[發明專利]拷貝數變異的檢測方法

有效

• 申請號: 201811548698.5
• 申請日: 2018-12-18
• 公開（公告）號: CN110129419B
• 公開（公告）日: 2023-03-31
• 發明（設計）人: 林上琪
• 申請（專利權）人: 華聯生物科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6827
• 分類號: C12Q1/6827;C12Q1/6837;G16B20/50
• 代理公司: 北京泰吉知識產權代理有限公司 11355
• 代理人: 史瞳

1.一種用于檢測拷貝數變異(copy number variation)的非診斷目的的方法，其包含：

(A)提供3個以上檢測樣本，其不包含傳統參考樣本；

(B)純化每一檢測樣本中核酸，得到每一檢測樣本的核酸；

(C)將所有檢測樣本的核酸進行分組，每組有兩個檢測樣本核酸，得到分組后的檢測樣本核酸，若所述檢測樣本的數量為奇數，則將落單樣本與已被分組的任一檢測樣本為一組；

(D)將分組后的每一檢測樣本核酸各自進行全基因組放大(whole genomeamplification)，得到分組后的檢測樣本核酸放大產物；

(E)將每一分組后的檢測樣本核酸放大產物的其中一份檢測樣本核酸放大產物標定第一熒光染劑，針對每一組得到第一熒光染劑標定核酸放大產物，并將每一分組后的檢測樣本核酸放大產物的另一份檢測樣本核酸放大產物標定第二熒光染劑，針對每一組得到第二熒光染劑標定核酸放大產物；

(F)將每一分組后的第一熒光染劑標定核酸放大產物與第二熒光染劑標定核酸放大產物依組別混和后，于含有一群能專一性偵測人類基因體的探針的芯片上進行雜交后，針對每一芯片產生分組檢測樣本訊號數據群，所述分組檢測樣本訊號數據群由兩檢測樣本訊號數據群組成，且所述檢測樣本訊號數據群是由檢測樣本的每一探針訊號數據所組成的集合；

(G)將每一芯片上的分組檢測樣本訊號數據群進行局部加權回歸散點平滑法(lowess，locally weighted scatterplot smoothing)分析，從兩檢測樣本訊號數據群得到兩完成lowess分析的檢測樣本訊號數據群；

(H)將完成lowess分析的目標檢測樣本訊號數據群的每一個依染色體坐標位置排列的探針訊號數據與校正用探針數值群的相對應探針數值進行比對計算，得到比對計算結果；其中校正用探針數值群的產生過程如下：

(i)使用與目標檢測樣本同一檢測批次或不同檢測批次的分組檢測樣本訊號數據群；

(ii)將至少三個完成lowess分析的檢測樣本訊號數據群進行計算，產生一群校正用探針數值群，而所述校正用探針數值群為每一探針的校正用探針數值的集合，其中所述計算包含：將至少三個完成lowess分析的檢測樣本的所有訊號數據群依染色體第1～22號所有探針的平均值進行平均值置中校正，且針對所述至少三個完成lowess分析及平均值置中校正的檢測樣本訊號數據群中計算出所述芯片上每一探針的中位數訊號數值，所述芯片上每一探針的中位數訊號數值即為每一探針的校正用探針數值，

且所述比對計算包含使用步驟(i)及(ii)所產生的校正用探針數值群進行以下計算：計算log₂(所述完成lowess分析的目標檢測樣本的每一探針訊號數據/校正用探針數值群的相對應探針數值)，得到目標檢測樣本的每一探針的log₂比值，即得到所述比對計算結果，

其中步驟(H)中所述的比對計算在計算所述目標檢測樣本的每一探針的log₂比值后，更進一步將所述目標檢測樣本的每一探針的log₂比值進行中位數歸零校正且依探針的染色體坐標位置排列，以至少連續3根探針的經中位數歸零校正的log₂比值計算每一探針的中位數與標準差數值，將每一探針的經中位數歸零校正的log₂比值中位數數值±標準差數值×系數，得到所述比對計算結果，其中所述的系數介于0到1中間；

(I)將所述比對計算結果進行拷貝數變異分析，得到目標檢測樣本的拷貝數變異結果。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述的系數為0.1～0.3。

3.如權利要求2所述的方法，其中步驟(I)的拷貝數變異分析是使用包括環狀二元分割法(CBS，Circular binary segmentation)、BioHMM、Forward-Backward Fragment-Annealing Segmentation或Wavelet smoothing工具進行。

4.如權利要求1所述的方法，其中步驟(E)所述的第一熒光染劑是Cy3(Cyanine Dye 3)熒光染劑、第二熒光染劑是Cy5(Cyanine Dye 5)熒光染劑。