[發明專利]一種基于二代測序的通過血漿檢測微衛星穩定狀態和基因組變化的方法

有效

• 申請號: 201811149011.0
• 申請日: 2018-09-29
• 公開（公告）號: CN109207594B
• 公開（公告）日: 2020-09-25
• 發明（設計）人: 劉成林;漢雨生;張之宏;張周;段飛蝶
• 申請（專利權）人: 廣州燃石醫學檢驗所有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/6869;G16B30/00;G16H50/30
• 代理公司: 北京市柳沈律師事務所 11105
• 代理人: 張曉飛

1.檢測表1中所示的8個微衛星位點的組合的試劑在制備基于二代高通量測序法通過癌癥患者的血漿樣本檢測微衛星位點穩定狀態的試劑盒中的用途，其中所述微衛星位點穩定狀態的檢測包括如下步驟：

1)基于二代測序法測定血漿樣本和作為參考樣本的MSS血漿樣本中多個微衛星位點的重復序列長度特征，所述多個微衛星位點為選自表1中所示的8個微衛星位點的組合，并且表1中所涉及序列的參考基因版本為hg19；

2)針對1)中所述的任一微衛星位點，計算其對應的富集性指數Zscore，其中所述Zscore由H_s評估，

H_s＝-log(P_s(Xk_s)評估，

并且

其中，N為MSI-H狀態和MSS狀態重復序列長度集的reads總數，K為MSI-H狀態重復序列長度集的測序片段總數，N-K為MSS狀態重復序列長度集的測序片段總數；相對應的，n和k分別為待測樣本中相應測序片段的個數；

3)將全部微衛星位點的富集性指數Zscore加和，以得到判斷樣本微衛星狀態的指數MSscore；

4)計算作為參考樣本的MSS血漿樣本的MSscore的平均值mean和標準差SD，并將其mean+3SD作為閾值cutoff，其中MSscore基于以下公式計算：

5)對于來自癌癥患者的血漿樣本，當其MSscorecutoff，判定該樣本為MSI-H，當其MSscore≤cutoff，判定該樣本為MSS；其中所述癌癥為結直腸癌。

2.檢測表1中所示的8個微衛星位點組合的試劑在制備基于二代高通量測序進行患者微衛星不穩定和疾病相關基因變異的檢測，以對該患者或家族的風險控制、治療和/或預后方案提供臨床指導的試劑盒中的用途，其中所述檢測包括如下步驟：

(1)利用所述試劑同時對檢測表1中所示的8個微衛星位點組合進行檢測，其中表1中所涉及序列的參考基因版本為hg19；

(2)根據權利要求1所述的檢測步驟確定所述樣本的微衛星位點穩定狀態；

(3)根據測序結果獲得所述一種或多種疾病相關基因的檢測結果；

(4)結合上述步驟(2)、(3)的結果對該患者或家族的風險控制、治療和/或預后方案提供臨床指導；其中所述疾病是癌癥；并且所述癌癥為結直腸癌。