[發明專利]一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法

有效

• 申請號: 201811394656.0
• 申請日: 2018-11-20
• 公開（公告）號: CN109545281B
• 公開（公告）日: 2023-06-20
• 發明（設計）人: 劉港彪;楊帆;孫子奎
• 申請（專利權）人: 南京派森諾基因科技有限公司
• 主分類號: G16B20/40
• 分類號: G16B20/40;G16B20/20;G16B40/00
• 代理公司: 上海天翔知識產權代理有限公司 31224
• 代理人: 呂伴

1.一種基于二代高通量測序的trio家系遺傳突變模式的分析方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)多指標信息矩陣創建步驟：考慮具體的突變位點情況同時也結合個體的相關表型如性別、患病狀態信息，將這些信息構建成矩陣以便于對變異位點有針對性的進行相應的遺傳模式進行分析；

(2)遺傳模式判斷步驟：根據多指標信息矩陣對trio家系的突變遺傳模式進行相應的判斷，可判斷的遺傳模式包括：常染性體顯隱性遺傳模式、X-linked顯隱性遺傳模式、復合雜合突變遺傳模式、新生突變遺傳模式；

(3)結果信息整合步驟：trio家系個體的突變類型，突變頻率，遺傳模式，突變注釋等多類信息，以便后續進一步的信息挖掘；

所述步驟(1)具體為：

1)表型信息分類：對個體的患病狀態進行分類標識，以用于輔助篩選相應的可能致病突變位點；

2)性別信息標識：對個體的患病狀態進行標識，以用于后續突變位點的遺傳模式進行判斷；

3)創建突變位點矩陣：對多個個體的突變位點信息進行比較，生成一個突變矩陣，以用于后續的突變模式的判斷；

所述步驟(2)當中，所述常染性體顯性遺傳模式的判斷具體為：

1)常染性體顯性遺傳模式；

2)提取常染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

3)篩選患者中所有雜合或者純合位點；

4)保留所有正常個體中沒有出現的變異位點；

5)進一步篩選父母至少一方有變異的位點；

6)獲取候選有害變異位點；

所述步驟(2)當中，所述常染性體隱性遺傳模式的判斷具體為：

1)提取常染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

2)篩選患者中所有純合位點；

3)保留所有在正常個體中為0/1|0/0的突變位點；

4)保留在父母親中都為0/1的突變位點；

5)獲取候選有害變異位點；

所述步驟(2)當中，所述復合雜合突變遺傳模式的判斷具體為：

1)提取常染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

2)篩選患者中所有雜合位點；

3)保留至少有2個雜合突變位點的基因；

4)排除在正常個體中出現的雜合位點；

5)排除在父母親都沒有相應突變的位點；

6)排除只有一個突變位點的基因；

所述步驟(2)當中，所述X-linked隱性遺傳模式的判斷具體為：

1)提取X染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

2)篩選患者中所有純合位點或者半純合位點；

3)保留在正常女性個體中突變類型為0/0|0/1的位點；

4)保留在正常男性中突變類型為0的位點；

5)保留所有的變異都在父母親中存在的位點；

6)如果患者為女性，父親正常，則此類變異位點排除；

所述步驟(2)當中，所述X-linked顯性遺傳模式的判斷具體為：

1)提取X染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

2)篩選患者中所有雜合位點或者半純合位點；

3)保留在正常女性個體中突變類型為0/0的位點；

4)保留在正常男性中突變類型為0的位點；

5)如果患者為女性，雙親正常，或者患者為男性，母親正常，則這些位點排除；

所述步驟(2)當中，所述新生突變遺傳模式的判斷具體為：

1)提取染色體區域外顯子和外顯子剪切區域非同義突變；

2)篩選患者中所有純合位點或者半純合位點；

3)保留在正常個體中為0/0|0的突變位點；

4)保留在子代個體中僅有一個個體出現的變異位點；

5)排除在其它患者中也出現的突變位點。