[發明專利]一種檢測血漿游離DNA中肺癌相關突變基因的試劑盒及其應用

有效

• 申請號: 201811215884.7
• 申請日: 2018-10-18
• 公開（公告）號: CN109295228B
• 公開（公告）日: 2021-06-22
• 發明（設計）人: 趙小剛;姜寧;王文娟;李培超;翟光喜;林貴梅
• 申請（專利權）人: 山東大學第二醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 濟南金迪知識產權代理有限公司 37219
• 代理人: 陳桂玲

1.血漿游離DNA中肺癌相關突變基因，其特征在于，所述突變基因包括LRP1B、KMT2D、CSMD3突變基因，其突變位點如下：

LRP1B:NM_018557:exon51:c.G8185A:p.A2729T，

LRP1B:NM_018557:exon83:c.A12658T:p.T4220S，

LRP1B:NM_018557:exon2:c.A125T:p.H42L，

LRP1B:NM_018557:exon16:c.G2555A:p.C852Y，

LRP1B:NM_018557:exon89:c.A13511T:p.H4504L，

LRP1B:NM_018557:exon8:c.A1141T:p.N381Y；

KMT2D:NM_003482:exon34:c.C8972T:p.P2991L，

KMT2D:NM_003482:exon34:c.C8495T:p.A2832V，

KMT2D:NM_003482:exon4:c.G487A:p.A163T，

KMT2D:NM_003482:exon41:c.G13711A:p.A4571T，

KMT2D:NM_003482:exon11:c.C3647T:p.A1216V，

KMT2D:NM_003482:exon38:c.G10607A:p.R3536H；

CSMD3:NM_052900:exon54:c.C8300T:p.P2767L,

CSMD3:NM_052900:exon20:c.A3058T:p.T1020S，

CSMD3:NM_052900:exon10:c.G1397C:p.S466T，

CSMD3:NM_052900:exon14:c.C2050T:p.L684F，

CSMD3:NM_052900:exon59:c.G9323T:p.G3108V。

2.一種檢測權利要求1所述的血漿游離DNA中肺癌相關突變基因的試劑盒，其特征在于，包括根據權利要求1所述的LRP1B、KMT2D、CSMD3突變基因設計的特異性引物，其中：

檢測LRP1B基因A2729T(c.G8185A)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.1所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.2所示；

檢測LRP1B基因T4220S(c.A12658T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.5所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.6所示；

檢測LRP1B基因H42L(c.A125T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.9所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.10所示；

檢測LRP1B基因C852Y(c.G2555A)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.13所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.14所示；

檢測LRP1B基因H4504L(c.A13511T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.17所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.18所示；

檢測LRP1B基因N381Y(c.A1141T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.21所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.22所示；

檢測KMT2D基因P2991L(c.C8972T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.25所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.26所示；

檢測KMT2D基因A2832V(c.C8495T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.29所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.30所示；

檢測KMT2D基因A163T(c.G487A)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.33所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.34所示；

檢測KMT2D基因A4571T(c.G13711A)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.37所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.38所示；

檢測KMT2D基因A1216V(c.C3647T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.41所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.42所示；

檢測KMT2D基因R3536H(c.G10607A)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.45所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.46所示；

檢測CSMD3基因P2767L(c.C8300T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.49所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.50所示；

檢測CSMD3基因T1020S(c.A3058T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.53所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.54所示；

檢測CSMD3基因S466T(c.G1397C)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.57所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.58所示；

檢測CSMD3基因L684F(c.C2050T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.61所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.62所示；

檢測CSMD3基因G3108V(c.G9323T)突變位點的特異性引物，所述特異性引物上游序列如SEQ ID NO.65所示，所述特異性引物下游序列如SEQ ID NO.66所示；

還包括：

特異性識別LRP1B基因A2729T(c.G8185A)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.3所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.4所示；

特異性識別LRP1B基因T4220S(c.A12658T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.7所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.8所示；

特異性識別LRP1B基因H42L(c.A125T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.11所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.12所示；

特異性識別LRP1B基因C852Y(c.G2555A)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.15所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.16所示；

特異性識別LRP1B基因H4504L(c.A13511T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.19所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.20所示；

特異性識別LRP1B基因N381Y(c.A1141T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.23所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.24所示；

特異性識別KMT2D基因P2991L(c.C8972T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.27所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.28所示；

特異性識別KMT2D基因A2832V(c.C8495T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.31所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.32所示；

特異性識別KMT2D基因A163T(c.G487A)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.35所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.36所示；

特異性識別KMT2D基因A4571T(c.G13711A)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.39所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.40所示；

特異性識別KMT2D基因A1216V(c.C3647T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.43所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.44所示；

特異性識別KMT2D基因R3536H(c.G10607A)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.47所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.48所示；

特異性識別CSMD3基因P2767L(c.C8300T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.51所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.52所示；

特異性識別CSMD3基因T1020S(c.A3058T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.55所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.56所示；

特異性識別CSMD3基因S466T(c.G1397C)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.59所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.60所示；

特異性識別CSMD3基因L684F(c.C2050T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.63所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.64所示；

特異性識別CSMD3基因G3108V(c.G9323T)位點的Taqman探針，所述Taqman探針的野生型序列如SEQ ID NO.67所述，所述Taqman探針的突變型序列如SEQ ID NO.68所示；

所述Taqman探針的野生型的5′端連接VIC熒光標記；Taqman探針的突變型的5′端連接FAM熒光標記。