[發(fā)明專利]一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811482785.5
• 申請(qǐng)日: 2018-12-05
• 公開（公告）號(hào): CN109406730B
• 公開（公告）日: 2021-04-06
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 高茜;向海英;曾婉俐;黃海濤;米其利;李晶;許永;孔維松;李雪梅
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 云南中煙工業(yè)有限責(zé)任公司
• 主分類號(hào): G01N33/00
• 分類號(hào): G01N33/00;G01N35/00;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京市領(lǐng)專知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11590
• 代理人: 陳有業(yè);任文娟

1.一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法，其特征在于，包括：

(1)使用掌上電腦采集樣品信息并與服務(wù)器終端進(jìn)行無線連接；

(2)根據(jù)掌上電腦與服務(wù)器終端無線連接的結(jié)果對(duì)煙葉樣品進(jìn)行管理，實(shí)時(shí)完成需進(jìn)行煙葉樣品采集的煙株的篩選、煙葉樣品的采集、簽收、處理、存儲(chǔ)、派樣、檢測、驗(yàn)余樣品存儲(chǔ)和驗(yàn)余樣品處置的操作；并將檢測結(jié)果反饋給煙株種植人員，從而完成混合庫基因編輯T2代煙株篩選；所述步驟(2)，其包括：

(21)對(duì)基因編輯后的煙株T1代種子進(jìn)行點(diǎn)種和編碼，并在苗期進(jìn)行DNA測序，將煙株的DNA測序結(jié)果及對(duì)應(yīng)的煙株編碼上傳至服務(wù)器終端；所述煙株T1代種子為煙株T0代種子種出來的苗煙株，所述煙株T0代種子為基因編輯再生苗煙株的種子；

(22)觀察哪些煙株已經(jīng)達(dá)到現(xiàn)蕾期，使用掌上電腦對(duì)現(xiàn)蕾期煙株編碼進(jìn)行掃描，根據(jù)煙株編碼對(duì)應(yīng)的DNA測序結(jié)果和是否為首次采集對(duì)煙株進(jìn)行篩選是否進(jìn)行煙葉采集，從而完成煙株的篩選操作；

(23)采集煙葉樣品裝入樣品袋中并封口，通過藍(lán)牙連接便攜式打印機(jī)進(jìn)行樣品編碼并打印，將打印后的樣品編碼貼在樣品袋上并上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品采集的操作；

(24)煙葉樣品處理部門對(duì)采集的煙葉樣品進(jìn)行處理，然后存儲(chǔ)在編碼對(duì)應(yīng)的固定位置，并采用掌上電腦掃描樣品編碼將存儲(chǔ)位置上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品處理和存儲(chǔ)操作；

(25)煙葉樣品派送部門將存儲(chǔ)的煙葉樣品派送給相應(yīng)的檢測人員并上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品派送操作；

(26)檢測完成后剩余樣品退給樣品存儲(chǔ)部門，存儲(chǔ)部門使用掌上電腦進(jìn)行編碼后存儲(chǔ)，并上傳至服務(wù)器終端；

(27)樣品檢測人員將檢測結(jié)果在電腦上記錄并上傳給服務(wù)器終端，煙株種植人員根據(jù)檢測結(jié)果及煙株表型記錄情況完成混合庫基因編輯T2代煙株篩選工作。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(21)，其包括：

(211)對(duì)基因編輯后的分化苗進(jìn)行掛牌編碼，每棵分化苗均有其對(duì)應(yīng)的獨(dú)一編碼；

(212)在苗期進(jìn)行分子采樣并進(jìn)行DNA測序，測序分兩步進(jìn)行：第一步測序煙株是否有sgRNA插入，第二步測序煙株是否有基因編輯；

(213)將煙株的DNA測序結(jié)果及對(duì)應(yīng)的煙株編碼上傳至服務(wù)器終端。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(22)，其包括：

(221)使用掌上電腦對(duì)煙株編碼進(jìn)行掃描，根據(jù)服務(wù)器終端進(jìn)行判定煙株是否為首次煙葉采集，若是則是需要采集煙葉樣品的煙株；反之則不采集煙葉樣品；

(222)得到步驟(221)為需要采集的煙株，繼續(xù)使用掌上電腦對(duì)煙株編碼進(jìn)行掃描，根據(jù)服務(wù)器終端對(duì)應(yīng)的DNA測序結(jié)果判斷是否采集煙葉樣品。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法，其特征在于，所述步驟(222)，其包括：

(2221)根據(jù)服務(wù)器終端對(duì)應(yīng)的DNA測序結(jié)果對(duì)煙株進(jìn)行判定，將煙株分為四類，第一類：無需采樣，DNA測序結(jié)果無編輯；第二類：需采樣，DNA測序結(jié)果是有編輯且為雜合體；第三類：需采樣且重點(diǎn)關(guān)注，DNA測序結(jié)果是有編輯且為純合體；第四類：需采樣，其為未進(jìn)行基因編輯處理的母本煙株；

(2222)將第二類、第三類和第四類煙株進(jìn)行掃描并上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙株的篩選操作。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(23)，其還包括：

(231)同時(shí)在掌上電腦上記錄煙株是否有特殊表型，所述特殊表型為葉色白化或黃化、葉面蠟質(zhì)化革質(zhì)化、葉緣內(nèi)縮、主莖多分枝；

(232)將特殊表型和具有特殊表型對(duì)應(yīng)的煙株編碼上傳至服務(wù)器終端。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟(24)，其包括：

(241)煙葉樣品處理部門對(duì)采集的煙葉樣品進(jìn)行冷凍干燥和粉碎處理，放入樣品存儲(chǔ)管中，同時(shí)掃描煙葉樣品袋上的樣品編碼，通過藍(lán)牙連接便攜式打印機(jī)打印樣品編碼貼在樣品存儲(chǔ)管上；

(242)然后將樣品存儲(chǔ)管存儲(chǔ)在其編碼對(duì)應(yīng)的樣品架上的固定位置，并采用掌上電腦掃描樣品編碼將存儲(chǔ)位置上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品處理和存儲(chǔ)操作。