[發明專利]拷貝數變異的檢測方法

有效

• 申請號: 201811548698.5
• 申請日: 2018-12-18
• 公開（公告）號: CN110129419B
• 公開（公告）日: 2023-03-31
• 發明（設計）人: 林上琪
• 申請（專利權）人: 華聯生物科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6837;G16B20/50
• 代理公司: 北京泰吉知識產權代理有限公司 11355
• 代理人: 史瞳

本發明提供一種拷貝數變異的檢測方法，所述方法包含：(A)提供3個以上的檢測樣本；(B)純化檢測樣本中的核酸；(C)將所有檢測樣本的核酸進行分組；(D)將分組后的所有檢測樣本核酸各自進行全基因組放大；(E)將分組后的檢測樣本核酸放大產物標定雙色熒光；(F)于含有一群能專一性偵測人類基因體的探針的芯片上進行雜交；(G)進行局部加權回歸散點平滑法(lowess)分析；(H)與校正用探針數值群的相對應探針數值進行比對計算；(I)將所述比對計算結果進行拷貝數變異分析，得到目標檢測樣本的拷貝數變異結果。本檢測方法可節省參考樣本的使用，有利于高通量的檢測。

技術領域

本發明是關于基因體的檢測方法，尤指一種檢測細胞染色體拷貝數變異(CopyNumber Variation)的方法。

背景技術

傳統利用染色體微陣列芯片檢測拷貝數變異時，需在同一片芯片上同時加入標定不同熒光的檢測樣本及參考樣本的DNA，常用的熒光染劑為Cy3熒光染劑及Cy5熒光染劑，經激發后分別可放出紅光及綠光，接著將DNA變性成為單股DNA后，再與染色體微陣列芯片上的探針進行競爭性雜交后進行熒光信號比對，以得知檢測樣本的染色體特定區域相較于參考樣本是否有丟失、獲得或沒有差異。由于傳統拷貝數變異檢測方式使用了參考樣本，因此每進行一次檢測樣本的拷貝數變異檢測時，均需花費兩倍的試劑及人力來測試一個檢測樣本的DNA，造成檢測上的負擔。

由于傳統的拷貝數變異檢測方法需要參考樣本及使用的相關試劑、操作人力，成本較高，故現有技術需要一種降低成本的拷貝數變異檢測方法。

發明內容

為了克服現有技術的缺點，本發明的目的在于省去參考樣本DNA及相關試劑的使用。此外，由于較佳的標準差與較收斂的數據，以本發明的方法獲得的結果更能明顯地判定拷貝數變異。

為達上述的發明目的，本發明提供一種用于檢測拷貝數變異(copy numbervariation)的方法，其包含：(A)提供3個以上檢測樣本；(B)純化每一檢測樣本中的核酸，得到每一檢測樣本的核酸；(C)將所有檢測樣本的核酸進行分組，每組有兩個檢測樣本核酸，得到分組后的檢測樣本核酸；(D)將分組后的每一檢測樣本核酸各自進行全基因組放大(whole genome amplification)，得到分組后的檢測樣本核酸放大產物；(E)將每一分組后的檢測樣本核酸放大產物的其中一份檢測樣本核酸放大產物標定第一熒光染劑，針對每一組得到第一熒光染劑標定核酸放大產物，并將每一分組后的檢測樣本核酸放大產物的另一份檢測樣本核酸放大產物標定第二熒光染劑，針對每一組得到第二熒光染劑標定核酸放大產物；(F)將每一分組后的第一熒光染劑標定核酸放大產物與第二熒光染劑標定核酸放大產物依組別混和后，于含有一群能專一性偵測人類基因體的探針的芯片上進行雜交后，針對每一芯片產生分組檢測樣本訊號數據群，所述分組檢測樣本訊號數據群由兩檢測樣本訊號數據群組成，且所述檢測樣本訊號數據群是由檢測樣本的每一探針訊號數據所組成的集合；(G)將每一芯片上的分組檢測樣本訊號數據群進行局部加權回歸散點平滑法(lowess，locally weighted scatterplot smoothing)分析，從兩檢測樣本訊號數據群得到兩完成lowess分析的檢測樣本訊號數據群；(H)將完成lowess分析的目標檢測樣本訊號數據群的每一個依染色體坐標位置排列的探針訊號數據與校正用探針數值群的相對應探針數值進行比對計算，得到比對計算結果；其中校正用探針數值群的產生過程如下：(i)使用與目標檢測樣本同一檢測批次或不同檢測批次的分組檢測樣本訊號數據群；(ii)將至少三個完成lowess分析的檢測樣本訊號數據群進行計算，產生一群校正用探針數值群，而所述校正用探針數值群為每一校正用探針數值的集合；(I)將所述比對計算結果進行拷貝數變異分析，得到目標檢測樣本的拷貝數變異結果。

本發明藉由3個以上完成lowess分析的檢測樣本計算出每一探針的校正用探針數值作為參考比對數值，再與目標檢測樣本的訊號數據進行比對計算，而完成拷貝數變異的檢測，本發明相較傳統拷貝數變異檢測方法，可以在獲得每一目標檢測樣本結果時節省參考樣本及試劑的使用、人力，不僅能降低成本，且有較佳的經濟效應，而有利于高通量的拷貝數變異的檢測。