[發(fā)明專利]一種雞體尺性狀CNV標(biāo)記輔助選育多基因檢測(cè)方法及應(yīng)用

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811455023.6
• 申請(qǐng)日: 2018-11-30
• 公開（公告）號(hào): CN109852699A
• 公開（公告）日: 2019-06-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 伍革民;李冬光;韓雪;徐龍?chǎng)?/a>;朱麗莉
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 貴州省畜牧獸醫(yī)研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 貴陽睿騰知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 52114
• 代理人: 谷慶紅

本發(fā)明涉及雞的分子遺傳學(xué)研究領(lǐng)域，具體涉及一種雞體尺性狀CNV標(biāo)記輔助選育多基因檢測(cè)方法及應(yīng)用。本發(fā)明主要對(duì)雞SRMP2基因參考基因組序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因參考基因組序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因參考基因組序列(Chromosome Z,NC_006127.5)的拷貝數(shù)進(jìn)行檢測(cè)，利用拷貝數(shù)情況估測(cè)體尺性狀，用于標(biāo)記輔助選育，所述CNV標(biāo)記拷貝數(shù)越高，該雞的胸角及胸寬越低。本發(fā)明的方法，不受個(gè)體年齡、性別等限制，可應(yīng)用于育種中公母雞的早期選育，對(duì)雞的胸角、胸寬優(yōu)勢(shì)品種進(jìn)行選育，可加快地方雞種的種質(zhì)資源改良。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及雞的分子遺傳學(xué)研究領(lǐng)域，具體涉及一種雞體尺性狀CNV標(biāo)記輔助選育多基因檢測(cè)方法及應(yīng)用。

背景技術(shù)

雞的體尺體重等性狀主要通過表型選育方法進(jìn)行改良，表型選育常規(guī)方法難以在短時(shí)間內(nèi)達(dá)到預(yù)期目標(biāo)。分子標(biāo)記輔助選擇技術(shù)是借助與表型性狀顯著關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記，對(duì)遺傳資源或育種材料進(jìn)行選擇，可對(duì)雞的體尺體重性狀進(jìn)行遺傳改良，達(dá)到早期選種和提高育種值準(zhǔn)確性的目的，加快選擇遺傳進(jìn)展。

分子標(biāo)記與基因組變異有關(guān)，包括單核苷酸突變、多核苷酸突變和染色體結(jié)構(gòu)變異等。拷貝數(shù)變異(Copy number variation,CNV)是基因組中重要的結(jié)構(gòu)變異形式，是指基因組DNA中較大片段的重復(fù)或缺失，包括拷貝數(shù)的增加或減少，它通過劑量效益、位置效應(yīng)、基因融合、基因阻斷等機(jī)制影響基因和表型，在畜禽中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了一些與畜禽性狀顯著相關(guān)的CNVs，可從拷貝數(shù)變異角度探尋影響地方雞體尺性狀的CNVs標(biāo)記，將CNVs作為一個(gè)分子標(biāo)記應(yīng)用于體尺外貌性狀的分子選育。CNV拷貝數(shù)的檢測(cè)方法包括熒光定量PCR、芯片檢測(cè)以及重測(cè)序等方法，對(duì)于多個(gè)基因的拷貝數(shù)檢測(cè)，與測(cè)序相結(jié)合的多重拷貝數(shù)檢測(cè)方法更為快捷和準(zhǔn)確。

SRMP2基因的英文全稱是serine/arginine repetitive matrix protein 2，中文全稱是絲氨酸/精氨酸重復(fù)基質(zhì)蛋白，MHRP2B基因的英文全稱是maestro heat-likerepeat-containing protein family member 2B，中文全稱是類熱重復(fù)蛋白家族成員2B,MH7基因的英文全稱是maestro heat-like repeat-containing protein family member7，中文全稱是類熱重復(fù)蛋白家族成員7，到目前為止，尚未見到上述基因功能或序列變異與雞體尺體重性狀關(guān)聯(lián)的報(bào)道。

因此，尋找一種通過分子標(biāo)記輔助選擇技術(shù)對(duì)雞的體尺體重性狀進(jìn)行遺傳改良，達(dá)到早期選種和提高育種值準(zhǔn)確性的目的，加快選擇遺傳進(jìn)展的方法是當(dāng)務(wù)之急。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的上述技術(shù)問題，本發(fā)明提供雞體尺性狀CNV標(biāo)記輔助選育多基因檢測(cè)方法及應(yīng)用，具體是通過以下技術(shù)方案得以實(shí)現(xiàn)的：

一種用于檢測(cè)雞胸角、胸寬性狀的分子標(biāo)記組合，其為CNV1、CNV2和CNV3，這三個(gè)分子標(biāo)記分別是雞SRMP2基因參考基因組序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因參考基因組序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因參考基因組序列(Chromosome Z,NC_006127.5)。該分子標(biāo)記組合可以應(yīng)用在雞育種中，以挑選在胸角、胸寬方面具有優(yōu)勢(shì)的品種。

一種用于檢測(cè)雞胸角、胸寬性狀的引物組合，其目標(biāo)基因引物對(duì)為P1(F1、R1)、P2(F2、R2)和P3(F3、R3)引物，其核苷酸序列如下：

所述的引物對(duì)P1為：

上游引物F1:AACCTGCTCAGCTTTTCCTGACC

下游引物R1：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT

所述的引物對(duì)P2為：