[發明專利]基于高通量測序法篩查和診斷卵巢高級別漿液性癌的方法和裝置

在審

• 申請號: 201811616108.8
• 申請日: 2018-12-28
• 公開（公告）號: CN109988835A
• 公開（公告）日: 2019-07-09
• 發明（設計）人: 魏國鵬
• 申請（專利權）人: 南京格致基因生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11;G16B30/00;G16B20/10
• 代理公司: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所 11038
• 代理人: 鄭天松

本發明涉及一種基于高通量測序法篩查卵巢高級別漿液性癌的方法、裝置和系統。本發明利用高通量測序技術，從分子生物學層面上解決早期卵巢癌癥狀隱匿，難以發現；卵巢包塊性質待定；及腫瘤標記物陰性伴盆腔包塊惡性可能的臨床問題。本發明的方法和系統通過一次檢測即能夠發現可能的卵巢高級別漿液性癌。

【技術領域】

本發明涉及醫學和生物學領域。具體而言，本發明涉及醫學檢測。更具體而言，本發明涉及通過基因組檢測進行卵巢高級別漿液性癌的診斷、篩查和風險分級。

【背景技術】

卵巢癌是婦科惡性腫瘤中死亡率最高的腫瘤。由于卵巢癌發病隱匿、無特異性、并且進展迅速，70％的卵巢癌患者發現時已為中晚期，總體5年生存率僅約30％。高級別漿液性癌(HGSC)是最常見的卵巢癌類型，占上皮性卵巢癌的70％～80％，大多數高級別漿液性癌被診斷為晚期(III期或IV期)，總體預后較差。因此，提高卵巢高級別漿液性癌的早期發現、早期診斷水平可以提高患癌患者治療機會、生存期及生活質量。

卵巢高級別漿液性癌的篩查主要是在高危人群中進行。患卵巢癌的高危人群包括以下情形：(1)高齡，如年齡大于50歲；(2)有一位或多位血親患卵巢癌；(3)體內存在BRCA1或BRCA2基因突變；(4)患有林奇綜合征或存在林奇綜合征相關基因突變；(5)未孕婦女等。

目前篩查和診斷卵巢高級別漿液性癌的主要手段包括檢測腫瘤標記物CA125及經陰道B超。CA125被廣泛地應用于卵巢癌的診斷，但約有30％的卵巢癌患者在診斷卵巢癌時CA125并無異常。另一方面，在婦女妊娠期、腹腔炎癥、子宮內膜異位癥等良性腫瘤情況下，CA125可輕微或明顯增高。因此可見，CA125對于卵巢癌患者篩查并不是一個良好的指標。而經陰道B超，由于操作涉及患者的隱私及侵入性，普通人群的依從性較差，且B超檢查依賴有經驗的醫生，具有一定的主觀性，不適合作為臨床常用的篩查方式。其它檢查方式如盆腹部CT、PET-CT，均具有X射線的輻射，更不適用于普通人群的卵巢癌的篩查。

ctDNA(循環腫瘤DNA，circulating tumor DNA)是一種游離在血漿中的小片段DNA，由凋亡或壞死的腫瘤細胞中的基因組入血產生，因此攜帶有原發瘤或轉移瘤特定的基因特征。ctDNA獲取方便且較為穩定。

染色體不平衡是惡性腫瘤的特征之一，是指相對于常見的二倍體基因組發生的基因組結構變異，包括染色體數量的改變，如多倍體或單倍體；也包括染色體局部的改變，如拷貝數增加或拷貝數缺失等。染色體的不平衡可通過基因劑量效應直接改變基因的表達水平，或調控其他基因的表達，因此，染色體的不平衡在腫瘤的發生發展有著重要的意義。通過研究ctDNA來反映染色體的平衡態可能對與腫瘤的定性具有一定的意義。

NGS(下一代測序技術)可一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。

本領域對于卵巢高級別漿液性癌的篩查和診斷的方法存在迫切需求。然而，據了解，迄今為止，尚無通過NGS來對卵巢癌進行快速診斷、尤其是早期診斷的有效方法。本發明人首次發現一種基于NGS方法通過研究ctDNA的重組后的染色體不平衡態，從而進行卵巢高級別漿液性癌的篩查、診斷和風險分級。

【發明內容】

本文提供了用于進行卵巢高級別漿液性癌的篩查、診斷和風險分級的系統和方法。特別地，本文提供了用于通過高通量測序進行卵巢高級別漿液性癌的篩查、診斷和風險分級的系統和方法。

本發明利用高通量測序技術，從分子生物學層面上解決早期卵巢高級別漿液性癌癥狀隱匿、難以發現；卵巢包塊性質待定；及腫瘤標記物陰性伴盆腔包塊惡性可能的臨床問題。本發明的方法和系統通過一次檢測即能夠發現可能的卵巢高級別漿液性癌。

具體而言，本發明涉及以下方面，各方面之間的各技術方案可以根據需要進行組合。