[發明專利]基于高通量測序法篩查和診斷卵巢高級別漿液性癌的方法和裝置

在審

• 申請號: 201811616108.8
• 申請日: 2018-12-28
• 公開（公告）號: CN109988835A
• 公開（公告）日: 2019-07-09
• 發明（設計）人: 魏國鵬
• 申請（專利權）人: 南京格致基因生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;C12N15/11;G16B30/00;G16B20/10
• 代理公司: 中國國際貿易促進委員會專利商標事務所 11038
• 代理人: 鄭天松

1.用于對卵巢高級別漿液性癌進行篩查、診斷或風險分級的一組染色體，該組染色體包含第2、3、5、7、8號染色體中的至少1、2、3、4或5個。

2.根據權利要求1所述的一組染色體，其為第3、5、8號染色體的組合或者第2、3、5、7、8號染色體的組合。

3.一種計算機可讀介質，其上存儲有指令，其中當所述指令被處理器執行時，使得計算機執行以下操作：

判斷來自受試者(例如人)的樣品的第2、3、5、7、8號染色體中至少1條是否存在染色體不平衡(例如染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異是否高于或等于閾值，再如染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異是否高于或等于閾值)；

例如，將來自受試者的樣品的第2、3、5、7、8號染色體中至少1條的染色體結構信息(例如測定染色體不平衡、染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異或染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異所需的結構信息)與來自健康個體的相應染色體的染色體結構信息進行比較，以確定來自所述個體的樣品中上述染色體是否存在染色體不平衡。

4.根據權利要求3所述的計算機可讀介質，其中通過以下方式進行判斷染色體不平衡：

將受試者(例如人)的全基因組數據序列(例如高通量測序技術獲得的全基因組數據序列)比對到參考基因組(例如人的參考基因組Hg19)，并例如按照10～1000k/bin(優選200k/bin)，平均分成多個段(例如bin)；

分別計算第i號染色體長臂覆蓋到的段(例如bin)的讀出序列(reads)的平均數(cov_Chrip)和染色體短臂覆蓋到的段(例如bin)的讀出序列(reads)的平均數(cov_Chriq)；

根據下列公式，計算R值：

或

其中p代表長臂，q代表短臂，chr為染色體(chromosome)的縮寫，i選自2、3、5、7和8。

5.根據權利要求4所述的計算機可讀介質，其中基于R值，根據公式(2)計算第i號染色體的Z-score：

其中μR_Chri是健康人群所對應的R值的平均數，σR_Chri是健康人群所對應的R值的標準偏差；

任選地，選擇Z-score的絕對值大于等于3的染色體，根據公式(3)，求CScore值：

6.根據權利要求3～5任一項所述的計算機可讀介質，其中所述樣品為外周血，優選外周靜脈血，更優選外周靜脈血中的游離DNA。

7.根據權利要求3～6任一項所述的計算機可讀介質，其中，

當滿足以下條件之一時，將認為受試者存在染色體不平衡：

-某一條染色體的Z-score絕對值≥3；或

-CScore>0；

當滿足以下條件之一時，將認為受試者不存在染色體不平衡：

-所有染色體的Z-score絕對值<3；或

-CScore＝0。

8.一種計算設備，其包含：

根據權利要求3～7任一項所述的計算機可讀介質；和

處理器。

9.一種系統，其包含：

測序裝置，其用于接收來自試驗樣品的核酸以提供來自該樣品的核酸序列信息(例如，通過高通量測序技術獲得的全基因組數據序列)；以及

根據權利要求8所述的計算設備。

10.權利要求9的系統，其中所述測序裝置為高通量測序儀。

11.檢測第2、3、5、7、8號染色體中的至少1條的染色體不平衡(優選染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異，更優選染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異)的試劑在制備對卵巢高級別漿液性癌進行篩查、診斷或風險分級的診斷劑中的用途。

12.檢測第2、3、5、7、8號染色體中的至少1條的染色體不平衡(優選染色體長臂拷貝數與短臂拷貝數的差異，更優選染色體長臂覆蓋度與短臂覆蓋度的差異)的裝置在制備對卵巢高級別漿液性癌進行篩查、診斷或風險分級的設備中的用途。