[發明專利]一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記及矮源基因鑒定方法

有效

• 申請號: 201811296392.5
• 申請日: 2018-11-01
• 公開（公告）號: CN109338001B
• 公開（公告）日: 2021-05-14
• 發明（設計）人: 翟榮榮;張林;張小明;葉勝海;何祖華
• 申請（專利權）人: 浙江省農業科學院;中國科學院上海生命科學研究院;揚州大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京眾合誠成知識產權代理有限公司 11246
• 代理人: 苗艷榮

本發明公開了一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記及矮源基因鑒定方法，包括分子標記Sd1SNP和Sd1InDel，分別由引物對SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4組合而成。還公開了所述功能性分子標記的檢測方法及其應用，本發明的功能性分子標記以PCR技術為基礎，能區分鑒定稻種資源的矮源類型，不受環境以及人為因素的影響，可以用于水稻矮化育種，改良水稻株型，該方法和標記在水稻育種領域具有廣闊的應用前景。

技術領域

本發明屬于水稻選育技術領域，涉及一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記及矮源基因鑒定方法。

背景技術

水稻是人類主要的能源作物，隨著全球人口數量的持續增加及耕地面積的急劇減少，糧食安全正成為一個嚴重的全球問題。株高是水稻重要的農藝性狀之一，半矮稈基因sd1的應用極大提高了水稻單產，解決了高稈水稻品種高肥條件下的倒伏問題，在“綠色革命”中起到了關鍵性的作用。以矮仔占、矮腳南特或低腳烏尖為矮源育成的矮稈品種，已為世界水稻生產做出了舉世矚目的貢獻。但是，目前秈稻品種的矮源基因來源過于單一，主要集中在矮腳南特突變類型。因此，目前亟待解決的問題是在育種中如何利用現有品種為親本，在繁育新品種時不受單一矮源的限制。

發明內容

本發明解決的問題在于提供一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記及矮源基因鑒定方法，用于區別鑒定水稻基因矮源，可用于水稻矮化育種，使得改良水稻株型不受單一矮源的限制。

本發明是通過以下技術方案來實現：

一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記，該分子標記包括Sd1SNP和Sd1InDel，Sd1SNP由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對組成，Sd1InDel由SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示的引物對組成；

SEQ ID NO.1:CGCGGTTTGTCCTTGTCG；

SEQ ID NO.2:AAATCGGCTTCTGTTCGTTCC；

SEQ ID NO.3:CGCACGGGTTCTTCCAGGTGT；

SEQ ID NO.4:CTCCAGGAGTTCCATGATCGTCAGC。

所述的分子標記Sd1SNP用于鑒定水稻半矮稈基因sd1第3外顯子上的第146位堿基發生C-G突變形成的等位基因；

所述的分子標記Sd1InDel用于鑒定水稻半矮稈基因sd1第1和第2外顯子處發生大片段缺失形成的等位基因。

本發明還提供一種水稻矮源基因鑒定方法，包括以下操作：

以提取的水稻總DNA為模板，分別以分子標記包括Sd1SNP和Sd1InDel為引物進行PCR擴增；

Sd1SNP由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對組成，Sd1InDel由SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示的引物對組成；

對Sd1SNP擴增的產物進行Ncil酶切后電泳檢測，根據電泳檢測結果進行等位基因的鑒定：

若檢測結果只有一個486bp的條帶，則表明第146位堿基發生C-G突變；

若檢測結果有184bp和302bp的兩條帶，則表明第146位堿基未發生C-G突變；

對Sd1InDel擴增的產物進行電泳檢測，根據電泳檢測結果進行等位基因的鑒定：

若檢測結果為68bp的條帶，則表明水稻半矮稈基因sd1第1和第2外顯子處發生大片段缺失形成的等位基因；