[發(fā)明專利]用于小麥赤霉病抗性檢測(cè)的KASP引物組及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811247764.5
• 申請(qǐng)日: 2018-10-25
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN109182586B
• 公開(kāi)（公告）日: 2020-07-10
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 姜朋;馬鴻翔;張旭;吳磊;何漪
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 江蘇圣典律師事務(wù)所 32237
• 代理人: 楊文晰

本發(fā)明公開(kāi)一組用于小麥赤霉病抗性檢測(cè)的KASP引物組及其應(yīng)用，該引物組包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的前引物AlleleFAM、核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的前引物AlleleHEX、核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的后引物Common；本發(fā)明提供的KASP引物組可配制PCR檢測(cè)體系，并進(jìn)一步應(yīng)用于小麥赤霉病抗性檢測(cè)。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請(qǐng)涉及小麥育種領(lǐng)域，特別是一種用于小麥赤霉病抗性檢測(cè)的KASP引物組及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

小麥赤霉病(Fusarium head blight,FHB)是由鐮孢屬(Fusarium spp.)引起的一種世界性小麥穗部病害，不僅造成產(chǎn)量損失，且其引起的真菌毒素還嚴(yán)重危害人畜健康。隨著全球性氣候變暖、耕作制度以及耕作方式的改變，小麥赤霉病正向黃淮麥區(qū)、北方麥區(qū)、西南麥區(qū)和西北麥區(qū)擴(kuò)展，且大流行頻率不斷增加，2000至2012年，我國(guó)有9個(gè)年份赤霉病的發(fā)生面積超過(guò)3.3×10⁶hm²。改變耕作制度和栽培技術(shù)難以解決赤霉病的侵染和蔓延，依賴化學(xué)防治盡管對(duì)控制赤霉病的大發(fā)生和大流行取得了一定成效，但不可避免地造成成本增加和環(huán)境污染，有悖于綠色發(fā)展理念，因此培育抗病品種成為減輕赤霉病危害的主要途徑。

國(guó)內(nèi)外對(duì)赤霉病的抗性遺傳進(jìn)行了大量研究，發(fā)現(xiàn)多個(gè)赤霉病抗性QTL，并命名7個(gè)抗赤霉病基因。由于抗性效應(yīng)及穩(wěn)定性等方面原因，目前廣泛應(yīng)用的僅有位于3BS染色體上的Fhb1位點(diǎn)，為了應(yīng)對(duì)生產(chǎn)需求，新的赤霉病抗性基因亟待挖掘。長(zhǎng)江中下游麥區(qū)是我國(guó)最早開(kāi)展赤霉病抗性育種的區(qū)域，其代表性系列品種寧麥、揚(yáng)麥、鎮(zhèn)麥等均具有較高的赤霉病抗性，部分品種含有FHB1，系譜研究表明其FHB1多源于寧麥9號(hào)。

單核苷酸多態(tài)性(SNP)標(biāo)記，是繼限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)和簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)之后的第3代分子標(biāo)記，具有密度高、代表性強(qiáng)、遺傳穩(wěn)定性好和自動(dòng)化程度高等優(yōu)點(diǎn)，因此在遺傳研究中具有廣闊的應(yīng)用潛力。在大量測(cè)序數(shù)據(jù)積累的基礎(chǔ)上,芯片技術(shù)得到快速發(fā)展，相繼開(kāi)發(fā)出小麥Illumina iSelect 9k、Illumina iSelect 90k、AffymetrixAxiom 660k等芯片，并廣泛應(yīng)用于小麥遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建、群體結(jié)構(gòu)和連鎖不平衡分析等研究。競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性PCR(kompetitive allele specific PCR，KASP)標(biāo)記是針對(duì)基因組DNA樣品，通過(guò)引物末端堿基的特異匹配來(lái)對(duì)SNP以及InDel位點(diǎn)進(jìn)行精準(zhǔn)的雙等位基因分型的PCR技術(shù)，目前廣泛應(yīng)用在水稻、小麥、大豆等作物的分子標(biāo)記輔助選擇中。

揚(yáng)麥158是90年代長(zhǎng)江中下游麥區(qū)的主推品種，同時(shí)也是重要的親本材料，其赤霉病抗性達(dá)到中抗水平，但經(jīng)鑒定其中不含F(xiàn)HB1，目前，針對(duì)揚(yáng)麥158系的赤霉病抗性檢測(cè)引物尚未見(jiàn)報(bào)道。

發(fā)明內(nèi)容

針對(duì)上述問(wèn)題，本身提供一組針對(duì)揚(yáng)麥158的小麥赤霉病抗性檢測(cè)的KASP引物組及其應(yīng)用，

小麥赤霉病抗性檢測(cè)的KASP引物組，包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的前引物AlleleFAM、核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的前引物AlleleHEX、核苷酸序列如SEQ IDNO.3所示的后引物Common。

上述KASP引物組在檢測(cè)小麥赤霉病抗性中的應(yīng)用，其具體步驟如下：利用上述KASP引物組配制成PCR檢測(cè)體系并進(jìn)行PCR擴(kuò)增，再利用多功能酶標(biāo)儀檢測(cè)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物并以KlusterCaller software軟件對(duì)5A染色體48.2cM處的標(biāo)記Excalibur_c6567_743進(jìn)行基因分型，該位點(diǎn)等位變異為T/G，含有等位基因G的小麥赤霉病抗性顯著高于含有等位基因T的小麥。揚(yáng)麥158含有的優(yōu)勢(shì)等位變異為G，與前引物AlleleHEX結(jié)合，T為非優(yōu)勢(shì)等位變異，可與前引物AlleleFAM結(jié)合，從而利用KASP引物組將二者區(qū)分。