[發明專利]一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法

有效

• 申請號: 201811394656.0
• 申請日: 2018-11-20
• 公開（公告）號: CN109545281B
• 公開（公告）日: 2023-06-20
• 發明（設計）人: 劉港彪;楊帆;孫子奎
• 申請（專利權）人: 南京派森諾基因科技有限公司
• 主分類號: G16B20/40
• 分類號: G16B20/40;G16B20/20;G16B40/00
• 代理公司: 上海天翔知識產權代理有限公司 31224
• 代理人: 呂伴

本發明公開了一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法，其特征在于，包括多指標信息矩陣創建步驟，遺傳模式判斷步驟，結果信息整合步驟。本發明的分析方法不僅考慮具體的突變位點情況同時也結合個體的相關表型如性別、患病狀態信息對變異位點有針對性的進行相應的遺傳模式進行分析，通過多個指標綜合進行分析，使得致病突變位點遺傳模式判斷更加準確。本發明的分析方法的流程對trio家系的突變遺傳模式判斷包括6類：常染性體顯隱性遺傳模式以及X?linked顯隱性遺傳模式、復合雜合突變以及新生突變，判斷種類全面。給出trio家系個體的多個指標信息。所有分析流程集成化，一鍵化操作可出結果，無需繁雜的操作步驟。

技術領域

本發明屬于生物信息數據處理領域，主要是一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法。

背景技術

單基因遺傳病，也稱孟德爾遺傳病，是指由單個或單對等位基因突變導致的疾病，主要由遺傳因素決定，在群體中的發病率較低。單基因遺傳病根據遺傳模式不同，通常分為常染色體顯性、常染色體隱性、X伴性顯性、X伴性隱性、Y伴性遺傳病五種。絕大多數的單基因遺傳病是由基因所編碼的蛋白質的質和/或量的改變引起的，通過對高通量測序數據分析，可以發現與疾病相關的變異。因此對突變的遺傳模式進行分析，對致病機理的理解以及疾病的預防和治療具有重要意義。

現有的有關突變遺傳模式的判斷軟件存在如下問題：

遺傳模式判斷單一：現有很多方法大都根據樣本突變位點類型進行突變遺傳模式判斷，忽視了個體的具體相關表型；

缺少綜合信息評估分析：目前分析流程在判斷突變遺傳模式上沒有結合對照類型，如對照的性別，患病狀態，數目等具體進行判斷；

結果展示單一：分析結果中表格個體的突變類型，突變頻率以及其他對照個體的突變情況沒有進行相應的展示，不能顯著性的幫助后期的應用。

發明內容

為了解決現有技術存在的上述問題，本發明的目的在于提供一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法。

為了實現本發明的目的，所采用的技術方案是：一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)多指標信息矩陣創建步驟：考慮具體的突變位點情況同時也結合個體的相關表型如性別、患病狀態信息，將這些信息構建成矩陣以便于對變異位點有針對性的進行相應的遺傳模式進行分析；

(2)遺傳模式判斷步驟：根據多指標信息矩陣對trio家系的突變遺傳模式進行相應的判斷，可判斷的遺傳模式包括：常染性體顯隱性遺傳模式、X-linked顯隱性遺傳模式、復合雜合突變、新生突變；

(3)結果信息整合步驟：trio家系個體的突變類型，突變頻率，遺傳模式，突變注釋等多類信息，以便后續進一步的信息挖掘。

在本發明的一個優選實施例中，所述步驟(1)具體包括：

1)表型信息分類：對個體的患病狀態進行分類標識，以用于輔助篩選相應的可能致病突變位點；

2)性別信息標識：對個體的患病狀態進行標識，以用于后續突變位點的遺傳模式進行判斷；

3)創建突變位點矩陣：對多個個體的突變位點信息進行比較，生成一個突變矩陣，以用于后續的突變模式的判斷。

在本發明的一個優選實施例中，所述步驟(2)當中，所述常染性體顯性遺傳模式的判斷具體包括：

1)常染性體顯性遺傳模式；

2)提取常染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

3)篩選患者中所有雜合或者純合位點；

4)保留所有正常個體中沒有出現的變異位點；