[發(fā)明專利]檢測樣本中TFE3融合基因的寡核苷酸、方法和試劑盒

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201811199327.0
• 申請(qǐng)日: 2018-10-15
• 公開（公告）號(hào): CN109371126A
• 公開（公告）日: 2019-02-22
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 黃開新;牛林梅;桑志高
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 杭州艾迪康醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中心有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12Q1/6851;C12N15/11
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務(wù)所有限公司 33100
• 代理人: 黃素萍;徐關(guān)壽

1.用于篩查樣本中TFE3融合基因的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸包括如SEQID NO:1～18所述的引物和探針。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸還包括針對(duì)β-actin內(nèi)參基因的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:19～21。

3.用于鑒定樣本中TFE3融合基因的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸包括：(1)用于鑒定1型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:7、8和10；(2)用于鑒定2型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:7、9和10；(3)用于鑒定3型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:1、11和3；(4)用于鑒定4型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、12和6；(5)用于鑒定1型ASPL-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、17和6；(6)用于鑒定2型ASPL-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ IDNO:1、18和3；(7)用于鑒定1型NonO-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、13和6；(8)用于鑒定2型NonO-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:14、15和3；(9)用于鑒定1型PSF-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ IDNO:1、2和3；(10)用于鑒定2型PSF-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ IDNO:4、5和6；(11)用于鑒定CLTC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、16和6。

4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸還包括針對(duì)β-actin內(nèi)參基因的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:19～21。

5.一種檢測樣本中TFE3融合基因的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：(1)提取樣本中的RNA；(2)將步驟(1)中的RNA逆轉(zhuǎn)錄cDNA；(3)利用熒光PCR擴(kuò)增步驟(2)所述的cDNA，進(jìn)行TFE3融合基因的篩查；(4)若根據(jù)步驟(3)的初步篩查結(jié)果，確定所述樣本不存在TFE3融合基因，則檢測結(jié)束；若根據(jù)步驟(3)的初步篩查，確定所述樣本存在TFE3融合基因，則再通過熒光PCR擴(kuò)增確定TFE3融合基因的具體類型，其中用于步驟(3)中的熒光PCR擴(kuò)增的引物和探針的堿基序列為SEQ ID NO:1～21。

6.一種篩查樣本中TFE3融合基因的試劑盒，所述試劑盒包括檢測體系PCR反應(yīng)液，其特征在于，所述檢測體系PCR反應(yīng)液包括用于篩查樣本中TFE3融合基因的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:1～18。

7.一種鑒定樣本中TFE3融合基因的試劑盒，所述試劑盒包括檢測體系PCR反應(yīng)液，其特征在于，所述檢測體系PCR反應(yīng)液包括用于鑒定樣本中TFE3融合基因的引物和探針，其包括：(1)用于鑒定1型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:7、8和10；(2)用于鑒定2型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:7、9和10；(3)用于鑒定3型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:1、11和3；(4)用于鑒定4型PRCC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、12和6；(5)用于鑒定1型ASPL-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、17和6；(6)用于鑒定2型ASPL-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:1、18和3；(7)用于鑒定1型NonO-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ IDNO:4、13和6；(8)用于鑒定2型NonO-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:14、15和3；(9)用于鑒定1型PSF-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:1、2和3；(10)用于鑒定2型PSF-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、5和6；(11)用于鑒定CLTC-TFE3的引物和探針，其堿基序列為SEQ ID NO:4、16和6。