[發(fā)明專利]檢測樣本中TFE3融合基因的寡核苷酸、方法和試劑盒

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811199327.0
• 申請(qǐng)日: 2018-10-15
• 公開（公告）號(hào): CN109371126A
• 公開（公告）日: 2019-02-22
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃開新;牛林梅;桑志高
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 杭州艾迪康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12Q1/6851;C12N15/11
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務(wù)所有限公司 33100
• 代理人: 黃素萍;徐關(guān)壽

本發(fā)明公開用于篩查和鑒定樣本中TFE3融合基因的寡核苷酸、方法和試劑盒，其包括用于篩查和鑒定ASPL?TFE3、PRCC?TFE3、NonO?TFE3、PSF?TFE3和CLTC?TFE3的上下游引物和探針，以及針對(duì)β?actin內(nèi)參基因的上下游引物和探針。本發(fā)明可快速檢測樣本中是否存在TFE3融合基因及其表達(dá)量的多少。利用本發(fā)明完成的檢測結(jié)果準(zhǔn)確且靈敏，可為人類Xp11.2易位/TFE3融合基因相關(guān)性腎癌患者輔助制定個(gè)體化治療方案。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域，特別涉及一種檢測樣本中PTFE3融合基因的方法、寡核苷酸和試劑盒，采用熒光PCR技術(shù)，檢測人類Xp11.2易位/TFE3融合基因相關(guān)性腎癌患者體內(nèi)TFE3融合基因的表達(dá)水平。

背景技術(shù)

Xp11.2易位/TFE3基因融合相關(guān)性腎癌(簡稱Xp11.2易位性腎癌)是2004年WHO新分類出的一種腎癌獨(dú)立亞型，臨床罕見，惡性程度較高。Xp11.2易位性腎癌的特征為Xp11.2位點(diǎn)上TFE3基因發(fā)生斷裂，并與PRCC、ASPL、PSF、CLTC、NonO等相關(guān)基因發(fā)生平衡易位形成新的融合基因。據(jù)統(tǒng)計(jì)，Xp11.2易位性腎癌的發(fā)病率在兒童腎癌患者中約占1/3，占45歲以下腎癌的15％，對(duì)兒童及青少年患者有極大影響。Xp11.2易位性腎癌在分子遺傳學(xué)、治療和預(yù)后等方面明顯不同于其他腎細(xì)胞癌，目前國內(nèi)對(duì)該類型腎細(xì)胞癌認(rèn)識(shí)還很有限。

Xp11.2易位性腎癌主要發(fā)生于青少年人群，約占兒童腎癌的1/3，45歲以下腎癌中的15％，成年腎癌的1.6％左右。最新數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析顯示，我國腎癌總體發(fā)病率為3.35/10萬。

Xp11.2易位性腎癌所涉及的融合基因至少有8種，但明確位點(diǎn)的目前只有5種，分別為t(x；17)(p11.2；q25)染色體易位，形成ASPL-TFE3融合基因；t(x；1)(p11.2；q21)染色體易位，形成PRCC-TFE3融合基因；inv(x)(p11；q12)染色體易位，形成NonO-TFE3融合基因；t(x；1)(p11.2；p34)染色體易位，形成PSF-TFE3融合基因；t(x；17)(p11.2；q23)染色體易位，形成CLTC-TFE3融合基因。t(x；3)(p11.2；q23)融合型腎癌、t(x；10)(p11.2；q23)融合型腎癌及t(x；19)(p11.2；q13.1)融合型腎癌尚未明確染色體易位位點(diǎn)。每例Xp11.2腎細(xì)胞癌僅有單一的易位形式。

Xp11.2易位性腎癌具有特征性的基因改變，其診斷、治療以及預(yù)后亦有特殊之處，而其組織形態(tài)與腎透明細(xì)胞癌、乳頭狀腎細(xì)胞癌較為相似，常規(guī)診斷極易誤診和漏診。因此，檢測5種TFE3融合基因(ASPL-TFE3、PRCC-TFE3、NonO-TFE3、PSF-TFE3和CLTC-TFE3)對(duì)Xp11.2易位性腎癌的分類診斷及個(gè)體化治療均有重要意義。

目前臨床上已經(jīng)將TFE3融合基因作為動(dòng)態(tài)評(píng)估患者病情及預(yù)后的手段之一。TFE3融合基因檢測的常用技術(shù)有熒光原位雜交技術(shù)(FISH)、實(shí)時(shí)定量PCR技術(shù)(RQ-PCR)等方法。FISH檢測結(jié)果較為直觀，但是試驗(yàn)過程繁瑣，涉及試劑種類繁多，費(fèi)時(shí)費(fèi)力，且結(jié)果需經(jīng)驗(yàn)豐富的專業(yè)人士來判讀，結(jié)果判讀存在較大的主觀性。實(shí)時(shí)熒光定量PCR中常見的方法有SYBR Green I染料法，雙探針雜交法以及Taqman技術(shù)等。其中SYBR GreenI由于是非飽和染料，特異性不如雙探針雜交法以及Taqman法，必須通過觀察溶解曲線來判斷其特異性；而雙探針法雜交法成本又較為昂貴。在Taqman技術(shù)中，RQ-PCR采用Taqman探針熒光定量技術(shù)，綜合生物學(xué)、酶學(xué)和熒光化學(xué)于一體，從擴(kuò)增到結(jié)果分析均在PCR反應(yīng)管封閉狀態(tài)下進(jìn)行，解決了PCR產(chǎn)物污染而導(dǎo)致假陽性的問題，同時(shí)也提高了敏感度，其結(jié)果用拷貝數(shù)表示，實(shí)現(xiàn)了對(duì)PCR產(chǎn)物的準(zhǔn)確定量，易于統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)，與定性PCR技術(shù)相比，具有特異度好，靈敏度高，線性關(guān)系好，操作簡單，自動(dòng)化程度高、防污染，有較大的線性范圍等優(yōu)點(diǎn)。

發(fā)明內(nèi)容