[發(fā)明專利]用于DNA編碼化合物庫合成中酶鏈反應(yīng)的T4 DNA連接酶緩沖液及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201811187566.4
• 申請日: 2018-12-07
• 公開（公告）號(hào): CN109439710B
• 公開（公告）日: 2021-05-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 吳阿亮;舒啟勝;安玉龍;楊琪;袁堂蜜;龔平秀;袁友浪;張?jiān)诩t;李科;裴增飛;陳雯婷;蒯樂天;楊洪芳;彭宣嘉
• 申請（專利權(quán)）人: 上海藥明康德新藥開發(fā)有限公司;無錫生基醫(yī)藥科技有限公司
• 主分類號(hào): C12P19/34
• 分類號(hào): C12P19/34
• 代理公司: 上海浦一知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 31211
• 代理人: 鄭權(quán)

本發(fā)明公開了三種用于DNA編碼化合物庫構(gòu)建中的T4 DNA連接酶緩沖液，1）無DTT的10X T4 DNA連接酶緩沖液，2）無Tris的2X T4 DNA連接酶緩沖液，3）無Tris，無DTT的2X T4 DNA連接酶緩沖液。本發(fā)明還公開上述三種T4 DNA連接酶緩沖液的應(yīng)用。本發(fā)明提供的緩沖液及其應(yīng)用，克服了現(xiàn)有緩沖液酶鏈反應(yīng)后殘留成分對下一步化學(xué)反應(yīng)帶來不利影響的缺陷，縮短了DNA編碼化合物庫的合成周期。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物化學(xué)領(lǐng)域，涉及3種用于DNA編碼化合物庫合成中酶鏈反應(yīng)的T4DNA連接酶緩沖液的配制及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

美國Scripps研究院的Sydney Brenner和Richard Lerner教授于1992年提出了DNA編碼化合物文庫(DNA Encoded Library，簡稱DEL)的合成與篩選的概念(參考文獻(xiàn)：Proc.Natl.Acad.Sci.,1992,89,5381，專利：US5573905)，該方法通過將一個(gè)有機(jī)小分子試劑與一段獨(dú)特序列的DNA在分子水平進(jìn)行連接(即對小分子試劑進(jìn)行DNA標(biāo)記)，利用組合化學(xué)的“組合-拆分”策略通過兩個(gè)至多個(gè)循環(huán)快速地構(gòu)建數(shù)量巨大的化合物庫，該化合物庫中每一個(gè)化合物都由不同有機(jī)小分子試劑殘基組成，并由相應(yīng)的唯一堿基序列的DNA標(biāo)識(shí)，將極少量的DNA編碼化合物庫與靶標(biāo)進(jìn)行親和篩選，與靶標(biāo)沒有吸附的化合物庫分子先被洗掉，留下的與靶標(biāo)有吸附的化合物庫分子再洗脫下來，這時(shí)得到的化合物庫分子濃度很低，常規(guī)手段難以分析和識(shí)別，但是通過DNA獨(dú)有的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Polymerase ChainReaction，簡稱PCR)可以把得到的與靶標(biāo)有吸附的化合物庫分子中的DNA部分進(jìn)行復(fù)制擴(kuò)增直至得到的DNA量可以被DNA測序儀識(shí)別，測序后的數(shù)據(jù)再通過構(gòu)建DNA編碼化合物文庫時(shí)創(chuàng)建的有機(jī)小分子試劑與每個(gè)具體DNA堿基序列之間的關(guān)系表來解碼，進(jìn)而找到可以識(shí)別具有潛在活性分子相對應(yīng)的具體化合物對應(yīng)的有機(jī)小分子試劑，我們再通過傳統(tǒng)的有機(jī)合成方法把這些有機(jī)小分子試劑組合在一起得到篩選的目標(biāo)分子，再檢測并確認(rèn)其對靶標(biāo)的生理活性。

DNA編碼化合物庫的構(gòu)建方法主要有三種，第一種是以美國Ensemble公司為主利用DNA模板技術(shù)得到的DNA導(dǎo)向分子庫(DNA-Templated Chemical Library Synthesis，簡稱DTCL)，第二種是以美國GSK公司，X-Chem公司和國內(nèi)的成都先導(dǎo)公司為主利用DNA標(biāo)記技術(shù)得到的DNA記錄分子庫(DNA-Recorded Chemical Library，簡稱DRCL)，第三種是以瑞士Philogen公司為主基于片段的藥物設(shè)計(jì)(Fragment-based drug discovery，簡稱FBDD)技術(shù)得到的編碼自組裝分子庫(Encoded Self-Assembling Chemical Libraries，簡稱ESAC)，目前工業(yè)上被大量運(yùn)用的構(gòu)建DNA編碼化合物庫的方法主要是第二種，該方法操作簡單，成本更低，能更快速地利用組合化學(xué)方法得到含有海量的化合物的DNA編碼化合物庫。

除了DNA起始片段(詳見本公司發(fā)明專利申請?zhí)枺?01711263372.3，201711318894.9)外，需要有大量的DNA標(biāo)簽和可以按照一定順序進(jìn)行反應(yīng)的有機(jī)小分子試劑。DNA標(biāo)簽的編碼可以通過一定的計(jì)算機(jī)程序來獲得，再通過DNA合成儀得到具體的DNA堿基序列的引物(詳見本公司發(fā)明專利申請?zhí)枺?01711247220.4)；有機(jī)小分子試劑的獲得，可以使用一定的計(jì)算機(jī)程序來對獲得的試劑清單進(jìn)行篩選得到自己想要的試劑(詳見本公司發(fā)明專利申請?zhí)枺?01810378969.0)。