[發(fā)明專利]一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811482785.5
• 申請日: 2018-12-05
• 公開（公告）號: CN109406730B
• 公開（公告）日: 2021-04-06
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 高茜;向海英;曾婉俐;黃海濤;米其利;李晶;許永;孔維松;李雪梅
• 申請（專利權(quán)）人: 云南中煙工業(yè)有限責(zé)任公司
• 主分類號: G01N33/00
• 分類號: G01N33/00;G01N35/00;C12Q1/6869
• 代理公司: 北京市領(lǐng)專知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11590
• 代理人: 陳有業(yè);任文娟

本發(fā)明公開了一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法，包括：(1)使用掌上電腦采集樣品信息并與服務(wù)器終端進(jìn)行無線連接；(2)根據(jù)掌上電腦與服務(wù)器終端無線連接的結(jié)果對煙葉樣品進(jìn)行管理，實時完成需進(jìn)行煙葉樣品采集的煙株的篩選、煙葉樣品的采集、簽收、處理、存儲、派樣、檢測、驗余樣品存儲和驗余樣品處置的操作；并將檢測結(jié)果反饋給煙株種植人員，從而完成混合庫基因編輯T2代煙株篩選。本發(fā)明的方法可以達(dá)到對相似的海量的混合庫基因編輯T2代煙株的高效、精準(zhǔn)的篩選。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及計算機(jī)軟件領(lǐng)域，具體涉及一種用于基因編輯育種中的高效準(zhǔn)確混合庫基因編輯T2代的海量煙株篩選方法。

背景技術(shù)

基因編輯育種技術(shù)已被廣泛用于各種植物的基因組修飾中，如擬南芥、水稻和煙草等。隨著煙草基因編輯育種工廠的建成和素材創(chuàng)制的快速推進(jìn)，海量基因編輯素材被創(chuàng)制出來，這些編輯素材在煙株表型篩選上成為關(guān)注重點(diǎn)，但相似煙株表型的煙葉化學(xué)成分及生理生化指標(biāo)上具有差異。因此如何對海量的編輯素材進(jìn)行煙株的高效精準(zhǔn)篩選成為一個亟待解決的問題。

由于煙株的篩選涉及煙株選擇、煙葉樣品采集及處理分析反饋等多個步驟，包括需要煙葉樣品采集的煙株選擇、煙株采樣標(biāo)記、特殊表型記錄、煙葉采集裝袋、煙葉凍存、煙葉冷凍干燥、煙葉磨碎、煙葉粉末存儲、檢測和驗余樣品的處理，最終根據(jù)煙葉的檢測結(jié)果的反饋對海量的煙草煙株重新篩選等，以上流程的大部分工作通常在遠(yuǎn)離電腦端進(jìn)行，傳統(tǒng)采用人工用記號筆將煙株編碼抄寫至樣品袋或者樣品管上，再逐步將編碼錄入電腦端，這些操作對人員素質(zhì)要求高，極容易產(chǎn)生各類差錯，嚴(yán)重影響樣品管理過程進(jìn)而影響煙葉編輯素材的高效精確篩選。同時采樣及前處理過程存在較大的隨意性，若不進(jìn)行統(tǒng)一管理則會給后續(xù)的檢測帶來不穩(wěn)定性。這些都嚴(yán)重影響煙草基因編輯育種工廠的建成和素材創(chuàng)制的快速推進(jìn)。

為解決上述問題，提出本發(fā)明。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明公開了一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法，本發(fā)明的方法可以對煙葉樣品采集的煙株的篩選、煙葉樣品的采集、簽收、處理、存儲、派送、驗余樣品處理進(jìn)行高效準(zhǔn)確便捷的管理，從而完成混合庫基因編輯T2代的海量煙株高效準(zhǔn)確篩選。本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

本發(fā)明公開了一種混合庫基因編輯T2代煙株篩選方法，包括：

(1)使用掌上電腦采集樣品信息并與服務(wù)器終端進(jìn)行無線連接；

(2)根據(jù)掌上電腦與服務(wù)器終端無線連接的結(jié)果對煙葉樣品進(jìn)行管理，實時完成需進(jìn)行煙葉樣品采集的煙株的篩選、煙葉樣品的采集、簽收、處理、存儲、派樣、檢測、驗余樣品存儲和驗余樣品處置的操作；并將檢測結(jié)果反饋給煙株種植人員，從而完成混合庫基因編輯T2代煙株篩選。

優(yōu)選地，所述步驟(2)，其包括：

(21)對基因編輯后的煙株T1代種子進(jìn)行點(diǎn)種和編碼，在并在苗期進(jìn)行DNA測序，將煙株的DNA測序結(jié)果及對應(yīng)的煙株編碼上傳至服務(wù)器終端；所述煙株T1代種子為煙株T0代種子種出來的苗煙株，所述煙株T0代種子為基因編輯再生苗煙株的種子；

(22)觀察哪些煙株已經(jīng)達(dá)到現(xiàn)蕾期，使用掌上電腦對現(xiàn)蕾期煙株編碼進(jìn)行掃描，根據(jù)煙株編碼對應(yīng)的DNA測序結(jié)果和是否為首次采集對煙株進(jìn)行篩選是否進(jìn)行煙葉采集，從而完成煙株的篩選操作；

(23)采集煙葉樣品裝入樣品袋中并封口，通過藍(lán)牙連接便攜式打印機(jī)進(jìn)行樣品編碼并打印，將打印后的樣品編碼貼在樣品袋上并上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品采集的操作；

(24)煙葉樣品處理部門對采集的煙葉樣品進(jìn)行處理，然后存儲在編碼對應(yīng)的固定位置，并采用掌上電腦掃描樣品編碼將存儲位置上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品處理和存儲操作；

(25)煙葉樣品派送部門將存儲的煙葉樣品派送給相應(yīng)的檢測人員并上傳至服務(wù)器終端，從而完成煙葉樣品派送操作；