[發明專利]一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法在審
| 申請號： | 201811595546.0 | 申請日： | 2018-12-25 |
| 公開（公告）號： | CN109658978A | 公開（公告）日： | 2019-04-19 |
| 發明（設計）人： | 李衛東;王沛政;周洋;阿里;陸昊 | 申請（專利權）人： | 海南熱帶海洋學院 |
| 主分類號： | G16B10/00 | 分類號： | G16B10/00;C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 佛山幫專知識產權代理事務所(普通合伙) 44387 | 代理人： | 顏德昊 |
| 地址： | 572000*** | 國省代碼： | 海南;46 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 軟珊瑚 基因組DNA提取 基因序列分析 基因序列片段 反復清洗 海洋動物 鑒定成本 鑒定過程 鑒定領域 樣品保存 樣品組織 乙醇溶液 準確度 樣品DNA 超純水 試劑盒 剪取 采集 基因 分析 | ||
1.一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，其特征在于，包括如下步驟：
步驟一：樣本的采集與保存：潛入水下采集肉芝軟珊瑚作為樣品，并將樣品保存于70％乙醇溶液中；
步驟二：樣本DNA的提取：剪取不同樣品組織10mg，用超純水反復清洗幾次，使用海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒進行樣品DNA提取，然后在Micro-volume SpectrophotometerMN-913A上測定DNA濃度，用于PCR擴增；
步驟三：對基因的序列進行分析：
獲取26條肉芝軟珊瑚樣品的msh1基因部分片段，將得到的序列提交至GenBank數據庫，獲得GenBank登錄號為MH040740-MH040765，結合19條GenBank下載的肉芝軟珊瑚msh1基因序列和1條外群序列Dampia pocilloporaeformis；通過比對和人工編輯，保留共有序列長度為735bp，所用序列均無堿基插入或缺失；
獲取26條肉芝軟珊瑚樣品的COI基因部分片段，將得到的序列提交至GenBank數據庫，獲得GenBank登錄號為：MH152692-MH152717，結合11條GenBank下載的肉芝軟珊瑚COI基因序列和1條外群序列Cladiella pachyclados；通過比對和人工編輯，保留共有序列長度約為869bp，所用序列均無堿基插入或缺失；
步驟四：通過步驟三中基因序列分析的結果對軟珊瑚進行鑒定，以Dampiapocilloporaeformis為外群，結合msh1基因部分片段獲得序列和Genebank下載同屬的msh1基因序列；以Cladiellapachyclados為外群，結合COI基因部分片段獲得序列和Genebank下載同屬的COI基因序列，采用鄰接法分別構建系統進化樹。
2.根據權利要求1所述的一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，其特征在于，PCR擴增COI基因的引物為：COIOCTR5-ATCATAGCATAGACCATACC；COII8068F5-CCATAACAGGACTAGCAGCATC。
3.根據權利要求1所述的一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，其特征在于，擴增的條件為：95℃預變性10min，運行35個以下循環：95℃變性30s，50℃退火30s，72℃延伸50s，最后72℃延伸10min。
4.根據權利要求1所述的一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，其特征在于，通過對45條肉芝軟珊瑚msh1基因序列進行同源性比較分析，發現變異位點165個，簡約信息位點115個。
5.根據權利要求1所述的一種基于COI基因序列片段的軟珊瑚鑒定方法，其特征在于，通過對37條肉芝軟珊瑚COI基因序列進行同源性比較分析，發現變異位點92個，簡約信息位點80個。
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