[發明專利]一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法

在審

• 申請號: 201811595546.0
• 申請日: 2018-12-25
• 公開（公告）號: CN109658978A
• 公開（公告）日: 2019-04-19
• 發明（設計）人: 李衛東;王沛政;周洋;阿里;陸昊
• 申請（專利權）人: 海南熱帶海洋學院
• 主分類號: G16B10/00
• 分類號: G16B10/00;C12Q1/6806
• 代理公司: 佛山幫專知識產權代理事務所(普通合伙) 44387
• 代理人: 顏德昊

本發明公開了一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，涉及軟珊瑚的鑒定領域，具體包括如下步驟：步驟一：潛入水下采集肉芝軟珊瑚作為樣品，并將樣品保存于70％乙醇溶液中；步驟二：剪取不同樣品組織10mg，用超純水反復清洗幾次，使用海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒進行樣品DNA提取：步驟三：對基因的序列進行分析：步驟四：通過步驟三中基因序列分析的結果對軟珊瑚進行鑒定。在本發明的實施過程中，通過基因序列片段對肉芝軟珊瑚進行鑒定，極大提高了軟珊瑚的鑒定準確度，而且在肉芝軟珊瑚的鑒定過程中所涉及到的設備均為實驗室常用設備，常見易得，從而降低了肉芝軟珊瑚的鑒定難度和鑒定成本。

技術領域

本發明涉及軟珊瑚的鑒定領域，具體是一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法。

背景技術

肉芝軟珊瑚屬(Sarcophyton Lesson,1834)屬于刺胞動物門(Cnidaria)、珊瑚綱(Anthozoa)、八放珊瑚亞綱(Octocorallia)軟珊瑚目(Alcyonacea)軟珊瑚科(Alcyoniidae)，生長于3m-15m水深處，廣泛分布在我國南海海域。它外形如同蘑菇狀，由冠部(Capitulum)和莖部(Stalk)組成，冠部表面平滑，呈杯口、花環和喇叭口等形狀，分布著水螅體(Autozooids)和管狀體(Siphonozooids)，水螅體的功能主要是捕食和繁殖，管狀體是一類觸手退化的水螅體，用于進行體內外水體交換；莖部底部附著在基座上，表面如皮革材質。

肉芝軟珊瑚研究主要集中在活性物質的提取和分離方面，分類學的研究相對較少。目前從肉芝軟珊瑚分泌物種發現并分離了具有抗炎、抗菌、腫瘤等化合物。自19世紀以來國外學者主要是通過珊瑚外部形態和體內含有CaCO₃成分的骨針展開肉芝軟珊瑚屬不同種之間的鑒定；隨著分子系統學的快速發展，France SC和Hoover(2002)發現許多線粒體基因在八放珊瑚中具有很高的保守性，Mcfadden等對肉芝軟珊瑚的系統發育學做了大量的工作后。Mcfadden(2010)利用COI+igr1+msh1條形碼對軟珊瑚進行種類鑒定，她認為雖然此條形碼不夠完美，但是對軟珊瑚分類學的研究是非常有價值的補充。

我國南海地區肉芝軟珊瑚資源豐富，藥用價值極大，國內關于此種軟珊瑚的分類學研究也較少，目前國內對此種珊瑚的分類研究處于停滯狀態，分類學家近年來對部分種類的修訂并將DNA條形碼技術應用于物種鑒定，我國肉芝軟珊瑚的資源調查和系統發育學研究尤為迫切。

發明內容

本發明的目的在于提供一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，以解決上述背景技術中提出的問題。

為實現上述目的，本發明提供如下技術方案：

一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，包括如下步驟：

步驟一：樣本的采集與保存：潛入水下采集肉芝軟珊瑚作為樣品，并將樣品保存于70％乙醇溶液中；

步驟二：樣本DNA的提取：剪取不同樣品組織10mg，用超純水反復清洗幾次，使用海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒進行樣品DNA提取，然后在Micro-volumeSpectrophotometer MN-913A上測定DNA濃度，用于PCR擴增；

步驟三：對基因的序列進行分析：

獲取26條肉芝軟珊瑚樣品的msh1基因部分片段，將得到的序列提交至GenBank數據庫，獲得GenBank登錄號為MH040740-MH040765，結合19條GenBank下載的肉芝軟珊瑚msh1基因序列和1條外群序列Dampia pocilloporaeformis；通過比對和人工編輯，保留共有序列長度為735bp，所用序列均無堿基插入或缺失；