模測序證實了癌組織中體細胞的突變數量明顯少于預期，這些結果暗示了癌癥并非簡單的遺傳性疾病。

為了實現腫瘤的診斷，近年來許多新型的腫瘤標記物被發現并用于臨床診斷。1980年之前，腫瘤標記物主要是一些激素、酶類、蛋白質等細胞分泌物，例如癌胚抗原(CEA)、甲胎抗原(AFP)等可以作為胃癌和肝癌等多種腫瘤的標記物，糖類抗原125(CA125)可以作為宮頸癌的標記物，前列腺特異性抗原(PSA)可作為前列腺癌標記物，目前這一類腫瘤標記物雖然臨床仍在用，但其敏感性與準確性已難以滿足臨床需求。

越來越多的證據表明，表觀遺傳調控的細小變化在腫瘤中的重要作用。表觀遺傳學是研究基因在不發生DNA序列改變的情況下，基因功能發生的可遺傳的變化，并最終導致了表型的變化的一門學科。表觀遺傳學主要包括DNA甲基化(DNA methylation)，組蛋白修飾(histone modification)，microRNA水平變化等生化過程。DNA甲基化是表觀遺傳學機制之一，其是指生物體內在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase，DMT)的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體，將甲基轉移到特定的堿基上的過程。在哺乳動物中DNA甲基化主要發生在5’-CpG-3’的C上，生成5-甲基胞嘧啶(5mC)。

液體活檢技術是以血中循環腫瘤細胞或循環腫瘤DNA為檢測靶標對腫瘤進行診斷和預測的技術。該技術存在諸多不足：首先，敏感性與特異性不夠高，腫瘤本身有很大的異質性，包含多種亞型的細胞群，而臨床樣本尤其是血液樣本，腫瘤DNA所占比例非常小，現有的腫瘤標記物難以滿足臨床要求的敏感性，在臨床容易造成誤診；其次，一種標記物只針對一種或少數幾種腫瘤有較好效果，而血液中的DNA來源非常復雜，因此現有的腫瘤標記物無法應對復雜的腫瘤來源、轉移等問題。由于這些復雜情況的存在，使得很多DNA甲基化腫瘤標記物在應用于臨床時難以有統一的使用標準，嚴重影響標記物的敏感度以及準確性。

綜上，在腫瘤診斷領域中，亟待發現和研究更多的新型腫瘤標記物，從而為腫瘤的診斷提供更多的途徑。

發明內容

本發明的目的在于提供以DNA甲基化修飾作為腫瘤標記物，利用腫瘤中特異性位點異常高甲基化現象來檢測腫瘤的方法。

在本發明的第一方面，提供分離的多核苷酸，包括：(a)SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的多核苷酸；(b)(a)的多核苷酸的片段，且其中存在至少1個修飾的CpG位點(如2～37個，更具體如3，5，10，15，20，25，30，35個)；和/或(c)與上述(a)或(b)的多核苷酸或片段互補的核酸(如SEQ ID NO:3所示核苷酸序列的多核苷酸)。

在一個優選例中，所述修飾包括5-甲基化修飾、5-羥甲基化修飾、5-醛甲基化修飾或5-羧甲基化修飾。

在本發明的第二方面，提供分離的多核苷酸，其由所述的多核苷酸轉變而來，對應于前述第一方面的序列，其修飾的CpG位點的胞嘧啶C不變，非修飾的胞嘧啶轉為T或U。