[發明專利]一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記及矮源基因鑒定方法

有效

• 申請號: 201811296392.5
• 申請日: 2018-11-01
• 公開（公告）號: CN109338001B
• 公開（公告）日: 2021-05-14
• 發明（設計）人: 翟榮榮;張林;張小明;葉勝海;何祖華
• 申請（專利權）人: 浙江省農業科學院;中國科學院上海生命科學研究院;揚州大學
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京眾合誠成知識產權代理有限公司 11246
• 代理人: 苗艷榮

1.一種鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記，其特征在于，該分子標記包括Sd1SNP和Sd1InDel，Sd1SNP由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對擴增得到，Sd1InDel由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的引物對擴增得到；

SEQ ID NO.1:CGCGGTTTGTCCTTGTCG；

SEQ ID NO.2:AAATCGGCTTCTGTTCGTTCC；

SEQ ID NO.3:CGCACGGGTTCTTCCAGGTGT；

SEQ ID NO.4:CTCCAGGAGTTCCATGATCGTCAGC。

2.如權利要求1所述的鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記，其特征在于，所述的分子標記Sd1SNP用于鑒定水稻半矮稈基因sd1第3外顯子上的第146位堿基發生C-G突變形成的等位基因；

所述的分子標記Sd1InDel用于鑒定水稻半矮稈基因sd1第1和第2外顯子處發生大片段缺失形成的等位基因。

3.一種水稻矮源基因鑒定方法，其特征在于，包括以下操作：

以提取的水稻總DNA為模板，分別以擴增分子標記Sd1SNP和Sd1InDel的引物對進行PCR擴增；

Sd1SNP由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對擴增得到，Sd1InDel由SEQ IDNO.3和SEQ ID NO.4所示的引物對擴增得到；

SEQ ID NO.1:CGCGGTTTGTCCTTGTCG；

SEQ ID NO.2:AAATCGGCTTCTGTTCGTTCC；

SEQ ID NO.3:CGCACGGGTTCTTCCAGGTGT；

SEQ ID NO.4:CTCCAGGAGTTCCATGATCGTCAGC；

對由SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物對擴增得到的產物進行Ncil酶切后電泳檢測，根據電泳檢測結果進行等位基因的鑒定：

若檢測結果只有一個486bp的條帶，則表明第146位堿基發生C-G突變；

若檢測結果有184bp和302bp的兩條帶，則表明第146位堿基未發生C-G突變；

對由SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的引物對擴增得到的產物進行電泳檢測，根據電泳檢測結果進行等位基因的鑒定：

若檢測結果為68bp的條帶，則表明水稻半矮稈基因sd1第1和第2外顯子處發生大片段缺失形成的等位基因；

若檢測結果為451bp的條帶，則表明水稻半矮稈基因sd1第1和第2外顯子處沒有發生大片段缺失形成的等位基因。

4.如權利要求3所述的一種水稻矮源基因鑒定方法，其特征在于，若第146位堿基發生C-G突變，則說明其水稻矮源基因含有9311突變類型；若沒有發生該突變，提示其水稻矮源基因可以引入9311突變類型進行株高改良；

若第1和第2外顯子處發生大片段缺失，則說明其水稻矮源基因含有矮腳南特突變類型；若沒有發生該突變，提示其水稻矮源基因可以引入矮腳南特突變類型進行株高改良。

5.如權利要求3所述的一種水稻矮源基因鑒定方法，其特征在于，在PCR擴增時PCR反應體系如下：

DNA模板1μl，2.5mM dNTPs 5μl，2×KOD buffer 12.5μl，10μM正向引物1μl，10μM反向引物1μl，1U/μl KOD酶0.5μl，H₂O4μl；

PCR反應條件為：94℃預變性5min；94℃變性60sec，65℃退火60sec，72℃延伸120sec，共34個循環；最后72℃延伸10min。

6.權利要求1所述的鑒定水稻半矮稈基因sd1等位基因的分子標記在培育矮稈水稻品種或品系中的應用。